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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8at0 | ||||||
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タイトル | PotF with mutation D247K | ||||||
要素 | Putrescine-binding periplasmic protein PotF | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Periplasmic-binding protein / Non-binding variant | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 putrescine binding / putrescine transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / outer membrane-bounded periplasmic space / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kroeger, P. / Shanmugaratnam, S. / Hocker, B. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: A fluorescent biosensor for the visualization of Agmatine 著者: Kroeger, P. / Stiel, A.C. / Stueven, B. / Shanmugaratnam, S. / Schoch, S. / Wachten, D. / Hocker, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8at0.cif.gz | 305.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8at0.ent.gz | 236.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8at0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8at0_validation.pdf.gz | 495.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 8at0_full_validation.pdf.gz | 499.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 8at0_validation.xml.gz | 29.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8at0_validation.cif.gz | 41.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8at0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/8at0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8aszC 1a99S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 39184.434 Da / 分子数: 2 / 変異: D247K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: potF, b0854, JW0838 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P31133 |
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-非ポリマー , 6種, 320分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | ChemComp-JFN / ( #5: 化合物 | ChemComp-MLI / | #6: 化合物 | ChemComp-EDO / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.99 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9 詳細: 2.4 M AmSO4, 0.1 M Bicine pH 9, 10% Jeffamine M600 pH7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年10月7日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→45.55 Å / Num. obs: 54785 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11 % / Biso Wilson estimate: 39.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.181 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 2.98 / Mean I/σ(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 5385 / CC1/2: 0.256 / CC star: 0.639 / Rpim(I) all: 0.918 / Rrim(I) all: 3.12 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1A99 解像度: 2→45.55 Å / SU ML: 0.2648 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 25.75 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→45.55 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth seq-ID: 29 - 369 / Label seq-ID: 1 - 341
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