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Yorodumi- PDB-8apq: CaMct - Mesaconyl-CoA C1:C4 CoA Transferase of Chloroflexus auran... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8apq | ||||||
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Title | CaMct - Mesaconyl-CoA C1:C4 CoA Transferase of Chloroflexus aurantiacus | ||||||
Components | 2-methylfumaryl-CoA isomerase | ||||||
Keywords | TRANSFERASE / mesaconyl-CoA / methylfumaryl-CoA / isomerase / intramolecular / methylfumaryl-CoA isomerase / 3-Hydroxypropionate / 3OHP | ||||||
Function / homology | Function and homology information 2-methylfumaryl-CoA isomerase / intramolecular acyltransferase activity / carbon fixation by 3-hydroxypropionate cycle Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.49 Å | ||||||
Authors | Pfister, P. / Zarzycki, J. / Erb, T.J. | ||||||
Funding support | Germany, 1items
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Citation | Journal: Biochemistry / Year: 2023 Title: Structural Basis for a Cork-Up Mechanism of the Intra-Molecular Mesaconyl-CoA Transferase. Authors: Pfister, P. / Zarzycki, J. / Erb, T.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 8apq.cif.gz | 965.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb8apq.ent.gz | 807.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 8apq.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 8apq_validation.pdf.gz | 3.1 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 8apq_full_validation.pdf.gz | 3.2 MB | Display | |
Data in XML | 8apq_validation.xml.gz | 95.4 KB | Display | |
Data in CIF | 8apq_validation.cif.gz | 131 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8apq | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 8aprC 3ubmS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 47402.195 Da / Num. of mol.: 6 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Chloroflexus aurantiacus J-10-fl (bacteria) Strain: ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl / Gene: mct, Caur_0175 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / References: UniProt: A9WC36, 2-methylfumaryl-CoA isomerase #2: Chemical | ChemComp-OA9 / | #3: Chemical | ChemComp-COA / #4: Chemical | ChemComp-MEZ / ( #5: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Description: needles |
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Crystal grow | Temperature: 288.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 6.2 Details: 35% 2-Methyl-2,4-pentanediol, 100 mM Sodium/potassium phosphate pH 6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PETRA III, EMBL c/o DESY / Beamline: P14 (MX2) / Wavelength: 0.9766 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER2 S 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 31, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9766 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.49→29.69 Å / Num. obs: 189902 / % possible obs: 99.7 % / Redundancy: 5.849 % / Biso Wilson estimate: 47.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.899 / Net I/σ(I): 13.57 / Num. measured all: 1110756 / Scaling rejects: 23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3ubm Resolution: 2.49→29.69 Å / SU ML: 0.24 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / Phase error: 20.54 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 124.74 Å2 / Biso mean: 50.5406 Å2 / Biso min: 33.37 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.49→29.69 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
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Refinement TLS params. | Method: refined / Origin x: -80.6723 Å / Origin y: 40.4872 Å / Origin z: 33.557 Å
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Refinement TLS group |
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