PDB-8apr: CaMct - Mesaconyl-CoA C1:C4 CoA Transferase of Chloroflexus auran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8apr

タイトル

CaMct - Mesaconyl-CoA C1:C4 CoA Transferase of Chloroflexus aurantiacus

要素

2-methylfumaryl-CoA isomerase

キーワード

TRANSFERASE / mesaconyl-CoA / methylfumaryl-CoA / isomerase / intramolecular / methylfumaryl-CoA isomerase / 3-Hydroxypropionate / 3OHP

機能・相同性

機能・相同性情報

2-methylfumaryl-CoA isomerase / intramolecular acyltransferase activity / carbon fixation by 3-hydroxypropionate cycle
類似検索 - 分子機能

生物種

Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Pfister, P. / Zarzycki, J. / Erb, T.J.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structural Basis for a Cork-Up Mechanism of the Intra-Molecular Mesaconyl-CoA Transferase.
著者: Pfister, P. / Zarzycki, J. / Erb, T.J.

履歴

登録	2022年8月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年1月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8apr.cif.gz	481.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8apr.ent.gz	396.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8apr.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8apr_validation.pdf.gz	451.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8apr_full_validation.pdf.gz	456.2 KB	表示
XML形式データ	8apr_validation.xml.gz	45.8 KB	表示
CIF形式データ	8apr_validation.cif.gz	66 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apr ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apr	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8apqC 3ubmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 2-methylfumaryl-CoA isomerase

B: 2-methylfumaryl-CoA isomerase

C: 2-methylfumaryl-CoA isomerase

ヘテロ分子

142 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 2-methylfumaryl-CoA isomerase

B: 2-methylfumaryl-CoA isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
94.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: 2-methylfumaryl-CoA isomerase

ヘテロ分子

C: 2-methylfumaryl-CoA isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
94.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	172.600, 103.520, 95.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.630, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	2-methylfumaryl-CoA isomerase 分子量: 47402.195 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア) 株: ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl / 遺伝子: mct, Caur_0175 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WC36, 2-methylfumaryl-CoA isomerase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.73 % / 解説: needles
結晶化	温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 200 mM Sodium chloride, 100 mM Sodium potassium phosphate pH 6.2, 50% v/v Polyethylene glycol 200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: cryostream / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.96862 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年2月27日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96862 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→29.53 Å / Num. obs: 84090 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.853 % / B_iso Wilson estimate: 35.55 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.101 / R_rim(I) all: 0.11 / Χ²: 0.893 / Net I/σ(I): 13.47 / Num. measured all: 576267 / Scaling rejects: 18

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.1-2.16	6.229	0.898	2.2	37211	6206	5974	0.858	0.981	96.3
2.16-2.22	6.784	0.8	2.68	41075	6070	6055	0.891	0.867	99.8
2.22-2.28	7.129	0.658	3.42	42215	5932	5922	0.921	0.71	99.8
2.28-2.35	7.086	0.527	4.14	40345	5715	5694	0.946	0.569	99.6
2.35-2.43	7.051	0.475	4.63	39204	5577	5560	0.951	0.513	99.7
2.43-2.52	7.055	0.378	5.83	38015	5409	5388	0.968	0.408	99.6
2.52-2.61	6.927	0.305	7.03	35697	5160	5153	0.974	0.33	99.9
2.61-2.72	6.61	0.24	8.25	33175	5042	5019	0.983	0.261	99.5
2.72-2.84	6.473	0.195	10.1	30771	4766	4754	0.983	0.213	99.7
2.84-2.98	7.211	0.161	12.58	33156	4616	4598	0.992	0.174	99.6
2.98-3.14	7.23	0.124	15.68	31467	4363	4352	0.995	0.134	99.7
3.14-3.33	7.109	0.1	19.16	29280	4133	4119	0.996	0.108	99.7
3.33-3.56	6.956	0.079	22.97	26963	3889	3876	0.997	0.086	99.7
3.56-3.84	6.602	0.065	26.14	23924	3638	3624	0.997	0.071	99.6
3.84-4.21	6.08	0.051	29.56	20259	3354	3332	0.998	0.056	99.3
4.21-4.71	7.063	0.047	34.23	21294	3027	3015	0.998	0.051	99.6
4.71-5.43	7.044	0.044	35.12	18780	2675	2666	0.999	0.047	99.7
5.43-6.65	6.791	0.044	34.14	15416	2284	2270	0.999	0.047	99.4
6.65-9.41	6.324	0.034	39.47	11150	1774	1763	0.999	0.037	99.4
9.41-29.53	7.186	0.027	47.63	6870	1004	956	0.999	0.029	95.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHENIX	1.20.1_4487	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ubm

3ubm

解像度: 2.1→29.53 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2118	1999	2.38 %
R_work	0.18	82023	-
obs	0.1808	84022	99.56 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.89 Å² / B_iso mean: 41.8278 Å² / B_iso min: 29.28 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→29.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9354	0	3	529	9886
B_iso mean	-	-	41.6	44.28	-
残基数	-	-	-	-	1212

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1-2.16	0.3288	142	0.2749	5602	5744	96
2.16-2.22	0.2972	133	0.2448	5830	5963	100
2.22-2.28	0.2439	142	0.2213	5872	6014	100
2.28-2.35	0.2626	151	0.2	5815	5966	100
2.35-2.44	0.2508	139	0.193	5879	6018	100
2.44-2.54	0.2336	142	0.1842	5847	5989	100
2.54-2.65	0.2431	145	0.1815	5892	6037	100
2.65-2.79	0.2197	142	0.1846	5841	5983	100
2.79-2.97	0.2176	150	0.1852	5863	6013	100
2.97-3.19	0.2438	140	0.1838	5886	6026	100
3.19-3.51	0.2011	135	0.1796	5896	6031	100
3.52-4.02	0.1962	148	0.1685	5901	6049	100
4.02-5.06	0.163	141	0.1547	5907	6048	100
5.06-29.53	0.1976	149	0.173	5992	6141	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 13.8375 Å / Origin y: 81.9542 Å / Origin z: 15.0757 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.3862 Å²	-0.0012 Å²	-0.1166 Å²	-	0.3492 Å²	0.0027 Å²	-	-	0.371 Å²
L	0.2318 °²	0.0694 °²	0.0501 °²	-	0.2808 °²	0.057 °²	-	-	0.2127 °²
S	0.022 Å °	-0.0368 Å °	0.004 Å °	0.0487 Å °	-0.0193 Å °	-0.0506 Å °	0.0188 Å °	0.032 Å °	-0.007 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	2 - 450
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	2 - 450
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	2 - 450
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 538

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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