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- PDB-8ark: Crystal structure of DEAD-box protein Dbp2 in apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ark
タイトルCrystal structure of DEAD-box protein Dbp2 in apo form
要素ATP-dependent RNA helicase DBP2
キーワードHYDROLASE / helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / SUMOylation of transcription cofactors / G-quadruplex DNA binding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / ATP-dependent activity, acting on RNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / snoRNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / Estrogen-dependent gene expression / rRNA processing ...nuclear polyadenylation-dependent mRNA catabolic process / SUMOylation of transcription cofactors / G-quadruplex DNA binding / alternative mRNA splicing, via spliceosome / ATP-dependent activity, acting on RNA / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / snoRNA binding / termination of RNA polymerase II transcription / Estrogen-dependent gene expression / rRNA processing / G-quadruplex RNA binding / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DBP2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.22 Å
データ登録者Rety, S. / Xi, X.G.
資金援助 中国, フランス, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870788 and 32071291) 中国
Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)LIA Helicase-mediated G-quadruplex DNA unwinding and genome stability フランス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2023
タイトル: Nonstructural N- and C-tails of Dbp2 confer the protein full helicase activities.
著者: Song, Q.X. / Liu, N.N. / Liu, Z.X. / Zhang, Y.Z. / Rety, S. / Hou, X.M. / Xi, X.G.
履歴
登録2022年8月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / Refinement description / カテゴリ: citation / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.journal_volume / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DBP2
B: ATP-dependent RNA helicase DBP2
C: ATP-dependent RNA helicase DBP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)183,2473
ポリマ－183,2473
非ポリマー00
水00
1
A: ATP-dependent RNA helicase DBP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0821
ポリマ－61,0821
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP-dependent RNA helicase DBP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0821
ポリマ－61,0821
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: ATP-dependent RNA helicase DBP2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,0821
ポリマ－61,0821
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)204.103, 115.124, 81.411
