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- PDB-8asb: Structure of the SFTSV L protein stalled at early elongation with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8asb
タイトルStructure of the SFTSV L protein stalled at early elongation with the endonuclease domain in a raised conformation [EARLY-ELONGATION-ENDO]
要素
  • RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')
  • RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*GP*U)-3')
  • RNA-dependent RNA-polymerase L protein
キーワードVIRAL PROTEIN / SFTSV RNA-DEPENDENT RNA POLYMERASE / VIRAL RNA
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, PA-C-like domain / RNA-directed RNA polymerase L, N-terminal / L protein N-terminus / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2KH / RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種SFTS virus AH12 (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Williams, H.M. / Thorkelsson, S.R. / Vogel, D. / Milewski, M. / Busch, C. / Cusack, S. / Grunewald, K. / Quemin, E.R.J. / Rosenthal, M.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号国
Leibniz AssociationK72/2017 ドイツ
German Research Foundation (DFG)INST 152/772-1, 774-1, 775-1 and 776-1 ドイツ
German Federal Ministry for Education and Research01KI2019 ドイツ
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Structural insights into viral genome replication by the severe fever with thrombocytopenia syndrome virus L protein.
著者: Harry M Williams / Sigurdur R Thorkelsson / Dominik Vogel / Morlin Milewski / Carola Busch / Stephen Cusack / Kay Grünewald / Emmanuelle R J Quemin / Maria Rosenthal /
要旨: Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a phenuivirus that has rapidly become endemic in several East Asian countries. The large (L) protein of SFTSV, which includes the RNA- ...Severe fever with thrombocytopenia syndrome virus (SFTSV) is a phenuivirus that has rapidly become endemic in several East Asian countries. The large (L) protein of SFTSV, which includes the RNA-dependent RNA polymerase (RdRp), is responsible for catalysing viral genome replication and transcription. Here, we present 5 cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of the L protein in several states of the genome replication process, from pre-initiation to late-stage elongation, at a resolution of up to 2.6 Å. We identify how the L protein binds the 5' viral RNA in a hook-like conformation and show how the distal 5' and 3' RNA ends form a duplex positioning the 3' RNA terminus in the RdRp active site ready for initiation. We also observe the L protein stalled in the early and late stages of elongation with the RdRp core accommodating a 10-bp product-template duplex. This duplex ultimately splits with the template binding to a designated 3' secondary binding site. The structural data and observations are complemented by in vitro biochemical and cell-based mini-replicon assays. Altogether, our data provide novel key insights into the mechanism of viral genome replication by the SFTSV L protein and will aid drug development against segmented negative-strand RNA viruses.
履歴
登録2022年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02023年1月18日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年1月18日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02023年1月18日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update
改定 1.42025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details
Item: _em_admin.last_update / _em_software.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA-polymerase L protein
P: RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*GP*A)-3')
T: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*GP*U)-3')
G: RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)259,2536
ポリマ－258,7454
非ポリマー5072
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: There is no protein assembly here, it is a single polypeptide chain.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA-polymerase L protein / Replicase / Transcriptase


分子量: 235698.500 Da / 分子数: 1 / 変異: D112A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) SFTS virus AH12 (ウイルス) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: U3GU88, RNA-directed RNA polymerase

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RNA鎖 , 3種, 3分子 PTG

#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*GP*A)-3')


分子量: 6451.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SFTS virus AH12 (ウイルス)
#3: RNA鎖 RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*GP*U)-3')


分子量: 8386.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Additional 6A's added to template RNA (nt 21 - 26). / 由来: (合成) SFTS virus AH12 (ウイルス)
#4: RNA鎖 RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')


分子量: 8208.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Additional 6A's added to template RNA (nt 21 - 26) so poly-U stretch here is artificial.
由来: (合成) SFTS virus AH12 (ウイルス)

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非ポリマー , 2種, 2分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-2KH / 5'-O-[(S)-hydroxy{[(S)-hydroxy(phosphonooxy)phosphoryl]amino}phosphoryl]uridine


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Structure of the SFTSV L protein stalled at early elongation with the endonuclease domain in a raised conformation [EARLY-ELONGATION-ENDO]COMPLEX#1-#40MULTIPLE SOURCES
2RNA-dependent RNA-polymerase L proteinCOMPLEX#11RECOMBINANT
3RNA (5'-R(*AP*CP*AP*CP*AP*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*CP*CP*AP*GP*A)-3')COMPLEX#21RECOMBINANT
4RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*UP*CP*UP*UP*UP*GP*UP*GP*U)-3')COMPLEX#31RECOMBINANT
5RNA (5'-R(P*AP*CP*A)-3')COMPLEX#41RECOMBINANT
分子量値: 0.238 MDa / 実験値: YES
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22SFTS virus AH12 (ウイルス)992210
33SFTS virus AH12 (ウイルス)992210
44SFTS virus AH12 (ウイルス)992210
55SFTS virus AH12 (ウイルス)992210
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
22Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)7111
33Synthetic construct (人工物)32630
44Synthetic construct (人工物)32630
55Synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 53 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.19.1_4122: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 16000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.00314860
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.66220234
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d7.9612320
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0442268
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0052438

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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