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- PDB-8aqr: Native crystal structure of the N-terminal beta-hairpin docking (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aqr
タイトルNative crystal structure of the N-terminal beta-hairpin docking (bHD) domain of the AerJ halogenase, from the aeruginosin biosynthetic assembly line
要素AerJ
キーワードPROTEIN BINDING / beta-hairpin docking domain / nonribosomal peptide synthetase / polyketide synthase / halogenase
機能・相同性TubC, N-terminal docking domain superfamily / TubC, N-terminal docking domain / TubC N-terminal docking domain / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / AerJ
機能・相同性情報
生物種Microcystis aeruginosa NIES-98 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.46 Å
データ登録者Fage, C.D. / Lewandowski, J.R. / Challis, G.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tandem halogenation and condensation in aeruginosin biosynthesis is directed by docking domain-mediated carrier protein recruitment
著者: Beech, M.J. / Fage, C.D. / Smith, H.G. / Kosol, S. / Gallo, A. / Bahia, D. / Jenner, M. / Lewandowski, J.R. / Challis, G.L.
履歴
登録2022年8月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AerJ
B: AerJ
C: AerJ
D: AerJ
E: AerJ
F: AerJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,4327
ポリマ－40,3976
非ポリマー351
水7,350408
1
A: AerJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7331
ポリマ－6,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AerJ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7682
ポリマ－6,7331
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: AerJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7331
ポリマ－6,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: AerJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7331
ポリマ－6,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: AerJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7331
ポリマ－6,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: AerJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7331
ポリマ－6,7331
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.532, 57.391, 62.168
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.680, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
AerJ / FAD-binding protein


分子量: 6732.778 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-56 of the AerJ halogenase, with an N-terminal Gly-Ser thrombin cleavage scar
由来: (組換発現) Microcystis aeruginosa NIES-98 (バクテリア)
遺伝子: aerJ, BFG60_0936 / プラスミド: pET-24a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B9VVV3
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.78 % / 解説: Rectangular prism
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.1 M BICINE (pH 9.0), 2.4 M ammonium sulfate, final pH 9.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.46→61.28 Å / Num. obs: 58560 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 394159
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.46-1.496.16.6551851930170.0772.9147.280.3100
7.86-61.2870.016284540910.0060.01777.899.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.64 Å61.28 Å
Translation5.79 Å61.28 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHENIX1.18rc2-3799精密化
PHASER2.8.3位相決定
Aimless0.7.4データスケーリング
XDSMar 15, 2019データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AerJ bHD domain, SeMet derivative

解像度: 1.46→61.28 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 30.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2345 2834 4.99 %RANDOM
Rwork0.1962 53932 --
obs0.1981 56766 96.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.01 Å2 / Biso mean: 29.5813 Å2 / Biso min: 15.69 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.46→61.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2826 0 1 412 3239
Biso mean--59.68 37.8 -
残基数----348
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.46-1.490.4039830.40571789187264
1.49-1.510.41141270.38842288241583
1.51-1.540.40971310.37492581271295
1.54-1.570.38211290.34992768289799
1.57-1.610.37411590.345827552914100
1.61-1.640.38241530.333927392892100
1.64-1.690.40131460.334227972943100
1.69-1.730.29811520.291627572909100
1.73-1.780.31441510.267827412892100
1.78-1.840.27651680.245927582926100
1.84-1.910.29571580.214927512909100
1.91-1.980.23481270.206228062933100
1.98-2.070.24491470.202527682915100
2.07-2.180.24821350.177627822917100
2.18-2.320.22691490.180427832932100
2.32-2.50.23321390.18628092948100
2.5-2.750.20471410.186327842925100
2.75-3.150.23441280.184328052933100
3.15-3.960.20251480.14928152963100
3.96-61.280.17851630.166828563019100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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