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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aub | ||||||
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タイトル | 12-oxophytodienoate reductase 3 (OPR3) from Solanum lycopersicum in complex with ethyl (Z)-2-(hydroxyimino)-3-oxopentanoate | ||||||
![]() | 12-oxophytodienoate reductase 3 | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / Ene-reductase / oxime / FMN / complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() 12-oxophytodienoate reductase / 12-oxophytodienoate reductase activity / jasmonic acid biosynthetic process / oxylipin biosynthetic process / FMN binding / peroxisome / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Polidori, N. / Gruber, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanistic Insights into the Ene-Reductase-Catalyzed Promiscuous Reduction of Oximes to Amines. 著者: Breukelaar, W.B. / Polidori, N. / Singh, A. / Daniel, B. / Glueck, S.M. / Gruber, K. / Kroutil, W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 210.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 132.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8a8iC ![]() 8au8C ![]() 8au9C ![]() 8auaC ![]() 8aueC ![]() 8aufC ![]() 8augC ![]() 8auhC ![]() 8auiC ![]() 8aujC ![]() 8aulC ![]() 8aumC ![]() 8aunC ![]() 8auoC ![]() 8auqC ![]() 3hgsS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44401.203 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.97 % |
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結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 100 mM CaCl2,10 % w/v PEG 8000, 100 mM Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.965459 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.62→44.2 Å / Num. obs: 176405 / % possible obs: 91.63 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 17.69 Å2 / CC1/2: 0.987 / Net I/σ(I): 5.06 |
反射 シェル | 解像度: 1.62→1.678 Å / Num. unique obs: 18096 / CC1/2: 0.619 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3HGS 解像度: 1.62→44.2 Å / SU ML: 0.1965 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.92 / 位相誤差: 22.8987 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 21.33 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.62→44.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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