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- PDB-8ar8: Bovine glutamate dehydrogenase in complex with ADP at 2.4 A resolution -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ar8
タイトルBovine glutamate dehydrogenase in complex with ADP at 2.4 A resolution
要素Glutamate dehydrogenase (NAD(P)(+))
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Glutamate dehydrogenase / allosteric regulator / ADP
機能・相同性
機能・相同性情報


Glutamate and glutamine metabolism / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / glutamine metabolic process / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of insulin secretion / mitochondrial matrix ...Glutamate and glutamine metabolism / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / glutamine metabolic process / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of insulin secretion / mitochondrial matrix / nucleotide binding / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
NAD(P) binding domain of glutamate dehydrogenase / Leu/Phe/Val dehydrogenases active site / Glu / Leu / Phe / Val dehydrogenases active site. / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, dimerisation domain / Glu/Leu/Phe/Val dehydrogenase, dimerisation domain / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Glutamate/phenylalanine/leucine/valine dehydrogenase, C-terminal / Glutamate/Leucine/Phenylalanine/Valine dehydrogenase / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Glutamate dehydrogenase 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Aleshin, V.A. / Bellinzoni, M.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Pasteur Institute フランス
引用
ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for the Binding of Allosteric Activators Leucine and ADP to Mammalian Glutamate Dehydrogenase.
著者: Aleshin, V.A. / Bunik, V.I. / Bruch, E.M. / Bellinzoni, M.
#1: ジャーナル: Preprints / 年: 2022
タイトル: Structural Basis for the Binding of Allosteric Activators Leucine and ADP to Mammalian Glutamate Dehydrogenase
著者: Aleshin, V.A. / Bunik, V.I. / Bruch, E.M. / Bellinzoni, M.
履歴
登録2022年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate dehydrogenase (NAD(P)(+))
B: Glutamate dehydrogenase (NAD(P)(+))
C: Glutamate dehydrogenase (NAD(P)(+))
D: Glutamate dehydrogenase (NAD(P)(+))
E: Glutamate dehydrogenase (NAD(P)(+))
F: Glutamate dehydrogenase (NAD(P)(+))
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)372,85412
ポリマ－370,2916
非ポリマー2,5636
水18,3571019
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area35120 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area101720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.51, 92.03, 119.57
Angle α, β, γ (deg.)99.35, 106.73, 109.73
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Glutamate dehydrogenase (NAD(P)(+))


分子量: 61715.160 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
参照: UniProt: A0A140T871, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+]
#2: 化合物
ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1019 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20 mM CaCl2, 100 mM Na-acetate buffer (pH 4.6), 30% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→47.458 Å / Num. obs: 96056 / % possible obs: 89.9 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.925 / Rpim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 5
反射 シェル解像度: 2.4→2.484 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4805 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.398 / % possible all: 86

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.4 (8-JUN-2022)精密化
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JCZ