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.920, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 57 or resid 59 through 63...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 57 or resid 59 through 63...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: ens_1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11GLUGLUGLUGLUAA5757
d_12ILEILETRPTRPAA59 - 6359 - 63
d_13LEULEULYSLYSAA67 - 6967 - 69
d_14PHEPHETYRTYRAA73 - 7873 - 78
d_15GLUGLUVALVALAA80 - 8480 - 84
d_16ASPASPARGARGAA86 - 9686 - 96
d_17ASNASNGLYGLYAA99 - 10599 - 105
d_18ASPASPASPASPAA107 - 134107 - 134
d_19PROPROARGARGAA136 - 196136 - 196
d_110LEULEUGLYGLYAA198 - 210198 - 210
d_111SERSERSERSERAA212 - 213212 - 213
d_112ILEILEILEILEAA215215
d_113ASNASNILEILEAA217 - 230217 - 230
d_114ASPASPSERSERAA232 - 234232 - 234
d_115GLYGLYGLYGLYAA236 - 245236 - 245
d_116LEULEUPROPROAA247 - 302247 - 302
d_117GLUGLUPHEPHEAA304 - 342304 - 342
d_118LYSLYSLYSLYSAA344344
d_119ASPASPASPASPAA346 - 358346 - 358
d_120THRTHRTHRTHRAA363 - 377363 - 377
d_121LEULEUASPASPAA380 - 393380 - 393
d_122ASPASPASPASPAA395395
d_123ASPASPASPASPAA400400
d_124VALVALVALVALAA402402
d_125PHEPHEPHEPHEAA406406
d_126ASNASNGLYGLYAA408 - 409408 - 409
d_127SERSERALAALAAA411 - 421411 - 421
d_128GLYGLYVALVALAA423 - 426423 - 426
d_129GLYGLYGLYGLYAA428 - 452428 - 452
d_130ALAALAASNASNAA456 - 468456 - 468
d_131GLYGLYALAALAAA470 - 473470 - 473
d_132LEULEUPROPROAA475 - 488475 - 488
d_133LEULEULEULEUAA490 - 491490 - 491
d_134TYRTYRASPASPAA493 - 494493 - 494
d_135ARGARGARGARGAA496496
d_21GLUGLUGLUGLUBB5757
d_22ILEILETRPTRPBB59 - 6359 - 63
d_23LEULEULYSLYSBB67 - 6967 - 69
d_24PHEPHETYRTYRBB73 - 7873 - 78
d_25GLUGLUVALVALBB80 - 8480 - 84
d_26ASPASPARGARGBB86 - 9686 - 96
d_27ASNASNGLYGLYBB99 - 10599 - 105
d_28ASPASPASPASPBB107 - 134107 - 134
d_29PROPROARGARGBB136 - 196136 - 196
d_210LEULEUGLYGLYBB198 - 210198 - 210
d_211SERSERSERSERBB212 - 213212 - 213
d_212ILEILEILEILEBB215215
d_213ASNASNILEILEBB217 - 230217 - 230
d_214ASPASPSERSERBB232 - 234232 - 234
d_215GLYGLYGLYGLYBB236 - 245236 - 245
d_216LEULEUPROPROBB247 - 302247 - 302
d_217GLUGLUPHEPHEBB304 - 342304 - 342
d_218LYSLYSLYSLYSBB344344
d_219ASPASPASPASPBB346 - 358346 - 358
d_220THRTHRTHRTHRBB363 - 377363 - 377
d_221LEULEUASPASPBB380 - 393380 - 393
d_222ASPASPASPASPBB395395
d_223ASPASPASPASPBB400400
d_224VALVALVALVALBB402402
d_225PHEPHEPHEPHEBB406406
d_226ASNASNGLYGLYBB408 - 409408 - 409
d_227SERSERALAALABB411 - 421411 - 421
d_228GLYGLYVALVALBB423 - 426423 - 426
d_229GLYGLYGLYGLYBB428 - 452428 - 452
d_230ALAALAASNASNBB456 - 468456 - 468
d_231GLYGLYALAALABB470 - 473470 - 473
d_232LEULEUPROPROBB475 - 488475 - 488
d_233LEULEULEULEUBB490 - 491490 - 491
d_234TYRTYRASPASPBB493 - 494493 - 494
d_235ARGARGARGARGBB496496

