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万見
- PDB-8apm: Vaccinia virus DNA helicase D5 residues 323-785 hexamer with boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8apm
タイトルVaccinia virus DNA helicase D5 residues 323-785 hexamer with bound DNA processed in C1
要素
  • DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*A)-3')
  • DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*G)-3')
  • Primase D5
キーワードVIRAL PROTEIN / DNA helicase / D5_N domain / DUF5906 domain / Pox_D5 domain / SF3 helicase
機能・相同性
機能・相同性情報


helicase activity / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / host cell cytoplasm / hydrolase activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA primase/nucleoside triphosphatase, C-terminal / Poxvirus D5 protein-like / : / Bacteriophage/plasmid primase, P4, C-terminal / D5 N terminal like / Helicase, superfamily 3, DNA virus / Superfamily 3 helicase of DNA viruses domain profile. / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Uncoating factor OPG117
類似検索 - 構成要素
生物種Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.6 Å
データ登録者Burmeister, W.P. / Hutin, S. / Ling, W.L. / Grimm, C. / Schoehn, G.
資金援助 フランス, 5件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-13-BSV8-0014 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-15-IDEX-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-0005-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)PoxRep フランス
引用ジャーナル: Viruses / 年: 2022
タイトル: The Vaccinia Virus DNA Helicase Structure from Combined Single-Particle Cryo-Electron Microscopy and AlphaFold2 Prediction.
著者: Stephanie Hutin / Wai Li Ling / Nicolas Tarbouriech / Guy Schoehn / Clemens Grimm / Utz Fischer / Wim P Burmeister /
要旨: Poxviruses are large DNA viruses with a linear double-stranded DNA genome circularized at the extremities. The helicase-primase D5, composed of six identical 90 kDa subunits, is required for DNA ...Poxviruses are large DNA viruses with a linear double-stranded DNA genome circularized at the extremities. The helicase-primase D5, composed of six identical 90 kDa subunits, is required for DNA replication. D5 consists of a primase fragment flexibly attached to the hexameric C-terminal polypeptide (res. 323-785) with confirmed nucleotide hydrolase and DNA-binding activity but an elusive helicase activity. We determined its structure by single-particle cryo-electron microscopy. It displays an AAA+ helicase core flanked by N- and C-terminal domains. Model building was greatly helped by the predicted structure of D5 using AlphaFold2. The 3.9 Å structure of the N-terminal domain forms a well-defined tight ring while the resolution decreases towards the C-terminus, still allowing the fit of the predicted structure. The N-terminal domain is partially present in papillomavirus E1 and polyomavirus LTA helicases, as well as in a bacteriophage NrS-1 helicase domain, which is also closely related to the AAA+ helicase domain of D5. Using the Pfam domain database, a D5_N domain followed by DUF5906 and Pox_D5 domains could be assigned to the cryo-EM structure, providing the first 3D structures for D5_N and Pox_D5 domains. The same domain organization has been identified in a family of putative helicases from large DNA viruses, bacteriophages, and selfish DNA elements.
履歴
登録2022年8月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct / Item: _struct.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Primase D5
E: Primase D5
D: Primase D5
B: Primase D5
C: Primase D5
F: Primase D5
X: DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*A)-3')
Y: DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)339,4508
ポリマ－339,4508
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "F"
d_1ens_2chain "E"
d_2ens_2chain "C"
d_3ens_2chain "D"
d_4ens_2chain "B"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAGLUA1 - 359
d_21ens_1ALAGLUF1 - 359
d_11ens_2ALAILEB1 - 449
d_21ens_2ALAILEE1 - 449
d_31ens_2ALAILEC1 - 449
d_41ens_2ALAILED1 - 449

