PDB-8arf: Crystal structure of the N-terminal parallel dimeric coiled-coil ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8arf

タイトル

Crystal structure of the N-terminal parallel dimeric coiled-coil region of the human kinetochore associated protein Spindly

要素

Protein Spindly

キーワード

CELL CYCLE / kinetochore / dynein / dynactin

機能・相同性

機能・相同性情報

kinetochore binding / outer kinetochore / protein localization to kinetochore / microtubule organizing center / mitotic metaphase chromosome alignment / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / establishment of mitotic spindle orientation / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Perrakis, A. / Ahmad, M.U.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 2022
タイトル: Conformational transitions of the Spindly adaptor underlie its interaction with Dynein and Dynactin.
著者: d'Amico, E.A. / Ud Din Ahmad, M. / Cmentowski, V. / Girbig, M. / Muller, F. / Wohlgemuth, S. / Brockmeyer, A. / Maffini, S. / Janning, P. / Vetter, I.R. / Carter, A.P. / Perrakis, A. / Musacchio, A.

履歴

登録	2022年8月16日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8arf.cif.gz	152.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8arf.ent.gz	122.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8arf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8arf_validation.pdf.gz	441.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8arf_full_validation.pdf.gz	446.6 KB	表示
XML形式データ	8arf_validation.xml.gz	8.8 KB	表示
CIF形式データ	8arf_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/8arf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ar/8arf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#176 - 2014年8月ダイニン (Dynein) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (5) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (1) #43 - 2003年7月 Srcチロシンキナーゼ (Src Tyrosine Kinase) 類似性 (1) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Protein Spindly

A: Protein Spindly

24.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.507, 112.507, 49.642
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	Protein Spindly / hSpindly / Arsenite-related gene 1 protein / Coiled-coil domain-containing protein 99 / ...hSpindly / Arsenite-related gene 1 protein / Coiled-coil domain-containing protein 99 / Rhabdomyosarcoma antigen MU-RMS-40.4A / Spindle apparatus coiled-coil domain-containing protein 1 分子量: 12143.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPDL1, CCDC99 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96EA4

#1: タンパク質

Protein Spindly / hSpindly / Arsenite-related gene 1 protein / Coiled-coil domain-containing protein 99 / ...

分子量: 12143.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPDL1, CCDC99 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96EA4

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 67.06 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis-Tris Propane pH 6.5; 19% PEG3350; 0.2M KSCN

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.966 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.966 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→48.72 Å / Num. obs: 9079 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 5.4 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.8→2.95 Å / R_merge(I) obs: 1.558 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1312 / CC_1/2: 0.718 / R_pim(I) all: 0.97

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
CRANK2		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.8→48.72 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / SU B: 42.122 / SU ML: 0.338 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.6 / ESU R Free: 0.356 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2898	432	4.764 %
R_work	0.2492	8636	-
all	0.251	-	-
obs	-	9068	99.191 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 92.609 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.132 Å²	-1.566 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.132 Å²	0 Å²
3-	-	-	10.159 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.72 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1598	0	0	0	1598

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.019	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1561
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.887	1.936	2139
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.381	2.938	3617
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.471	5	191
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	47.421	26.522	92
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	28.291	15	366
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	24.672	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.102	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	1805
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	339
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.396	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.261	0.2	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.188	0.2	769
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.09	0.2	1260
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.126	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.202	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.259	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.195	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.383	6.424	770
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.334	6.424	769
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.724	9.667	959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.73	9.671	960
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	8.894	7.955	835
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	8.889	7.956	836
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	14.16	11.417	1179
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.154	11.418	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	18.02	129.156	6740
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	18.018	129.155	6741

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.873	0.346	22	0.364	646	X-RAY DIFFRACTION	99.8505
2.873-2.952	0.358	22	0.349	621	X-RAY DIFFRACTION	99.0755
2.952-3.037	0.372	28	0.359	585	X-RAY DIFFRACTION	98.7118
3.037-3.13	0.375	22	0.346	597	X-RAY DIFFRACTION	99.3579
3.13-3.233	0.353	28	0.362	557	X-RAY DIFFRACTION	99.6593
3.233-3.346	0.431	21	0.32	554	X-RAY DIFFRACTION	99.481
3.346-3.472	0.303	28	0.314	531	X-RAY DIFFRACTION	99.8214
3.472-3.614	0.349	26	0.263	512	X-RAY DIFFRACTION	99.8145
3.614-3.775	0.337	22	0.241	493	X-RAY DIFFRACTION	99.8062
3.775-3.958	0.247	40	0.225	449	X-RAY DIFFRACTION	99.3902
3.958-4.172	0.269	13	0.191	462	X-RAY DIFFRACTION	99.3724
4.172-4.425	0.239	28	0.18	404	X-RAY DIFFRACTION	99.0826
4.425-4.73	0.254	17	0.184	403	X-RAY DIFFRACTION	99.0566
4.73-5.108	0.224	29	0.203	365	X-RAY DIFFRACTION	98.7469
5.108-5.594	0.315	24	0.296	345	X-RAY DIFFRACTION	98.6631
5.594-6.251	0.375	19	0.346	304	X-RAY DIFFRACTION	98.7768
6.251-7.213	0.549	15	0.292	272	X-RAY DIFFRACTION	97.619
7.213-8.822	0.236	13	0.204	234	X-RAY DIFFRACTION	98.0159
8.822-12.426	0.211	9	0.172	191	X-RAY DIFFRACTION	98.0392
12.426-48.72	0.273	6	0.288	111	X-RAY DIFFRACTION	98.3193

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -40.09 Å / Origin y: 36.044 Å / Origin z: -11.789 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2556 Å²	0.0271 Å²	0.0317 Å²	-	0.0188 Å²	0.013 Å²	-	-	0.0334 Å²
L	0.3263 °²	0.2077 °²	0.007 °²	-	12.7628 °²	-0.7488 °²	-	-	0.1972 °²
S	0.0235 Å °	-0.0285 Å °	0.0368 Å °	0.3316 Å °	-0.0813 Å °	-0.4239 Å °	-0.0293 Å °	0.0446 Å °	0.0577 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 97
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	B	2 - 98

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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