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.556899916385, -0.766154837454, 0.320732362222), (-0.763999839775, -0.6240113078, -0.164055272889), (0.325832361737, -0.153677105594, -0.932854018194)ベクター: -17. ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.556899916385, -0.766154837454, 0.320732362222), (-0.763999839775, -0.6240113078, -0.164055272889), (0.325832361737, -0.153677105594, -0.932854018194)
ベクター: -17.4619980162, 6.87678261265, 90.4954740825)

-
要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DBP2 / DEAD box protein 2 / p68-like protein


分子量: 61082.387 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: DBP2, YNL112W, N1945 / プラスミド: pET21a HMT / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Variant (発現宿主): C2566H / 参照: UniProt: P24783, RNA helicase

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.12 M Monosaccharides 1 M Sodium HEPES; MOPS (acid) pH 7.5 19% w/v PEG 500MME PEG 20000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17B1 / 波長: 0.97777 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97777 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.22→38.85 Å / Num. obs: 28601 / % possible obs: 94.47 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 101.09 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.06332 / Net I/σ(I): 15.1
反射 シェル解像度: 3.22→3.33 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5775 / Mean I/σ(I) obs: 2.63 / Num. unique obs: 2971 / CC1/2: 0.812 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
autoPROCデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2i4i

2i4i


解像度: 3.22→38.85 Å / SU ML: 0.4376 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.6957
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 1438 5.06 %
Rwork0.2236 26959 -
obs0.2251 28397 94.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 134.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.22→38.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9085 0 0 0 9085
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00489265
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.033112548
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05471388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01151651
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.47821254
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.2201760444 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.22-3.330.40551470.38222791X-RAY DIFFRACTION98.46
3.33-3.470.35841280.33022201X-RAY DIFFRACTION78.29
3.47-3.620.32911390.2872804X-RAY DIFFRACTION98.33
3.62-3.810.31781290.25852361X-RAY DIFFRACTION82.94
3.81-4.050.25021420.23192607X-RAY DIFFRACTION91.88
4.05-4.370.21331600.20372802X-RAY DIFFRACTION99.33
4.37-4.80.24181490.18412855X-RAY DIFFRACTION99.5
4.8-5.50.28121270.21742861X-RAY DIFFRACTION99.8
5.5-6.920.24961740.23142825X-RAY DIFFRACTION99.11
6.92-38.850.20431430.19362852X-RAY DIFFRACTION97.4
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.050470680222.52067975249-1.142053012414.49672396899-0.4852007857924.97287201885-0.05112290604730.144884084133-0.0415995064453-0.3627590794530.07275802191940.0941601152781-0.342899684304-0.0790471233041-6.66910715244E-50.9158296616770.0657663330164-0.03594761870630.891652994975-0.01536038265750.97761937245118.59159273124.478355308734.3084482458
20.4733507351890.5380178052290.2678916403980.9718469345121.157935865261.95584455583-0.0882699948387-0.6813160369440.04028325250670.372764233562-0.298847476809-0.7872888931670.2784703452690.02091150025984.96657080594E-51.161430893240.0007661867920610.02390335440641.268365332080.1365099684551.2879741388321.395224000819.181455087950.7036413737
31.17632125041-0.3905289286350.8354780631732.89983499157-0.6450356258211.31564752102-0.203076329548-0.2215065342260.4903282238930.5697714253650.5949056430030.0917057059762-0.0062731352673-0.1267982123138.57254609157E-51.454731804840.3256032616070.001525902210211.757083235260.1969368906731.5539570131931.1569495779-2.5412865003861.3027797514
43.484844905361.09508392342-0.7013849465824.98095075934-0.8177265043555.83130409118-0.145443662521-0.5647454998140.003582403646930.163996171574-0.2686065170290.1320009743820.7677399695810.3649667312013.1646219474E-51.30851825352-0.01005946150520.06829750008981.2672893346-0.05137705267971.10509019466-14.909228208-28.152369766460.7399802612
52.114012534930.8739315847990.9335463120460.7074621855750.9255277039781.301971818630.2247040529290.200022014873-0.164827777612-0.0905361920346-0.0320462807211-0.3449329629390.4720593099730.609744276317-2.93707925985E-61.389267448250.191929433681-0.0004291944128941.787021004860.1808179158731.5026229075216.7093064447-26.396969797244.4754141651
61.97837334122-0.51678387779-2.328043043173.98005206353-0.2563387976523.52388248242-0.0973454850462-0.19067080413-0.4991865287580.195145336337-0.01879278461430.1930331455880.351839206172-0.635839333207-0.0001063467986071.2453764809-0.07284808778710.006423486112141.258454046-0.02606033836251.191462702736.8283039177413.213583988472.8730810935
74.165759012380.7193820364360.905026299142.48697468999-0.2458951758132.76078370102-0.088342469627-0.5931757775690.2041575619310.374418830691-0.1162361150830.0253241299925-0.549991880480.566046063802-0.0001568047847491.10149330812-0.0695083983803-0.03655082297081.145542608980.03661152647180.98073927819616.482022104926.273884102778.48595948
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 57 through 302 )AA57 - 3021 - 246
22chain 'A' and (resid 303 through 341 )AA303 - 341247 - 285
33chain 'A' and (resid 342 through 496 )AA342 - 496286 - 440
44chain 'B' and (resid 57 through 302 )BB57 - 3021 - 246
55chain 'B' and (resid 303 through 496 )BB303 - 496247 - 440
66chain 'C' and (resid 57 through 163 )CC57 - 1631 - 107
77chain 'C' and (resid 164 through 326 )CC164 - 326108 - 270

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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