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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8apq | ||||||
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タイトル | CaMct - Mesaconyl-CoA C1:C4 CoA Transferase of Chloroflexus aurantiacus | ||||||
![]() | 2-methylfumaryl-CoA isomerase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / mesaconyl-CoA / methylfumaryl-CoA / isomerase / intramolecular / methylfumaryl-CoA isomerase / 3-Hydroxypropionate / 3OHP | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2-methylfumaryl-CoA isomerase / intramolecular acyltransferase activity / carbon fixation by 3-hydroxypropionate cycle 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pfister, P. / Zarzycki, J. / Erb, T.J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Basis for a Cork-Up Mechanism of the Intra-Molecular Mesaconyl-CoA Transferase. 著者: Pfister, P. / Zarzycki, J. / Erb, T.J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 965.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 807.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 95.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 131 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8aprC ![]() 3ubmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47402.195 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl / 遺伝子: mct, Caur_0175 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-OA9 / | #3: 化合物 | ChemComp-COA / #4: 化合物 | ChemComp-MEZ / ( #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | 解説: needles |
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結晶化 | 温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 35% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Sodium/potassium phosphate pH 6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9766 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.49→29.69 Å / Num. obs: 189902 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.849 % / Biso Wilson estimate: 47.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 13.57 / Num. measured all: 1110756 / Scaling rejects: 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3ubm 解像度: 2.49→29.69 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.54 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 124.74 Å2 / Biso mean: 50.5406 Å2 / Biso min: 33.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.49→29.69 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -80.6723 Å / Origin y: 40.4872 Å / Origin z: 33.557 Å
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精密化 TLSグループ |
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