3jcz


解像度: 2.4→47.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / 交差検証法: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 2.36 / SU Rfree Blow DPI: 0.302
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2361 4664 -RANDOM
Rwork0.2037 ---
obs0.2052 96056 76.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 41.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.5981 Å21.1333 Å20.2746 Å2
2--6.9256 Å2-6.6996 Å2
3----1.3275 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22937 0 162 1019 24118
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.00623592HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg0.7731878HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d10954SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes4034HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it23592HARMONIC10
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion3071SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact20393SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.65
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.76
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.44 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 96 -
Rwork0.2459 --
obs0.2463 1922 34.42 %
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3072-0.6646-0.33091.02940.12922.93110.03840.15570.27730.1557-0.0040.00050.27730.0005-0.0343-0.118-0.0304-0.0052-0.0439-0.0994-0.0921-21.0622-67.139734.5974
23.321-0.47780.57772.459-0.55052.07810.1512-0.15410.4681-0.15410.2247-0.30150.4681-0.3015-0.3758-0.1522-0.0865-0.09570.0164-0.0590.1079-32.5214-82.81716.1252
30.04550.34010.08771.16881.47738.34330.0842-0.227-0.2246-0.227-0.2578-0.4221-0.2246-0.42210.1737-0.16630.1271-0.05690.2026-0.2142-0.0171-35.6305-52.9553-5.0705
41.8664-1.6782-0.21833.4670.3380.68280.27-0.26340.1637-0.2634-0.21570.15910.16370.1591-0.0543-0.06160.04410.0351-0.005-0.1242-0.1163-14.1885-72.739614.9794
51.03650.20260.32921.1388-0.12641.1694-0.01250.04820.00350.04820.03670.09630.00350.0963-0.0242-0.17110.01340.01320.0775-0.0978-0.10190.9913-38.089519.5774
63.0740.7372-1.09762.0235-0.33512.3366-0.1597-0.36020.1693-0.36020.19540.22930.16930.2293-0.0357-0.1968-0.02030.03230.1932-0.1589-0.17194.6592-44.3884-5.8748
71.41550.14843.20720.52092.13319.95270.04460.11920.54420.1192-0.1021-0.27110.5442-0.27110.0575-0.10840.0109-0.02030.0155-0.1804-0.0296-27.9016-62.3088-6.446
81.90941.2369-0.89112.3614-2.1482.2215-0.0547-0.4237-0.1937-0.42370.0147-0.1634-0.1937-0.16340.04-0.2173-0.0341-0.05550.1737-0.0046-0.1296-10.1612-31.88782.2791
91.45330.63720.21171.49860.40971.26550.02110.0992-0.09160.0992-0.0187-0.1201-0.0916-0.1201-0.0024-0.17280.0480.00290.0649-0.1111-0.1081-36.779-31.74629.2335
102.7658-0.6610.41860.9815-0.04230.98440.0156-0.0932-0.0878-0.0932-0.0282-0.0819-0.0878-0.08190.0126-0.15340.00030.00530.0249-0.1551-0.0551-49.4904-29.06196.0216
110.9790.76391.59963.6494.33676.09430.0579-0.3434-0.1903-0.3434-0.05270.0381-0.19030.0381-0.0052-0.14190.02570.02640.105-0.1191-0.1051-24.3926-50.7162-9.5973
124.1317-0.79150.3663-0.08570.80780.466-0.02260.04230.04580.04230.0058-0.38030.0458-0.38030.0168-0.13430.01570.01220.0178-0.1446-0.0011-46.7405-46.784519.5251
131.5256-0.40470.40050.5888-0.10561.71150.0432-0.1096-0.0522-0.1096-0.03840.0845-0.05220.0845-0.0048-0.1779-0.01090.01490.0751-0.1106-0.09415.2059-28.587141.1551
144.12630.64610.20651.10240.14171.29660.04190.0929-0.16450.09290.02290.1529-0.16450.1529-0.0648-0.19630.00550.02370.0462-0.15820.027818.3744-13.737659.5344
150.4219-0.0791.41810.9341.20963.68070.07010.28020.10890.28020.0665-0.18450.1089-0.1845-0.1365-0.07550.03480.01360.0975-0.1637-0.1175-6.1405-24.225885.037
164.31890.82470.33071.40120.09311.2489-0.1122-0.02920.1039-0.02920.17530.23350.10390.2335-0.063-0.18370.0357-0.00130.1548-0.0772-0.16815.4383-36.009457.247
