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- PDB-8ar8: Bovine glutamate dehydrogenase in complex with ADP at 2.4 A resolution -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ar8 | ||||||
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Title | Bovine glutamate dehydrogenase in complex with ADP at 2.4 A resolution | ||||||
![]() | Glutamate dehydrogenase (NAD(P)(+)) | ||||||
![]() | CYTOSOLIC PROTEIN / Glutamate dehydrogenase / allosteric regulator / ADP | ||||||
Function / homology | ![]() Glutamate and glutamine metabolism / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / glutamine metabolic process / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of insulin secretion / mitochondrial matrix ...Glutamate and glutamine metabolism / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / tricarboxylic acid metabolic process / glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] / glutamate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate catabolic process / glutamine metabolic process / Mitochondrial protein degradation / positive regulation of insulin secretion / mitochondrial matrix / nucleotide binding / mitochondrion Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Aleshin, V.A. / Bellinzoni, M. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Basis for the Binding of Allosteric Activators Leucine and ADP to Mammalian Glutamate Dehydrogenase. Authors: Aleshin, V.A. / Bunik, V.I. / Bruch, E.M. / Bellinzoni, M. #1: ![]() Title: Structural Basis for the Binding of Allosteric Activators Leucine and ADP to Mammalian Glutamate Dehydrogenase Authors: Aleshin, V.A. / Bunik, V.I. / Bruch, E.M. / Bellinzoni, M. | ||||||
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Structure visualization
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Downloads & links
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Download
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 2.7 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 109.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 153.1 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ar7C ![]() 3jczS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 61715.160 Da / Num. of mol.: 6 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) ![]() ![]() References: UniProt: A0A140T871, glutamate dehydrogenase [NAD(P)+] #2: Chemical | ChemComp-ADP / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.24 Å3/Da / Density % sol: 45.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 277 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 20 mM CaCl2, 100 mM Na-acetate buffer (pH 4.6), 30% MPD (2-methyl-2,4-pentanediol) |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Mar 6, 2021 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97625 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.4→47.458 Å / Num. obs: 96056 / % possible obs: 89.9 % / Redundancy: 3.4 % / CC1/2: 0.925 / Rpim(I) all: 0.175 / Net I/σ(I): 5 |
Reflection shell | Resolution: 2.4→2.484 Å / Redundancy: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4805 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.398 / % possible all: 86 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3JCZ Resolution: 2.4→47.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.88 / Cross valid method: THROUGHOUT / SU R Blow DPI: 2.36 / SU Rfree Blow DPI: 0.302
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Refinement TLS params. | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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