PDB-8avm: Mutant of Superoxide Dismutase sodfm2 from Bacteroides fragilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8avm

タイトル

Mutant of Superoxide Dismutase sodfm2 from Bacteroides fragilis

要素

Superoxide dismutase [Fe]

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Mutant of superoxide dismutase SodFM2 from Bacteroides fragilis

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides fragilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Basle, A. / Barwinska-Sendra, A. / Sendra, K.M. / Waldron, K.

資金援助

米国,

英国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 AI55611	米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S006818/1	英国

引用

ジャーナル: Nat Ecol Evol / 年: 2023
タイトル: An ancient metalloenzyme evolves through metal preference modulation.
著者: Sendra, K.M. / Barwinska-Sendra, A. / Mackenzie, E.S. / Basle, A. / Kehl-Fie, T.E. / Waldron, K.J.

履歴

登録	2022年8月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8avm.cif.gz	442 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8avm.ent.gz	354.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8avm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/8avm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/8avm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8avkC 8avlC 8avnC 1uesS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase [Fe]

B: Superoxide dismutase [Fe]

C: Superoxide dismutase [Fe]

D: Superoxide dismutase [Fe]

E: Superoxide dismutase [Fe]

F: Superoxide dismutase [Fe]

ヘテロ分子

131 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Superoxide dismutase [Fe]

B: Superoxide dismutase [Fe]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Superoxide dismutase [Fe]

D: Superoxide dismutase [Fe]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Superoxide dismutase [Fe]

F: Superoxide dismutase [Fe]

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.430, 117.110, 139.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 1 - 192 / Label seq-ID: 1 - 192

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20
11	Local NCS retraints between domains: 21 22
12	Local NCS retraints between domains: 23 24
13	Local NCS retraints between domains: 25 26
14	Local NCS retraints between domains: 27 28
15	Local NCS retraints between domains: 29 30

#1: タンパク質	Superoxide dismutase [Fe] 分子量: 21696.432 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis (バクテリア) 株: YCH46 / 遺伝子: sodB, sod, BF2527 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P53638, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 512 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.58 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10 mM zinc chloride, 100 mM sodium acetate pH 5.0 and 20% w/v polyethylene glycol 6000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.89842 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.89842 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→69 Å / Num. obs: 88446 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.158 / R_pim(I) all: 0.064 / R_rim(I) all: 0.17 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2→2.04 Å / 冗長度: 14.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 4451 / CC_1/2: 0.444 / % possible all: 97.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
Aimless		データスケーリング
pointless		データスケーリング
xia2		データ削減
MolProbity		モデル構築
PHASER		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
Coot		モデル構築
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UES

1ues

解像度: 2→69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 5.251 / SU ML: 0.135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.158 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2289	4329	4.899 %
R_work	0.1927	84036	-
all	0.194	-	-
obs	-	88365	99.986 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.986 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.031 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.891 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9216	0	6	513	9735

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	9480
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	8442
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.546	1.647	12894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.532	1.568	19716
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.248	5	1146
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	6.113	5	30
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.492	10	1524
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.642	10	468
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1344
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	10770
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1902
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.226	0.2	2275
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	7769
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.193	0.2	4697
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	5032
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.156	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.062	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.061	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.283	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.209	0.2	96
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.273	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.046	3.955	4602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.045	3.955	4602
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.838	5.915	5742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.837	5.915	5743
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.1	4.258	4878
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.099	4.259	4879
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.839	6.203	7152
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.838	6.204	7153
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.818	54.27	11397
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.815	53.298	11331
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.064	0.05	6531
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.062	0.05	6552
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.055	0.05	6536
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.043	0.05	6591
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.056	0.05	6559
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.069	0.05	6534
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.067	0.05	6500
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.064	0.05	6548
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.063	0.05	6566
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.059	0.05	6593
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_11	0.065	0.05	6558
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_12	0.066	0.05	6538
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_13	0.058	0.05	6554
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_14	0.06	0.05	6524
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_15	0.053	0.05	6598

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06356	0.05009
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06356	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06204	0.05009
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06204	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05468	0.05009
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05468	0.05009
4	7	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04301	0.0501
4	8	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04301	0.0501
5	9	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05556	0.05009
5	10	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05556	0.05009
6	11	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06853	0.05009
6	12	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06853	0.05009
7	13	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06677	0.05009
7	14	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06677	0.05009
8	15	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06445	0.05009
8	16	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06445	0.05009
9	17	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06287	0.0501
9	18	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06287	0.0501
10	19	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05864	0.0501
10	20	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05864	0.0501
11	21	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0653	0.05009
11	22	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0653	0.05009
12	23	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06591	0.05009
12	24	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06591	0.05009
13	25	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0585	0.05009
13	26	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0585	0.05009
14	27	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06042	0.05009
14	28	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06042	0.05009
15	29	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05304	0.0501
15	30	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05304	0.0501

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2-2.052	0.35	308	0.349	6153	X-RAY DIFFRACTION	100
2.052-2.108	0.359	330	0.312	5932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.108-2.169	0.304	255	0.284	5892	X-RAY DIFFRACTION	100
2.169-2.236	0.296	323	0.259	5610	X-RAY DIFFRACTION	100
2.236-2.309	0.275	272	0.23	5502	X-RAY DIFFRACTION	100
2.309-2.39	0.266	300	0.222	5313	X-RAY DIFFRACTION	100
2.39-2.48	0.265	255	0.221	5151	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.581	0.26	240	0.21	4966	X-RAY DIFFRACTION	100
2.581-2.696	0.256	262	0.206	4710	X-RAY DIFFRACTION	100
2.696-2.827	0.258	230	0.197	4571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.827-2.98	0.265	218	0.198	4346	X-RAY DIFFRACTION	100
2.98-3.16	0.256	215	0.194	4115	X-RAY DIFFRACTION	100
3.16-3.378	0.246	193	0.206	3854	X-RAY DIFFRACTION	100
3.378-3.648	0.237	197	0.212	3629	X-RAY DIFFRACTION	100
3.648-3.995	0.214	167	0.185	3342	X-RAY DIFFRACTION	100
3.995-4.465	0.186	160	0.147	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
4.465-5.152	0.151	126	0.129	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
5.152-6.301	0.179	112	0.14	2309	X-RAY DIFFRACTION	100
6.301-8.874	0.138	102	0.121	1828	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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