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- PDB-8apq: CaMct - Mesaconyl-CoA C1:C4 CoA Transferase of Chloroflexus auran... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8apq
タイトルCaMct - Mesaconyl-CoA C1:C4 CoA Transferase of Chloroflexus aurantiacus
要素2-methylfumaryl-CoA isomerase
キーワードTRANSFERASE / mesaconyl-CoA / methylfumaryl-CoA / isomerase / intramolecular / methylfumaryl-CoA isomerase / 3-Hydroxypropionate / 3OHP
機能・相同性
機能・相同性情報


2-methylfumaryl-CoA isomerase / intramolecular acyltransferase activity / carbon fixation by 3-hydroxypropionate cycle
類似検索 - 分子機能
Mesaconyl-CoA isomerase / CoA-transferase family III domain 3 superfamily / CoA-transferase family III / CoA-transferase family III domain 1 superfamily / CoA-transferase family III
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / (2E)-2-METHYLBUT-2-ENEDIOIC ACID / Mesaconyl Coenzme A / 2-methylfumaryl-CoA isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.49 Å
データ登録者Pfister, P. / Zarzycki, J. / Erb, T.J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2023
タイトル: Structural Basis for a Cork-Up Mechanism of the Intra-Molecular Mesaconyl-CoA Transferase.
著者: Pfister, P. / Zarzycki, J. / Erb, T.J.
履歴
登録2022年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
B: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
C: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
D: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
E: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
F: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)289,78117
ポリマ－284,4136
非ポリマー5,36811
水19,0061055
1
A: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
B: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,5825
ポリマ－94,8042
非ポリマー1,7773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15040 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area28070 Å2
手法PISA
2
C: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
D: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6006
ポリマ－94,8042
非ポリマー1,7954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17000 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area27860 Å2
手法PISA
3
E: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
F: 2-methylfumaryl-CoA isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,6006
ポリマ－94,8042
非ポリマー1,7954
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16930 Å2
ΔGint-86 kcal/mol
Surface area28010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.840, 193.840, 251.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質
2-methylfumaryl-CoA isomerase


分子量: 47402.195 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (バクテリア)
株: ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl / 遺伝子: mct, Caur_0175 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A9WC36, 2-methylfumaryl-CoA isomerase
#2: 化合物 ChemComp-OA9 / Mesaconyl Coenzme A / (~{E})-4-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-3-methyl-4-oxidanylidene-but-2-enoic acid / Mesaconyl-CoA / 2-methylfumaroyl-CoA / メサコニルCoA


分子量: 879.618 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H40N7O19P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-MEZ / (2E)-2-METHYLBUT-2-ENEDIOIC ACID / MESACONIC ACID / MESACONATE / メサコン酸


分子量: 130.099 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1055 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶解説: needles
結晶化温度: 288.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 35% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Sodium/potassium phosphate pH 6.2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9766 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 S 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9766 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→29.69 Å / Num. obs: 189902 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.849 % / Biso Wilson estimate: 47.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 13.57 / Num. measured all: 1110756 / Scaling rejects: 23
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.49-2.565.9570.7332.588240713945138340.7870.80399.2
2.56-2.635.9220.6013.128087713672136560.850.65899.9
2.63-2.75.8980.5143.617785613209132000.8850.56399.9
2.7-2.795.890.4084.427599112908129010.9240.44799.9
2.79-2.885.8830.3215.517317912476124390.9520.35299.7
2.88-2.985.9490.2526.797180212116120690.9690.27699.6
2.98-3.095.9750.1918.786976811681116770.9820.209100
3.09-3.225.9760.14910.96697811216112070.9890.16399.9
3.22-3.365.9120.12112.926394810825108170.9920.13299.9
3.36-3.525.8620.09715.686058310343103350.9950.10699.9
3.52-3.715.8220.08218.0557133981998130.9960.0999.9
3.71-3.945.7560.06921.1353504930992950.9960.07699.8
3.94-4.215.720.0623.9649955876787330.9970.06699.6
4.21-4.555.6670.05426.1746041816481240.9970.0699.5
4.55-4.985.8230.05127.5244043757075630.9970.05699.9
4.98-5.575.8410.05127.2439878683768270.9980.05699.9
5.57-6.435.7670.05326.3935030608160740.9980.05899.9
6.43-7.885.5990.04629.3328759515851360.9980.0599.6
7.88-11.145.520.03834.6522186405040190.9990.04299.2
11.14-29.694.9650.03635.0910838234321830.9990.0493.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX1.20.1_4487位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ubm

3ubm


解像度: 2.49→29.69 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1995 1998 1.05 %
Rwork0.185 187873 -
obs0.1852 189871 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 124.74 Å2 / Biso mean: 50.5406 Å2 / Biso min: 33.37 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.49→29.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18795 0 337 1055 20187
Biso mean--68.48 50.19 -
残基数----2435
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.49-2.550.27041410.2406132301337199
2.55-2.620.25891420.22651332113463100
2.62-2.70.25411410.23341334113482100
2.7-2.790.23071420.21361333513477100
2.79-2.890.2461450.21391331813463100
2.89-30.26551390.20231335713496100
3-3.140.25551420.20161337313515100
3.14-3.30.20131440.18771338613530100
3.3-3.510.2121410.18861338013521100
3.51-3.780.18751440.17571346613610100
3.78-4.160.16611430.15681341513558100
4.16-4.760.14071440.14791349213636100
4.76-5.990.17131410.17371359813739100
5.99-29.690.21021490.2007138611401099
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -80.6723 Å / Origin y: 40.4872 Å / Origin z: 33.557 Å
111213212223313233
T0.3461 Å20.0022 Å20.0144 Å2-0.3216 Å20.0249 Å2--0.2985 Å2
L0.1471 °2-0.0882 °20.0763 °2-0.1924 °2-0.0368 °2--0.3801 °2
S0.0429 Å °-0.0248 Å °-0.0222 Å °-0.0483 Å °0.0126 Å °0.011 Å °0.0405 Å °0.0054 Å °-0.0546 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 500
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 510
3X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 510
4X-RAY DIFFRACTION1allD1 - 510
5X-RAY DIFFRACTION1allE2 - 510
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 500
7X-RAY DIFFRACTION1allF510
8X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 1055

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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