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- PDB-8as9: Crystal structure of the talin-KANK1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8as9
タイトルCrystal structure of the talin-KANK1 complex
要素
  • B-cell lymphoma 6 protein
  • KN-motif NCoR1 BBD fusion,Nuclear receptor corepressor 1
  • Talin-1
キーワードCELL INVASION / Cell-Migration / Talin / KANK / Focal Adhesions
機能・相同性
機能・相同性情報


NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / Smooth Muscle Contraction / MAP2K and MAPK activation / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication ...NR1D1 (REV-ERBA) represses gene expression / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / Integrin signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / SEMA3A-Plexin repulsion signaling by inhibiting Integrin adhesion / Smooth Muscle Contraction / MAP2K and MAPK activation / regulation of memory T cell differentiation / negative regulation of mitotic cell cycle DNA replication / intronic transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of plasma cell differentiation / negative regulation of T-helper 2 cell differentiation / isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of androgen receptor signaling pathway / LIM domain binding / Platelet degranulation / negative regulation of mast cell cytokine production / regulation of germinal center formation / negative regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of actin filament polymerization / plasma cell differentiation / cortical microtubule organization / vinculin binding / paraspeckles / germinal center formation / integrin activation / regulation of immune system process / pyramidal neuron differentiation / type 2 immune response / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of regulatory T cell differentiation / cell-substrate junction assembly / negative regulation of B cell apoptotic process / negative regulation of glycolytic process / positive regulation of cell motility / nuclear thyroid hormone receptor binding / FOXO-mediated transcription of cell death genes / negative regulation of Rho protein signal transduction / cortical actin cytoskeleton organization / negative regulation of cell-matrix adhesion / negative regulation of fatty acid metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / regulation of T cell proliferation / regulation of cell differentiation / negative regulation of Notch signaling pathway / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / Notch-HLH transcription pathway / B cell proliferation / phosphatidylserine binding / locomotor rhythm / negative regulation of cellular senescence / histone deacetylase complex / Rho protein signal transduction / Regulation of MECP2 expression and activity / regulation of immune response / spindle assembly / erythrocyte development / Nuclear signaling by ERBB4 / positive regulation of B cell proliferation / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / ruffle / regulation of cytokine production / transcription repressor complex / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / cell-matrix adhesion / phosphatidylinositol binding / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / integrin-mediated signaling pathway / cell motility / nuclear receptor binding / HDACs deacetylate histones / adherens junction / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Heme signaling / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / cell morphogenesis / negative regulation of cell growth / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / chromatin DNA binding / heterochromatin formation / structural constituent of cytoskeleton / mitotic spindle / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / histone deacetylase binding / cell-cell adhesion / ruffle membrane / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Nuclear Receptor transcription pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / transcription corepressor activity
類似検索 - 分子機能
Kank N-terminal motif / KN motif / : / N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment ...Kank N-terminal motif / KN motif / : / N-CoR, GPS2-interacting domain / : / G-protein pathway suppressor 2-interacting domain / Vinculin-binding site-containing domain / Talin, central / Talin, central domain superfamily / Talin-1/2, rod-segment / : / : / : / Vinculin Binding Site / Talin, middle domain / Talin, R4 domain / Talin 1-like, rod segment domain / Talin IBS2B domain / Talin, N-terminal F0 domain / N-terminal or F0 domain of Talin-head FERM / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain superfamily / I/LWEQ domain / I/LWEQ domain profile. / I/LWEQ domain / Phosphotyrosine-binding domain / IRS-type PTB domain / PTB domain (IRS-1 type) / Alpha-catenin/vinculin-like superfamily / FERM domain signature 1. / FERM conserved site / SANT domain profile. / SANT domain / FERM domain signature 2. / Myb domain / Myb-like DNA-binding domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / BTB/POZ domain / BTB domain profile. / Zinc finger, C2H2 type / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / FERM central domain / SANT/Myb domain / Broad-Complex, Tramtrack and Bric a brac / BTB/POZ domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / Homeobox-like domain superfamily / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear receptor corepressor 1 / Talin-1 / B-cell lymphoma 6 protein / KN motif and ankyrin repeat domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Zacharchenko, T.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Not funded 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2023
タイトル: The structural basis of the talin-KANK1 interaction that coordinates the actin and microtubule cytoskeletons at focal adhesions.
著者: Li, X. / Goult, B.T. / Ballestrem, C. / Zacharchenko, T.
履歴
登録2022年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年7月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月15日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.32024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
D: KN-motif NCoR1 BBD fusion,Nuclear receptor corepressor 1
C: Talin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,0399
ポリマ－69,5624
非ポリマー4765
水00
1
A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
D: KN-motif NCoR1 BBD fusion,Nuclear receptor corepressor 1
C: Talin-1
ヘテロ分子

