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万見
- PDB-8ask: Crystal structure of d(GCCCACCACGGC) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ask
タイトルCrystal structure of d(GCCCACCACGGC)
要素
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*C)-3')
キーワードDNA / Ligand / Interaction
機能・相同性DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種DNA molecule (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.955 Å
データ登録者Sbirkova-Dimitrova, H.I. / Shivachev, B.L. / Rusev, R. / Heroux, A. / Doukov, T. / Kuvandjiev, N.
資金援助Bulgaria, 1件
組織認可番号国
The Bulgarian National Science Fund (BNSF)KP-06-M31/1Bulgaria
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2022
タイトル: Structural Characterization of Alzheimer DNA Promoter Sequences from the Amyloid Precursor Gene in the Presence of Thioflavin T and Analogs
著者: Sbirkova-Dimitrova, H. / Rusew, R. / Kuvandjiev, N. / Heroux, A. / Doukov, T. / Shivachev, B.L.
履歴
登録2022年8月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*C)-3')
BBB: DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,3292
ポリマ－7,3292
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1150 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area4620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)64.490, 64.490, 46.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*CP*AP*CP*CP*AP*CP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3593.346 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DNA molecule (その他) / 発現宿主: Synthesium (無脊椎動物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*CP*GP*TP*GP*GP*TP*GP*GP*GP*C)-3')


分子量: 3735.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) DNA molecule (その他) / 発現宿主: Synthesium (無脊椎動物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.23 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20%MPD, 120mMMgCl2, 60mM NaCaCo, 2mM Spermine

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データ収集

回折平均測定温度: 270 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 5.2R / 波長: 2 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.95→35.59 Å / Num. obs: 2783 / % possible obs: 96.95 % / 冗長度: 9.2 % / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.97→3.02 Å / Num. unique obs: 1399 / CC1/2: 0.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: X3DNA

解像度: 2.955→35.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 27.017 / SU ML: 0.398 / 交差検証法: NONE / ESU R Free: 0.413 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 62 4.244 %
Rwork0.125 1399 -
all0.129 --
obs-1461 96.948 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 88.593 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.113 Å2-0.057 Å20 Å2
2---0.113 Å20 Å2
3---0.368 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.955→35.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 492 0 0 492
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.011550
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.02266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.168844
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7513630
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02296
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02136
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.130.240
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2650.2300
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2560.2203
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.070.2159
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1220.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1160.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3430.228
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.3010.215
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.6369.158550
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.6079.157549
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.76813.685844
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.75613.685844
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it8.35183.518738
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other8.35183.506739
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.955-3.0310.26440.285112X-RAY DIFFRACTION99.1453
3.031-3.11400.225107X-RAY DIFFRACTION100
3.114-3.2030.14940.19799X-RAY DIFFRACTION99.0385
3.203-3.3010.06320.2570X-RAY DIFFRACTION73.4694
3.301-3.4080.41750.21179X-RAY DIFFRACTION84.8485
3.408-3.5270.19160.18681X-RAY DIFFRACTION97.7528
3.527-3.6580.124100.16689X-RAY DIFFRACTION100
3.658-3.8060.06320.12885X-RAY DIFFRACTION98.8636
3.806-3.9730.14130.12987X-RAY DIFFRACTION100
3.973-4.1650.14170.11375X-RAY DIFFRACTION100
4.165-4.3870.23350.09471X-RAY DIFFRACTION100
4.387-4.6480.17130.09371X-RAY DIFFRACTION100
4.648-4.9630.24520.10967X-RAY DIFFRACTION100
4.963-5.3520.67210.13561X-RAY DIFFRACTION100
5.352-5.850.24420.20359X-RAY DIFFRACTION100
5.85-6.5180.13120.12252X-RAY DIFFRACTION100
6.518-7.4850.46420.12737X-RAY DIFFRACTION100
7.485-9.0670.33120.06844X-RAY DIFFRACTION100
9.067-12.42600.05734X-RAY DIFFRACTION100
12.426-35.5900.13719X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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