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万見
- PDB-8aq9: Domain 2 of zinc-loaded Caenorhabditis elegans MTL-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aq9
タイトルDomain 2 of zinc-loaded Caenorhabditis elegans MTL-1
要素Metallothionein-1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / STRUCTURE FROM CYANA 2.1 Metallothionein Zinc C. elegans
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to metal ion / response to mercury ion / cadmium ion binding / response to cadmium ion / response to lead ion / response to heat / copper ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metallothionein, family 6, nematoda
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Leszczyszyn, O.I. / Sturzenbaum, S.R. / Blindauer, C.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/E025099 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/E025064 英国
引用ジャーナル: Chemosphere / 年: 2023
タイトル: Juggling cadmium detoxification and zinc homeostasis: A division of labour between the two C. elegans metallothioneins.
著者: Essig, Y.J. / Leszczyszyn, O.I. / Almutairi, N. / Harrison-Smith, A. / Blease, A. / Zeitoun-Ghandour, S. / Webb, S.M. / Blindauer, C.A. / Sturzenbaum, S.R.
履歴
登録2022年8月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Metallothionein-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2385
ポリマ－7,9761
非ポリマー2624
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, 7 zinc ions observed by MS; only 4 shown in structure
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area240 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area3990 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1medoid

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要素

#1: タンパク質 Metallothionein-1 / MT-1 / Metallothionein-I / MT-I


分子量: 7976.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mtl-1, met-1, K11G9.6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta TM2 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: P17511
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic12D TOCSY
132isotropic13D 1H-15N NOESY
142isotropic13D 1H-15N TOCSY
152isotropic13D HNHA
162isotropic13D HNCA
172isotropic13D HN(CO)CA

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM Zn7MTL-1, 20 mM ammonium hydrogen carbonate, 20 mM nat sodium chloride, 90% H2O/10% D2Ounlabelled Zn7MTL-190% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-13C; U-15N] Zn7MTL-1, 25 mM ammonium hydrogen carbonate, 25 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O15N,13C-Zn7MTL-190% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMZn7MTL-1natural abundance1
20 mMammonium hydrogen carbonatenatural abundance1
20 mMsodium chloridenat1
0.5 mMZn7MTL-1[U-13C; U-15N]2
25 mMammonium hydrogen carbonatenatural abundance2
25 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態イオン強度: 40 mM / Label: conditions_1 / pH: 7.3 pH* / 圧: 1 bar / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 700 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
Sparky3.114Goddardchemical shift assignment
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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