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- PDB-8avn: Mutant of Superoxide dismutase SodFM1 from CPR Parcubacteria Wolf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8avn
タイトルMutant of Superoxide dismutase SodFM1 from CPR Parcubacteria Wolfebacteria
要素Superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Superoxide dismutase (SOD). Oxidoreductase. Iron. Bacterial. Metalloenzyme.
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Candidatus Wolfebacteria bacterium GW2011_GWB1_47_1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Basle, A. / Barwinska-Sendra, A. / Sendra, K.M. / Waldron, K.
資金援助 米国, 英国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01 AI55611 米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/S006818/1 英国
引用ジャーナル: Nat Ecol Evol / 年: 2023
タイトル: An ancient metalloenzyme evolves through metal preference modulation.
著者: Sendra, K.M. / Barwinska-Sendra, A. / Mackenzie, E.S. / Basle, A. / Kehl-Fie, T.E. / Waldron, K.J.
履歴
登録2022年8月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02023年6月28日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom_lim
Item: _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_symm_contact.dist / _pdbx_validate_symm_contact.site_symmetry_2 / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_d_res_low / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_hist.d_res_low / _refine_ls_restr.dev_ideal / _refine_ls_restr.dev_ideal_target / _refine_ls_restr.number / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code
解説: Model orientation/position
詳細: alternative AU solution representing the biological dimer rather than each chain being in two distinct symmetry related dimers.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02023年8月9日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_symm_contact / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_restr_ncs / refine_ls_shell / reflns / software / struct_conf / struct_conn / struct_mon_prot_cis / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id ..._pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_d_res_low / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine_hist.d_res_low / _refine_ls_restr_ncs.rms_dev_position / _refine_ls_shell.R_factor_R_free / _refine_ls_shell.R_factor_R_work / _refine_ls_shell.d_res_low / _reflns.d_resolution_low / _software.version / _struct_conf.beg_auth_comp_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_comp_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_class / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_mon_prot_cis.pdbx_omega_angle / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.pdbx_refine_code
解説: Polymer geometry / 詳細: please add to the list alternative AU arrangement / Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.12024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Superoxide dismutase
B: Superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9914
ポリマ－46,8812
非ポリマー1102
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2080 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area17780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.490, 69.710, 58.010
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.240, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 203 / Label seq-ID: 2 - 203

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

-
要素

#1: タンパク質 Superoxide dismutase


分子量: 23440.334 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candidatus Wolfebacteria bacterium GW2011_GWB1_47_1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G1X6V3
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.66 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 200 mM sodium chloride, 100 mM sodium acetate pH 5.0 and 20 % w/v polyethylene glycol 6000.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.99987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→45.79 Å / Num. obs: 43267 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 2095 / CC1/2: 0.556

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0415精密化
xia2データ削減
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
BUCCANEERモデル構築
MolProbityモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1GV3

1gv3


解像度: 1.65→45.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 8.241 / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.109 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.22 2167 5.011 %
Rwork0.1521 41078 -
all0.155 --
obs-43245 98.551 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 29.887 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.536 Å2-0 Å2-0.153 Å2
2--3.035 Å20 Å2
3----1.355 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→45.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3300 0 2 193 3495
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0123435
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0163135
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6591.6674688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.5551.5897247
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3285411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.633510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.0710564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_6_deg15.74210177
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0820.2493
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.024054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02786
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2330.2752
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1980.22841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1920.21722
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.21694
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1830.2147
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0310.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2530.224
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2390.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1730.217
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.110.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.682.9221624
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6532.9191623
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5835.2542028
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5845.2552029
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2013.2691811
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.23.271812
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2455.8392655
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.2445.8392656
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.96533.9354046
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.94933.9354039
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.36736570
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0840.056984
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.084410.05009
12AX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.084410.05009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.6930.3611620.332953X-RAY DIFFRACTION97.5572
1.693-1.7390.3381570.292935X-RAY DIFFRACTION97.5702
1.739-1.7890.3131520.2462864X-RAY DIFFRACTION97.7317
1.789-1.8440.2671510.2122730X-RAY DIFFRACTION98.1267
1.844-1.9050.2761510.232681X-RAY DIFFRACTION98.0609
1.905-1.9720.3491180.2212614X-RAY DIFFRACTION97.781
1.972-2.0460.2561260.1542542X-RAY DIFFRACTION98.5593
2.046-2.1290.1891330.1342400X-RAY DIFFRACTION98.2164
2.129-2.2240.241060.1272352X-RAY DIFFRACTION98.7149
2.224-2.3320.2461090.1422258X-RAY DIFFRACTION98.5429
2.332-2.4580.2181070.1292120X-RAY DIFFRACTION99.1099
2.458-2.6060.2911100.132032X-RAY DIFFRACTION99.3506
2.606-2.7860.2221020.1291902X-RAY DIFFRACTION99.3555
2.786-3.0080.217960.1331751X-RAY DIFFRACTION99.4615
3.008-3.2940.214900.1541638X-RAY DIFFRACTION99.5965
3.294-3.680.222850.1611487X-RAY DIFFRACTION99.3051
3.68-4.2450.157720.1141324X-RAY DIFFRACTION99.7856
4.245-5.1880.167670.1161116X-RAY DIFFRACTION99.9155
5.188-7.290.149460.147872X-RAY DIFFRACTION99.6743
7.29-45.790.181270.147507X-RAY DIFFRACTION99.4413

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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