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万見
- PDB-8as8: E. coli Wadjet JetABC monomer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8as8
タイトルE. coli Wadjet JetABC monomer
要素
  • JetA
  • JetB
  • JetC
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SMC complexes / bacterial immunity / defense system / DNA loop extrusion / Wadjet / JetABCD / DNA cleavage / plasmid restriction / mksBEFG / mobile genetic elements / horizontal gene transfer / eptABCD / mukBEF
機能・相同性Wadjet protein JetB / Domain of unknown function (DUF4194) / Protein of unknown function DUF3375 / Protein of unknown function (DUF3375) / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / DUF4194 domain-containing protein / ATP synthase / DUF3375 family protein
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Roisne-Hamelin, F. / Beckert, B. / Li, Y. / Myasnikov, A. / Gruber, S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)724482European Union
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022
タイトル: DNA-measuring Wadjet SMC ATPases restrict smaller circular plasmids by DNA cleavage.
著者: Hon Wing Liu / Florian Roisné-Hamelin / Bertrand Beckert / Yan Li / Alexander Myasnikov / Stephan Gruber /
要旨: Structural maintenance of chromosome (SMC) complexes fold DNA by loop extrusion to support chromosome segregation and genome maintenance. Wadjet systems (JetABCD/MksBEFG/EptABCD) are derivative SMC ...Structural maintenance of chromosome (SMC) complexes fold DNA by loop extrusion to support chromosome segregation and genome maintenance. Wadjet systems (JetABCD/MksBEFG/EptABCD) are derivative SMC complexes with roles in bacterial immunity against selfish DNA. Here, we show that JetABCD restricts circular plasmids with an upper size limit of about 100 kb, whereas a linear plasmid evades restriction. Purified JetABCD complexes cleave circular DNA molecules, regardless of the DNA helical topology; cleavage is DNA sequence nonspecific and depends on the SMC ATPase. A cryo-EM structure reveals a distinct JetABC dimer-of-dimers geometry, with the two SMC dimers facing in opposite direction-rather than the same as observed with MukBEF. We hypothesize that JetABCD is a DNA-shape-specific endonuclease and propose the "total extrusion model" for DNA cleavage exclusively when extrusion of an entire plasmid has been completed by a JetABCD complex. Total extrusion cannot be achieved on the larger chromosome, explaining how self-DNA may evade processing.
履歴
登録2022年8月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Data processing / Database references / カテゴリ: citation / em_3d_reconstruction
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _em_3d_reconstruction.resolution
改定 1.22024年7月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: JetC
B: JetC
C: JetB
D: JetB
E: JetA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)369,3727
ポリマ－368,5185
非ポリマー8542
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 JetC


分子量: 124562.938 Da / 分子数: 2 / 変異: G added to C-terminus / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: C9160_20650 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4T5T6V2
#2: タンパク質 JetB


分子量: 28020.416 Da / 分子数: 2 / 変異: G added to C-terminus / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: BvCmsKKP036_00455 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4C9B499
#3: タンパク質 JetA


分子量: 63350.883 Da / 分子数: 1
変異: MAHHHHHHHHHHGGSSAWSHPQFEKGGGSGGGSGGGSWSHPQFEKLEVLFQGPAA tag added at N-terminus; G added to C-terminus
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: GF4-3 / 遺伝子: WP_171460373 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4V3QHV5
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: JetABC(D) / タイプ: COMPLEX
詳細: E. coli JetABCD was purified by gel filtration. Note that JetD is not visible in the map.
Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: GF4-3
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 283 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 600 nm / Cs: 2.7 mm
撮影電子線照射量: 40 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: RELION / バージョン: 4 / カテゴリ: 分類
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 124689 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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