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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8arp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of DEAD-box protein Dbp2 in complex with ADP | ||||||
![]() | ATP-dependent RNA helicase DBP2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / helicase | ||||||
機能・相同性 | ![]() nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / SUMOylation of transcription cofactors / G-quadruplex DNA binding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / ATP-dependent activity, acting on RNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / snoRNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / Estrogen-dependent gene expression / rRNA processing ...nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / SUMOylation of transcription cofactors / G-quadruplex DNA binding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / ATP-dependent activity, acting on RNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / snoRNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / Estrogen-dependent gene expression / rRNA processing / G-quadruplex RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Song, Q.X. / Rety, S. / Xi, X.G. | ||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Nonstructural N- and C-tails of Dbp2 confer the protein full helicase activities. 著者: Song, Q.X. / Liu, N.N. / Liu, Z.X. / Zhang, Y.Z. / Rety, S. / Hou, X.M. / Xi, X.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 911.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.6 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 102.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 133.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8arkSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 61082.387 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DBP2, YNL112W, N1945 / プラスミド: pET21a HMT / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ADP / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.46 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.02 M (NH4)2SO4 100 mM Tris pH 7.0 150 mM Li2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.046→119.4 Å / Num. obs: 1019758 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 13.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.153 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.159 / Net I/av σ(I): 15 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 3.046→3.099 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 1.284 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3975 / CC1/2: 0.688 / Rpim(I) all: 0.362 / Rrim(I) all: 1.355 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 8ARK 解像度: 3.05→119.4 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 4.92 / 位相誤差: 29.3155 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 110.1 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.05→119.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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