A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
D: KN-motif NCoR1 BBD fusion,Nuclear receptor corepressor 1
C: Talin-1
ヘテロ分子

A: B-cell lymphoma 6 protein
B: B-cell lymphoma 6 protein
D: KN-motif NCoR1 BBD fusion,Nuclear receptor corepressor 1
C: Talin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)210,11627
ポリマ－208,68712
非ポリマー1,42915
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area41040 Å2
ΔGint-439 kcal/mol
Surface area80460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)207.022, 207.022, 151.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-1702-

SO4

21C-1702-

SO4

31C-1703-

SO4

41C-1703-

SO4

-
要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma 6 protein / BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing ...BCL-6 / B-cell lymphoma 5 protein / BCL-5 / Protein LAZ-3 / Zinc finger and BTB domain-containing protein 27 / Zinc finger protein 51


分子量: 15602.981 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Recombinant Protein / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL6, BCL5, LAZ3, ZBTB27, ZNF51
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P41182
#2: タンパク質 KN-motif NCoR1 BBD fusion,Nuclear receptor corepressor 1 / N-CoR / N-CoR1


分子量: 5781.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8BRZ8, UniProt: O75376
#3: タンパク質 Talin-1


分子量: 32574.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tln1, Tln / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P26039
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.6 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M Ammonium sulfate, 0.1M CHES 9.5, 0.2M Sodium chloride, 6 % (v/v) Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年1月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→61.89 Å / Num. obs: 17332 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.9 % / Biso Wilson estimate: 107.38 Å2 / CC1/2: 0.9 / Net I/σ(I): 2.9
反射 シェル解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 21.8 % / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 2505 / CC1/2: 0.289 / Rpim(I) all: 1.356 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6XYX

6xyx


解像度: 3.4→59.76 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 34.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2855 866 5.03 %
Rwork0.2451 16356 -
obs0.2472 17222 99.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 357.18 Å2 / Biso mean: 127.6639 Å2 / Biso min: 57.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→59.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4649 0 26 0 4675
Biso mean--121.78 --
残基数----602
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.4-3.610.40271370.39322634277197
3.61-3.890.3181450.318927032848100
3.89-4.280.29681280.24927312859100
4.28-4.90.24461370.206327502887100
4.9-6.170.29311580.256527282886100
6.18-59.760.26511610.207328102971100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.44660.02480.20773.42391.37213.9384-0.0671-0.17720.1925-0.0780.3348-0.2572-0.170.6668-0.25150.67310.05180.06680.687-0.05840.856830.0931-36.210955.1051
23.2048-1.0371-0.18011.7738-0.06552.14990.0692-0.0956-0.17820.11550.11260.2152-0.0311-0.5248-0.21090.70140.01780.03060.5615-0.0580.865310.4701-36.199258.8752
31.0889-0.72520.06881.31830.15330.0446-0.2441-0.05550.046-0.2070.4712-0.69640.1028-0.4076-0.19361.49370.16120.28361.7382-0.06411.520519.9066-27.652936.6773
40.78750.2951-0.00071.7449-1.17433.335-0.22940.1997-0.3393-0.46440.16290.51640.059-1.21930.090.94910.09150.01651.2111-0.15811.1172-9.0384-20.637844.7821
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 7 through 127)A7 - 127
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid -4 through 128)B-4 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'D' and resid 1 through 51)D1 - 51
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'C' and resid 1354 through 1659)C1354 - 1659

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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