[日本語] English
万見
- PDB-8ap5: Cadmium-loaded form of Caenorhabditis elegans MTL-2 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ap5
タイトルCadmium-loaded form of Caenorhabditis elegans MTL-2
要素Metallothionein-2
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / STRUCTURE FROM CYANA 2.1 Metallothionein Zinc Cadmium C. elegans
機能・相同性Metallothionein, family 6, nematoda / metal ion binding / : / Metallothionein-2
機能・相同性情報
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Leszczyszyn, O.I. / Sturzenbaum, S.R. / Blindauer, C.A.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/E025099 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/E025064 英国
引用ジャーナル: Chemosphere / 年: 2023
タイトル: Juggling cadmium detoxification and zinc homeostasis: A division of labour between the two C. elegans metallothioneins.
著者: Essig, Y.J. / Leszczyszyn, O.I. / Almutairi, N. / Harrison-Smith, A. / Blease, A. / Zeitoun-Ghandour, S. / Webb, S.M. / Blindauer, C.A. / Sturzenbaum, S.R.
履歴
登録2022年8月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Metallothionein-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,9404
ポリマ－6,6031
非ポリマー3373
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, Only 3 out of 6 cadmium ions shown in structure; no assignments possible for the remaining 3
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200target function
代表モデルモデル #1medoid

-
要素

#1: タンパク質 Metallothionein-2 / MT-2 / MT-Ce / Metallothionein-II / MT-II / Metallothionein-like protein


分子量: 6602.650 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: mtl-2, met-2, T08G5.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta TM2 (DE3)pLysS / 参照: UniProt: P17512
#2: 化合物 ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
212isotropic12D TOCSY
222isotropic12D NOESY
131isotropic22D 1H-111Cd HSQC

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution11 mM U-111Cd MTL-2, 20 mM [U-2H] TRIS, 50 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O111Cd-labelled, pH 7.4sample_190% H2O/10% D2O
solution21 mM MTL-2, 50 mM [U-2H] TRIS, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2OUnlabelled, pH 7.0sample_290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMMTL-2U-111Cd1
20 mMTRIS[U-2H]1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
1 mMMTL-2natural abundance2
50 mMTRIS[U-2H]2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
試料状態
Conditions-IDイオン強度LabelpHPH err圧 (kPa)温度 (K)
10.06 Mconditions_17.4 pH*0.11 bar298 K
20.120 Mconditions_27.0 pH*0.11 bar303 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7001TCI cryoprobe
Bruker DRXBrukerDRX5002BBO probe

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
Sparky2.1Goddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: medoid
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る