PDB-8avk: Superoxide dismutase SodFM1 from CPR Parkubacteria Wolfebacteria

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8avk

タイトル

Superoxide dismutase SodFM1 from CPR Parkubacteria Wolfebacteria

要素

Superoxide dismutase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Superoxide dismutase (SOD). Oxidoreductase. Iron. Bacterial. Metalloenzyme.

機能・相同性

機能・相同性情報

superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Candidatus Wolfebacteria bacterium GW2011_GWB1_47_1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Basle, A. / Barwinska-Sendra, A. / Sendra, K.M. / Waldron, K.

資金援助

米国,

英国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 AI55611	米国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)	BB/S006818/1	英国

引用

ジャーナル: Nat Ecol Evol / 年: 2023
タイトル: An ancient metalloenzyme evolves through metal preference modulation.
著者: Sendra, K.M. / Barwinska-Sendra, A. / Mackenzie, E.S. / Basle, A. / Kehl-Fie, T.E. / Waldron, K.J.

履歴

登録	2022年8月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8avk.cif.gz	407.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8avk.ent.gz	254.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8avk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8avk_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8avk_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	8avk_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	8avk_validation.cif.gz	20.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/8avk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/8avk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8avlC 8avmC 8avnC 1ix9S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#94 - 2007年10月スーパーオキシドジスムターゼ (Superoxide Dismutase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Superoxide dismutase

B: Superoxide dismutase

ヘテロ分子

47.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.531, 70.586, 57.788
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.301, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: GLY / End label comp-ID: GLY / Refine code: 1 / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A / Auth seq-ID: 2 - 203 / Label seq-ID: 2 - 203

Dom-ID
1
2

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Superoxide dismutase 分子量: 23492.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Candidatus Wolfebacteria bacterium GW2011_GWB1_47_1 (バクテリア) 遺伝子: UX70_C0001G0692 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0G1X6V3, superoxide dismutase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.11 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 100 mM sodium acetate trihydrate pH 4.5 and 25% w/v polyethylene glycol 3350.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.89843 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.89843 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→70.59 Å / Num. obs: 21632 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.1 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 7.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.16 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1781 / CC_1/2: 0.64

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
BUCCANEER		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1IX9

1ix9

解像度: 2.1→56.857 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 18.217 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.22 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2563	1048	4.853 %
R_work	0.2089	20546	-
all	0.211	-	-
obs	-	21594	99.907 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.345 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.993 Å²	-0 Å²	1.639 Å²
2-	-	2.519 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.052 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→56.857 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3308	0	2	11	3321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.012	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	3004
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.827	1.657	4664
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.625	1.569	7012
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.541	5	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	4.656	5	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.401	10	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	15.353	10	174
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	492
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3830
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.243	0.2	814
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.203	0.2	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.196	0.2	1722
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1736
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.039	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.234	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.247	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.076	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.631	2.727	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.62	2.725	1613
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.595	4.077	2014
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.595	4.078	2015
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.41	3.013	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.409	3.013	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.805	4.407	2650
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.804	4.407	2651
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.664	39.439	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.666	39.446	4038
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.098	0.05	6918

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09813	0.05008
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09813	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.1-2.155	0.355	78	0.336	1521	0.337	1604	0.893	0.923	99.6883	0.334
2.155-2.213	0.346	86	0.323	1462	0.325	1550	0.917	0.926	99.871	0.319
2.213-2.278	0.326	82	0.297	1422	0.298	1507	0.914	0.938	99.8009	0.287
2.278-2.348	0.31	85	0.267	1372	0.269	1460	0.937	0.953	99.7945	0.255
2.348-2.424	0.279	57	0.238	1363	0.239	1420	0.952	0.962	100	0.222
2.424-2.509	0.275	70	0.224	1294	0.227	1366	0.957	0.969	99.8536	0.202
2.509-2.604	0.348	73	0.226	1259	0.232	1332	0.938	0.972	100	0.198
2.604-2.71	0.322	52	0.228	1232	0.231	1285	0.937	0.969	99.9222	0.201
2.71-2.83	0.323	50	0.217	1142	0.221	1194	0.932	0.973	99.8325	0.191
2.83-2.968	0.317	56	0.238	1128	0.242	1185	0.945	0.968	99.9156	0.202
2.968-3.128	0.307	54	0.24	1064	0.243	1118	0.941	0.966	100	0.208
3.128-3.317	0.308	43	0.223	1001	0.226	1045	0.949	0.969	99.9043	0.198
3.317-3.545	0.239	46	0.198	953	0.201	999	0.968	0.976	100	0.178
3.545-3.828	0.179	47	0.188	880	0.187	927	0.984	0.982	100	0.173
3.828-4.192	0.209	35	0.15	816	0.153	851	0.972	0.988	100	0.144
4.192-4.683	0.188	42	0.15	733	0.152	775	0.98	0.99	100	0.148
4.683-5.401	0.213	30	0.143	653	0.146	683	0.983	0.991	100	0.142
5.401-6.601	0.154	30	0.172	555	0.171	585	0.983	0.987	100	0.172
6.601-9.272	0.197	19	0.15	442	0.152	461	0.969	0.99	100	0.153
9.272-56.857	0.224	13	0.202	254	0.203	267	0.992	0.984	100	0.203

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2361	-0.2915	-0.1449	1.1055	-0.3991	2.1095	0.0175	-0.0688	-0.0919	0.1361	-0.0054	0.0748	0.0399	-0.1075	-0.0121	0.0283	-0.0068	0.0082	0.0654	0.0133	0.0399	-11.1874	5.5013	-32.2035
2	1.1006	-0.1501	0.2429	1.2679	0.5223	1.5799	0.0104	0.1606	-0.0846	-0.1459	-0.0228	-0.0377	-0.0215	-0.0415	0.0125	0.0182	-0.0019	0.0053	0.04	-0.0011	0.0277	-6.0802	5.6326	-62.0873

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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