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万見
- PDB-8atk: The SH2 domain of mouse SH2B1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8atk
タイトルThe SH2 domain of mouse SH2B1
要素SH2B adapter protein 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH2 domain / phosphotyrosine binding / JAK2 binding
機能・相同性
機能・相同性情報


Growth hormone receptor signaling / Prolactin receptor signaling / regulation of DNA biosynthetic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / lamellipodium assembly / positive regulation of SMAD protein signal transduction / ruffle / positive regulation of mitotic nuclear division / cell motility ...Growth hormone receptor signaling / Prolactin receptor signaling / regulation of DNA biosynthetic process / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / lamellipodium assembly / positive regulation of SMAD protein signal transduction / ruffle / positive regulation of mitotic nuclear division / cell motility / intracellular signal transduction / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
SH2B1, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / PH domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. ...SH2B1, SH2 domain / Phenylalanine zipper / Phenylalanine zipper superfamily / Phenylalanine zipper / SH2B adapter protein / PH domain / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
SH2B adapter protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Fowler, N.J. / Williamson, M.P. / Albalwi, M.F.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P020038/1 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2023
タイトル: Improved methodology for protein NMR structure calculation using hydrogen bond restraints and ANSURR validation: The SH2 domain of SH2B1.
著者: Fowler, N.J. / Albalwi, M.F. / Lee, S. / Hounslow, A.M. / Williamson, M.P.
履歴
登録2022年8月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年8月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SH2B adapter protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5551
ポリマ－13,5551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, NMR relaxation is also indicative of monomer
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1best ansurr score

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要素

#1: タンパク質 SH2B adapter protein 1 / Pro-rich / PH and SH2 domain-containing signaling mediator / PSM / SH2 domain-containing protein 1B ...Pro-rich / PH and SH2 domain-containing signaling mediator / PSM / SH2 domain-containing protein 1B / SH2-B PH domain-containing signaling mediator 1


分子量: 13555.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sh2b1, Sh2bpsm1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q91ZM2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HN(CA)CO
141isotropic13D HNCA
151isotropic13D HN(CO)CA
161isotropic13D HN(CA)CB
171isotropic13D CBCA(CO)NH
181isotropic12D 1H-13C HSQC
1121isotropic13D HBHA(CO)NH
191isotropic13D H(CCO)NH
1101isotropic13D (H)CCH-TOCSY
1111isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1131isotropic12D (HB)CB(CGCD)HD
1141isotropic13D 1H-15N NOESY
1151isotropic13D 1H-13C NOESY
1161isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 50 mM potassium phosphate, 1 mM trimethylsilyl propionate, 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SH2, 90% H2O/10% D2O
Label: double labeled sample / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
50 mMpotassium phosphatenatural abundance1
1 mMtrimethylsilyl propionatenatural abundance1
0.8 mMSH2[U-100% 13C; U-100% 15N]1
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / PH err: 0.05 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K / Temperature err: 0.5

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE DRX / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE DRX / 磁場強度: 600 MHz / 詳細: with cryoprobe

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3.98.5Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 2
詳細: NOE restraints were consensus restraints, appearing in at least 60% of the calculations from the previous calculation
代表構造選択基準: best ansurr score
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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