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- PDB-8app: AbLys1 endolysin from Acinetobacter baumannii phage AbTZA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8app
タイトルAbLys1 endolysin from Acinetobacter baumannii phage AbTZA1
要素EndolysinLysin
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Endolysin / Antibacterial (抗生物質) / Enzybiotic
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / リゾチーム / lysozyme activity / host cell cytoplasm / defense response to bacterium
類似検索 - 分子機能
Endolysin/autolysin / Endolysin T4 type / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
リン酸塩 / Endolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter phage AbTZA1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.82 Å
データ登録者Premetis, G.E. / Stathi, A. / Papageorgiou, A.C. / Labrou, N.E.
資金援助 ギリシャ, European Union, 2件
組織認可番号国
Hellenic Foundation for Research and Innovation (HFRI)4036 ギリシャ
iNEXT-Discovery13636European Union
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2023
タイトル: Characterization of a glycoside hydrolase endolysin from Acinetobacter baumannii phage AbTZA1 with high antibacterial potency and novel structural features.
著者: Premetis, G.E. / Stathi, A. / Papageorgiou, A.C. / Labrou, N.E.
履歴
登録2022年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin
B: Endolysin
C: Endolysin
D: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0439
ポリマ－86,5714
非ポリマー4725
水10,575587
1
C: Endolysin
ヘテロ分子

D: Endolysin
ヘテロ分子

A: Endolysin
ヘテロ分子

B: Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0439
ポリマ－86,5714
非ポリマー4725
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_554x,y,z-11
crystal symmetry operation2_645-x+1,y-1/2,-z1
crystal symmetry operation2_544-x,y-1/2,-z-11
Buried area7570 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area39720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.653, 184.777, 57.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 110.690, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Endolysin / Lysin / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 21642.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter phage AbTZA1 (ファージ)
プラスミド: pETite-AbLys1-6His / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3T0IGR7, リゾチーム
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト / リン酸塩


分子量: 94.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.92 % / 解説: Small rod-like crystals
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1 M Phosphate/citrate, 0.2 M lithium sulphate, pH 4.2, 20% w/v PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.8266 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年3月3日 / 詳細: KB mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8266 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→46.73 Å / Num. obs: 70067 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 34.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.042 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.82→1.88 Å / 冗長度: 3.2 % / Num. unique obs: 4406 / CC1/2: 0.424 / Rpim(I) all: 0.894 / Rrim(I) all: 1.276 / % possible all: 61.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold model

解像度: 1.82→40.68 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.3615
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2524 1990 2.85 %
Rwork0.2114 67957 -
obs0.2126 69947 96.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 39.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.82→40.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5926 0 26 587 6539
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00786050
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.948160
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0539906
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00891049
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.3269820
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.82-1.870.4954720.4292578X-RAY DIFFRACTION51.19
1.87-1.920.35861420.36044773X-RAY DIFFRACTION94.48
1.92-1.970.38291490.30395036X-RAY DIFFRACTION99.87
1.97-2.040.31531450.2684981X-RAY DIFFRACTION99.98
2.04-2.110.27661540.25425074X-RAY DIFFRACTION99.94
2.11-2.190.28411450.25045043X-RAY DIFFRACTION99.9
2.19-2.290.27771490.22615065X-RAY DIFFRACTION99.94
2.29-2.420.2561460.22985057X-RAY DIFFRACTION99.9
2.42-2.570.2941490.2385020X-RAY DIFFRACTION99.96
2.57-2.760.29141500.23295097X-RAY DIFFRACTION99.98
2.76-3.040.34081460.2335016X-RAY DIFFRACTION99.98
3.04-3.480.25811490.21435071X-RAY DIFFRACTION99.9
3.48-4.390.21011470.16835046X-RAY DIFFRACTION99.94
4.39-40.680.18921470.17615100X-RAY DIFFRACTION99.73

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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