172.14310.5007-0.22161.53760.98352.27440.06370.09620.25280.0962-0.079-0.05510.2528-0.05510.0153-0.12780.0305-0.01620.005-0.0676-0.1367-10.6111-61.323355.2656
181.6744-0.22710.32972.8429-1.09551.6322-0.05690.0570.27890.057-0.10410.24360.27890.24360.1609-0.09660.08160.0190.0417-0.056-0.05570.5098-63.794780.3267
190.4574-1.1791-1.47032.28763.04829.3818-0.01990.0694-0.26380.06940.2870.6464-0.26380.6464-0.2671-0.14670.0359-0.03030.0727-0.1486-0.05445.2178-28.290582.2406
20-0.5116-0.020.64771.8094-1.02051.06290.03930.15070.02270.15070.053-0.30470.0227-0.3047-0.0923-0.0777-0.00570.07590.1304-0.1052-0.1166-17.4123-55.515374.8418
211.4873-0.02080.37781.61290.36920.9931-0.02310.00120.0370.0012-0.0348-0.1730.037-0.1730.0578-0.18190.02410.01640.0856-0.1392-0.1014-33.0201-29.769153.0769
223.0857-0.8522-0.3572.01940.49222.5826-0.14470.3114-0.02620.31140.0258-0.4617-0.0262-0.46170.1189-0.24240.01340.01510.2265-0.1801-0.1674-36.4843-20.69377.5689
231.27462.26124.55721.2723.72158.68820.01470.3860.47190.386-0.01830.01660.47190.01660.0036-0.0350.0455-0.03120.0778-0.1379-0.121-3.8802-36.218785.5998
241.3215-1.11960.69244.04220.10841.2208-0.0550.267-0.25420.267-0.09730.1643-0.25420.16430.1523-0.23090.0311-0.05920.0496-0.1850.0041-21.2962-14.464364.4
25-5.62861.42944.44092.821-0.01622.8076-0.9637-0.572-0.0326-0.5720.8460.5139-0.03260.51390.1176-0.1790.0762-0.04390.0874-0.21320.2606-12.3233-63.633817.0127
266.3724-12.87262.8946-9.24070.81167.6589-0.4635-0.60470.3925-0.60470.4681-0.7080.3925-0.708-0.0046-0.09950.00590.10190.2915-0.37560.1326-15.8305-33.77869.7298
274.2052-6.07092.2302-4.3383-3.99520.19590.3365-1.4821.9504-1.482-0.19760.21591.95040.2159-0.1389-0.12120.1710.18280.6829-0.0348-0.0307-39.3399-49.731521.4665
283.57493.266-11.93337.17711.8324-1.99180.19992.11970.71162.1197-0.638-0.15130.7116-0.15130.4382-0.15740.02260.05270.4817-0.4480.10668.0314-39.543857.2262
294.5144-4.5122-0.5731-5.32551.4312.63390.07250.4657-1.18890.46570.0733-0.6114-1.1889-0.6114-0.1458-0.35850.0541-0.04180.2954-0.10610.1583-19.1064-49.072668.0469
300.31697.1644-3.31966.7134-1.1507-3.7729-0.22830.3939-0.08760.3939-0.50361.604-0.08761.6040.732-0.24360.12010.10290.3137-0.10670.075-15.5248-19.833159.0046
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|64 - A|270 }A64 - 270
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|271 - A|451 }A271 - 451
3X-RAY DIFFRACTION3{ A|452 - A|505 }A452 - 505
4X-RAY DIFFRACTION4{ A|506 - A|557 }A506 - 557
5X-RAY DIFFRACTION5{ B|61 - B|270 }B61 - 270
6X-RAY DIFFRACTION6{ B|271 - B|451 }B271 - 451
7X-RAY DIFFRACTION7{ B|452 - B|505 }B452 - 505
8X-RAY DIFFRACTION8{ B|506 - B|557 }B506 - 557
9X-RAY DIFFRACTION9{ C|61 - C|270 }C61 - 270
10X-RAY DIFFRACTION10{ C|271 - C|451 }C271 - 451
11X-RAY DIFFRACTION11{ C|452 - C|505 }C452 - 505
12X-RAY DIFFRACTION12{ C|506 - C|557 }C506 - 557
13X-RAY DIFFRACTION13{ D|66 - D|270 }D66 - 270
14X-RAY DIFFRACTION14{ D|271 - D|451 }D271 - 451
15X-RAY DIFFRACTION15{ D|452 - D|505 }D452 - 505
16X-RAY DIFFRACTION16{ D|506 - D|560 }D506 - 560
17X-RAY DIFFRACTION17{ E|64 - E|270 }E64 - 270
18X-RAY DIFFRACTION18{ E|271 - E|451 }E271 - 451
19X-RAY DIFFRACTION19{ E|452 - E|505 }E452 - 505
20X-RAY DIFFRACTION20{ E|506 - E|556 }E506 - 556
21X-RAY DIFFRACTION21{ F|61 - F|270 }F61 - 270
22X-RAY DIFFRACTION22{ F|271 - F|451 }F271 - 451
23X-RAY DIFFRACTION23{ F|452 - F|505 }F452 - 505
24X-RAY DIFFRACTION24{ F|506 - F|557 }F506 - 557
25X-RAY DIFFRACTION25{ A|601 }A601
26X-RAY DIFFRACTION26{ B|601 }B601
27X-RAY DIFFRACTION27{ C|601 }C601
28X-RAY DIFFRACTION28{ D|601 }D601
29X-RAY DIFFRACTION29{ E|601 }E601
30X-RAY DIFFRACTION30{ F|601 }F601

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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