PDB-8anx: E329A Mutant Thermogutta terrifontis endoglucanase catalytic doma...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8anx

タイトル

E329A Mutant Thermogutta terrifontis endoglucanase catalytic domain with C-linker from glycoside hydrolase family 5 (TtEnd5A-CDC-E329A)

要素

Endoglucanase

キーワード

HYDROLASE / endoglucanase / endocellulase / inactive mutant

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulase / cellulase activity / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cell surface / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermogutta terrifontis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Hussain, N. / Mikolajek, H. / Naismith, J.H.

資金援助

英国, 2件

引用

ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2024
タイトル: Structural and functional snapshots of a broad-specificity endoglucanase from Thermogutta terrifontis for biomass saccharification.
著者: Hussain, N. / Mikolajek, H. / Harrison, P.J. / Paterson, N. / Akhtar, M.W. / Sadaf, S. / Naismith, J.H.

履歴

登録	2022年8月6日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2025年1月15日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_entry_details Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8anx.cif.gz	156.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8anx.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8anx.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8anx_validation.pdf.gz	412.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8anx_full_validation.pdf.gz	413.2 KB	表示
XML形式データ	8anx_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	8anx_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/8anx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/8anx	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ag9SC 8b3yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Endoglucanase

39.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.390, 69.590, 81.920
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Endoglucanase 分子量: 39831.727 Da / 分子数: 1 / 変異: E329A / 由来タイプ: 組換発現詳細: TtEnd5A-CDC-E329A is an inactive mutant of TtEnd5A-CD, in which glutamic acid (E329) has been mutated with alanine (329A). TtEnd5A-CDC itself a truncated variant of our previously deposited ...詳細: TtEnd5A-CDC-E329A is an inactive mutant of TtEnd5A-CD, in which glutamic acid (E329) has been mutated with alanine (329A). TtEnd5A-CDC itself a truncated variant of our previously deposited Thermogutta terrifontis endoglucanase from glycoside hydrolase family 5 (TtEnd5A). TtEnd5A-CDC-E329A is comprised of a catalytic domain and a linker at C-terminal (186-531 amino caids). 由来: (組換発現) Thermogutta terrifontis (バクテリア) 遺伝子: THTE_1171 / プラスミド: pEHISTEV vector 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): OverExpress C43(DE3) / 参照: UniProt: A0A286RCT9, cellulase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.16 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.08 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M NH4Cl and 20%W/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.13→69.59 Å / Num. obs: 125321 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 11.6 % / B_iso Wilson estimate: 13.69 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.013 / R_rim(I) all: 0.047 / Χ²: 0.94 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 1.13→1.16 Å / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 1.646 / Num. unique obs: 7072 / CC_1/2: 0.392 / Χ²: 0.83 / % possible all: 75.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8AG9

8ag9

解像度: 1.2→69.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.984 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.976 / SU B: 0.958 / SU ML: 0.019 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.03 / ESU R Free: 0.032 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1484	5308	4.913 %
R_work	0.1199	102734	-
all	0.121	-	-
obs	-	108042	99.712 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.638 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.468 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.339 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.808 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→69.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2719	0	0	375	3094

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	2896
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2574
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.436	1.639	3975
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.5	1.576	5964
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.407	5	359
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.245	21.297	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.815	15	446
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.653	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	359
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3340
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	689
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.179	0.2	2470
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.179	0.2	1384
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	1241
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.148	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.139	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.196	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.441	0.2	58
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.004	1.498	1363
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.999	1.495	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.353	2.258	1709
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.354	2.26	1710
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.571	1.754	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.569	1.753	1533
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.945	2.545	2252
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.947	2.548	2253
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.671	18.81	3449
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.336	17.984	3357
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	1.19	3	5470

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.2-1.231	0.259	374	0.247	7245	0.248	7906	0.842	0.851	96.3698	0.227
1.231-1.265	0.227	415	0.197	7314	0.199	7745	0.904	0.912	99.7934	0.172
1.265-1.302	0.177	351	0.162	7153	0.162	7505	0.941	0.944	99.9867	0.137
1.302-1.342	0.171	339	0.134	7013	0.136	7352	0.952	0.96	100	0.111
1.342-1.386	0.142	340	0.115	6701	0.116	7041	0.967	0.973	100	0.093
1.386-1.434	0.152	364	0.107	6534	0.109	6899	0.967	0.977	99.9855	0.087
1.434-1.488	0.131	305	0.096	6301	0.097	6606	0.977	0.983	100	0.078
1.488-1.549	0.128	285	0.084	6108	0.085	6393	0.981	0.986	100	0.07
1.549-1.618	0.122	286	0.08	5849	0.082	6135	0.982	0.988	100	0.068
1.618-1.697	0.118	298	0.08	5561	0.082	5859	0.984	0.989	100	0.07
1.697-1.789	0.11	306	0.08	5287	0.081	5593	0.986	0.99	100	0.071
1.789-1.897	0.115	248	0.088	5061	0.089	5309	0.985	0.988	100	0.081
1.897-2.028	0.118	261	0.1	4724	0.101	4985	0.984	0.986	100	0.094
2.028-2.19	0.133	242	0.112	4408	0.113	4650	0.979	0.984	100	0.109
2.19-2.399	0.14	208	0.108	4101	0.109	4309	0.977	0.983	100	0.108
2.399-2.682	0.132	175	0.115	3735	0.116	3910	0.981	0.983	100	0.121
2.682-3.096	0.142	172	0.124	3297	0.125	3469	0.978	0.981	100	0.135
3.096-3.79	0.154	137	0.128	2822	0.129	2959	0.975	0.981	100	0.147
3.79-5.351	0.175	122	0.138	2219	0.14	2342	0.977	0.98	99.9573	0.17
5.351-69.59	0.215	77	0.198	1285	0.199	1366	0.97	0.972	99.7072	0.238

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