PDB-8ap0: ForT Mutant T138V

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ap0

タイトル

ForT Mutant T138V

要素

Beta-ribofuranosylaminobenzene 5'-phosphate synthase

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / Formycin Biosynthesis pathway protein C-nucleoside formation enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid biosynthetic process / kinase activity / phosphorylation
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces kaniharaensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Li, W. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Open Biology / 年: 2023
タイトル: Experimental and computational snapshots of C-C bond formation in a C-nucleoside synthase.
著者: Li, W. / Girt, G.C. / Radadiya, A. / Stewart, J.J.P. / Richards, N.G.J. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2022年8月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月21日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / Item: _diffrn.ambient_temp
改定 1.2	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.3	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ap0.cif.gz	153 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ap0.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ap0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ap0_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ap0_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8ap0_validation.xml.gz	17.5 KB	表示
CIF形式データ	8ap0_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8ap0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/8ap0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aozC 6yqqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#151 - 2012年7月ヒポキサンチン-グアニンホスホリボシル基転移酵素 (Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Beta-ribofuranosylaminobenzene 5'-phosphate synthase

ヘテロ分子

37.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Beta-ribofuranosylaminobenzene 5'-phosphate synthase

ヘテロ分子

AAA: Beta-ribofuranosylaminobenzene 5'-phosphate synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
74.9 kDa, 2 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.230, 139.042, 109.651
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 AAA

#1: タンパク質

Beta-ribofuranosylaminobenzene 5'-phosphate synthase

分子量: 36625.352 Da / 分子数: 1 / 変異: T138V / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Genetically mutated T138V
由来: (組換発現)

Streptomyces kaniharaensis (バクテリア)
遺伝子: cof6, F7Q99_03185 / プラスミド: pHis-TEV / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): BL21(DE3) pLysE / 参照: UniProt: A0A5S9CYM0

#2: 糖

ChemComp-PRP / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / ALPHA-PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHORIC ACID / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-D-ribose / 1-O-pyrophosphono-5-O-phosphono-ribose / PRPP

タイプ: D-saccharide / 分子量: 390.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₃O₁₄P₃

-
非ポリマー , 5種, 315分子

#3: 化合物	ChemComp-MYO / 4-azanyl-1~{H}-pyrazole-3,5-dicarboxylic acid 分子量: 171.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₅N₃O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.37 % / 解説: Long needle shape crystal
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Bis-Tris Propane [20mM] pH7.0, Glycerol [20%], PEG 8000 [16%], Monopotassium phosphate [40mM] Temp details: Room Temperature

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: Cooled by liquid Nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→60 Å / Num. obs: 63680 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 15
反射シェル	解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 4624 / CC_1/2: 0.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6YQQ

6yqq

解像度: 1.6→59.865 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.969 / SU B: 6.61 / SU ML: 0.085 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.071 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2034	3300	4.927 %
R_work	0.1567	63680	-
all	0.159	-	-
obs	-	63680	99.997 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 31.414 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.743 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.822 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.565 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→59.865 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2513	0	48	310	2871

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	2675
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.47	1.658	3649
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.317	1.578	5737
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.585	5	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	26.693	20.493	142
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.177	15	392
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.45	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.066	0.2	343
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	3067
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	636
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	501
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	2241
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.157	0.2	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	1164
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	238
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.367	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.183	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.17	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.678	2.888	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.637	2.885	1342
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.364	4.331	1681
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.365	4.334	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.799	3.49	1331
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.8	3.491	1330
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	8.1	5.018	1959
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	8.1	5.019	1960
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.188	36.661	2985
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.041	35.945	2906
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.63	3	5174

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.642	0.499	246	0.478	4644	X-RAY DIFFRACTION	100
1.642-1.686	0.405	242	0.444	4553	X-RAY DIFFRACTION	100
1.686-1.735	0.394	208	0.372	4416	X-RAY DIFFRACTION	100
1.735-1.789	0.326	222	0.343	4332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.789-1.847	0.302	213	0.268	4137	X-RAY DIFFRACTION	100
1.847-1.912	0.295	231	0.212	4004	X-RAY DIFFRACTION	100
1.912-1.984	0.23	194	0.177	3900	X-RAY DIFFRACTION	100
1.984-2.065	0.228	182	0.145	3779	X-RAY DIFFRACTION	100
2.065-2.157	0.187	175	0.125	3596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.157-2.262	0.202	174	0.119	3463	X-RAY DIFFRACTION	100
2.262-2.384	0.192	158	0.108	3290	X-RAY DIFFRACTION	100
2.384-2.529	0.177	194	0.102	3099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.529-2.703	0.184	164	0.107	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
2.703-2.919	0.174	146	0.107	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
2.919-3.197	0.171	122	0.125	2545	X-RAY DIFFRACTION	100
3.197-3.574	0.183	106	0.143	2292	X-RAY DIFFRACTION	100
3.574-4.125	0.143	108	0.124	2046	X-RAY DIFFRACTION	100
4.125-5.048	0.139	104	0.113	1732	X-RAY DIFFRACTION	100
5.048-7.12	0.188	69	0.137	1380	X-RAY DIFFRACTION	100
7.12-10	0.184	40	0.155	807	X-RAY DIFFRACTION	99.8821

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