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- PDB-8au0: Crystal structure of the a1 luminal coiled-coil domain of SUN1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8au0
タイトルCrystal structure of the a1 luminal coiled-coil domain of SUN1
要素SUN domain-containing protein 1
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / LINC complex / nuclear structure / microtubules
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / homologous chromosome pairing at meiosis / lamin binding / nuclear inner membrane / centrosome localization / response to mechanical stimulus ...nucleokinesis involved in cell motility in cerebral cortex radial glia guided migration / nuclear matrix anchoring at nuclear membrane / cytoskeleton-nuclear membrane anchor activity / meiotic attachment of telomere to nuclear envelope / meiotic nuclear membrane microtubule tethering complex / homologous chromosome pairing at meiosis / lamin binding / nuclear inner membrane / centrosome localization / response to mechanical stimulus / protein-membrane adaptor activity / Meiotic synapsis / ossification / nuclear envelope / spermatogenesis / nuclear membrane / chromosome, telomeric region / intracellular membrane-bounded organelle / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SUN domain-containing protein 1, N-terminal / Mitochondrial RNA binding protein MRP / SUN coiled coil domain 2 / SUN2 helix-turn-helix domain / SUN domain-containing protein 1-5 / SUN domain profile. / SUN domain / Sad1 / UNC-like C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
SUN domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.07 Å
データ登録者Gurusaran, M. / Davies, O.R.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Wellcome Trust219413/Z/19/Z 英国
引用ジャーナル: Front Cell Dev Biol / 年: 2023
タイトル: Molecular insights into LINC complex architecture through the crystal structure of a luminal trimeric coiled-coil domain of SUN1.
著者: Gurusaran, M. / Biemans, J.J. / Wood, C.W. / Davies, O.R.
履歴
登録2022年8月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SUN domain-containing protein 1
B: SUN domain-containing protein 1
C: SUN domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9603
ポリマ－13,9603
非ポリマー00
水99155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area7270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)31.313, 35.986, 46.095
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.540, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質・ペプチド SUN domain-containing protein 1 / Protein unc-84 homolog A / Sad1/unc-84 protein-like 1


分子量: 4653.197 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SUN1, KIAA0810, UNC84A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O94901
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.09M Sodium nitrate, 0.09M Disodium phosphate, 0.09M Ammonium sulfate, 0.1M Imidazole pH 6.5, 0.1M MES (acid), 37.5% MPD (racemic), 37.5% PEG 1K, 37.5% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.069→30.31 Å / Num. obs: 5986 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 10.84 Å2 / Rpim(I) all: 0.043 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.069→2.105 Å / Num. unique obs: 294 / Rpim(I) all: 0.287

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
Arcimboldo位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Ideal helices

解像度: 2.07→30.31 Å / SU ML: 0.2168 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 25.8264
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2551 286 5.52 %
Rwork0.2438 4897 -
obs0.2444 5183 84.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.07→30.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数953 0 0 55 1008
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058960
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78791285
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0319147
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.7305364
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.07-2.610.27511130.27412098X-RAY DIFFRACTION72.71
2.61-30.310.24641730.22892799X-RAY DIFFRACTION95.59
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.48057629253-0.0745064808622-2.507904791090.576844532776-0.06371925962922.68529118638-0.0187585827590.0693514972186-0.05654932944-0.112256697615-0.0984939778356-0.06904834804570.1201587747630.03720315797930.108883285030.122117512680.01839381474780.01265974118310.0886991616564-0.02589432383090.122739187083-2.176711163711.585413136329.04635989753
23.401890541910.872350890513-3.734778765211.05327673101-0.9954200813145.592826677450.006529301315470.0214958633971-0.0228172159675-0.1171173080610.0673285870357-0.117366809306-0.05941963656130.239247529499-0.03745184288480.0796907068795-0.0154421176576-0.03456976197270.1273086527520.002267954229470.09259871969621.77424052048.1207640511413.4247923766
30.00139564260409-0.000669761433920.00108083573379-0.000584511027134-0.0002489151368650.00114050127013-0.01091966241590.01435517857830.002655155506760.001920318599140.004670738858090.0014806188622-0.005368312673110.00635078320131-0.01368801341270.01494500802610.02886769396920.01422187770750.008305199456380.01093934371750.0014782120612-4.9782393428610.39192130967.97164778887
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 361 through 400 )AA361 - 4001 - 40
22chain 'B' and (resid 361 through 401 )BB361 - 4011 - 41
33chain 'C' and (resid 361 through 401 )CC361 - 4011 - 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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