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.708786677805, 0.655702712323, 0.26014495655), (-0.3244525598, 0.630479313181, -0.705142802623), (-0.626380061787, 0.415391127378, 0.659619761295)-95.9514405775, 217.531052074, 86.7585181847
2given(0.151281351482, 0.972098850048, -0.179270126984), (-0.0610412304883, -0.171824296393, -0.983234651215), (-0.986604237207, 0.159687936001, 0.0333442981875)7.16756479212, 345.673399517, 281.534757899
3given(0.688973090306, 0.670209571407, 0.275926097403), (-0.325167025241, 0.626060384798, -0.708741702091), (-0.647751871113, 0.39858189244, 0.649268810655)-97.1312122557, 219.269140305, 94.4010023186
4given(-0.135476602955, 0.643199239248, -0.753618490141), (0.68922878501, -0.485247312355, -0.538050859832), (-0.711765250602, -0.592308859029, -0.377571772715)193.938658156, 206.143034882, 416.516106259

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要素

#1: タンパク質
Primase D5


分子量: 53495.285 Da / 分子数: 6 / 変異: L221A, D222M / 由来タイプ: 組換発現
詳細: obtained after tobacco etch virus protease cleavage with 2 additional N-terminal residues from the cleavage site.
由来: (組換発現) Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス)
株: Copenhagen / 遺伝子: D5R / 細胞株 (発現宿主): Sf21
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P21010, 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*A)-3')


分子量: 9265.994 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: synthetic, at the current resolution the sequence does not matter, the DNA oligomer was end-labelled: biotin-ccgaatcaggaagataacagcggtttagcc3-digoxigenin
由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*G)-3')


分子量: 9211.910 Da / 分子数: 1 / 変異: G2A / 由来タイプ: 合成
詳細: At the current resolution, the base mismatch does not have any impact as it is located in an unpaired part of the DNA.
由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Primase D5 C-terminal fragment res. 323 - res. 785COMPLEXconstructall0MULTIPLE SOURCES
2Primase-helicase D5 fragment residues 323-785COMPLEXObtained after TEV (tobacco etch virus) cleavage of a construct#11RECOMBINANT
3DNA (5'-D(P*CP*CP*GP*AP*AP*TP*CP*A)-3')COMPLEX#21SYNTHETIC
4DNA (5'-D(P*TP*GP*AP*TP*TP*CP*GP*G)-3')COMPLEX#31SYNTHETIC
分子量値: 0.325 MDa / 実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Vaccinia virus Copenhagen (ウイルス)10249
23Synthetic construct (人工物)32630
34Synthetic construct (人工物)32630
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID株
12Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)7108SF21
23Synthetic construct (人工物)32630
34Synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
150 mMTris-HClC4H12NO3Cl1
250 mMsodium chlorideNaCl1
3100 mMpotassium chlorideKCl1
42 mMmagnesium chlorideMgCl21
50.5 %glycerolC3H8O31
610 mMbeta-mercaptoethanolHOCH2CH2SH1
試料濃度: 0.24 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: The sample contained also a dsDNA oligomer in slight stoechiometric excess over hexamers.
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 293 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI POLARA 300
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1500 nm / Calibrated defocus min: 1500 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3000 nm
撮影電子線照射量: 1 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 830
画像スキャンサンプリングサイズ: 1.21 µm / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
phenix.real_space_refine1.20.1_4487精密化
PHENIX1.20.1_4487精密化
EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
4CTFFIND4.1CTF補正
7Coot0.9.8.1モデルフィッティング
8UCSF Chimera1.15モデルフィッティング
10RELION3.1初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
14PHENIX1.20.1モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 202659 / 詳細: Using 2D templates
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 6.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26710 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 152 / プロトコル: OTHER / 空間: REAL
精密化交差検証法: NONE
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
原子変位パラメータBiso mean: 304.4 Å2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.001621190
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.395128667
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.03663220
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00313576
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d9.43298042
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.77481171111E-13
ens_2d_2BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints2.13892782749E-10
ens_2d_3BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints5.03524043816E-13
ens_2d_4BELECTRON MICROSCOPYNCS constraints4.60719289464E-13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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