PDB-8anq: Crystal structure of the microbial rhodopsin from Sphingomonas pa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8anq

タイトル

Crystal structure of the microbial rhodopsin from Sphingomonas paucimobilis (SpaR)

要素

Bacteriorhodopsin

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / rhodopsin / retinal / photocycle / proton transport / ion transport / microbial rhodopsins

機能・相同性

機能・相同性情報

phototransduction / photoreceptor activity / monoatomic ion channel activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Sphingomonas paucimobilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Kovalev, K. / Okhrimenko, I. / Marin, E. / Gordeliy, V.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023
タイトル: Mirror proteorhodopsins.
著者: Okhrimenko, I.S. / Kovalev, K. / Petrovskaya, L.E. / Ilyinsky, N.S. / Alekseev, A.A. / Marin, E. / Rokitskaya, T.I. / Antonenko, Y.N. / Siletsky, S.A. / Popov, P.A. / Zagryadskaya, Y.A. / ...

履歴

登録	2022年8月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年5月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8anq.cif.gz	265.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8anq.ent.gz	215.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8anq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8anq_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8anq_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	8anq_validation.xml.gz	54.4 KB	表示
CIF形式データ	8anq_validation.cif.gz	70.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/8anq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/an/8anq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1c3wS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (5) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (5) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Bacteriorhodopsin

C: Bacteriorhodopsin

A: Bacteriorhodopsin

P: Bacteriorhodopsin

T: Bacteriorhodopsin

Y: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

163 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Bacteriorhodopsin

C: Bacteriorhodopsin

A: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
81.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

P: Bacteriorhodopsin

T: Bacteriorhodopsin

Y: Bacteriorhodopsin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
81.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	233.339, 65.027, 124.689
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	HIS	HIS	B	A	2 - 229	2 - 229
2	1	HIS	HIS	C	B	2 - 228	2 - 228
1	2	ARG	ARG	B	A	2 - 227	2 - 227
2	2	ARG	ARG	A	C	2 - 227	2 - 227
1	3	HIS	HIS	B	A	2 - 229	2 - 229
2	3	HIS	HIS	P	D	2 - 229	2 - 229
1	4	HIS	HIS	B	A	2 - 229	2 - 229
2	4	HIS	HIS	T	E	2 - 228	2 - 228
1	5	HIS	HIS	B	A	2 - 228	2 - 228
2	5	HIS	HIS	Y	F	2 - 228	2 - 228
1	6	ARG	ARG	C	B	2 - 227	2 - 227
2	6	ARG	ARG	A	C	2 - 227	2 - 227
1	7	HIS	HIS	C	B	2 - 228	2 - 228
2	7	HIS	HIS	P	D	2 - 229	2 - 229
1	8	HIS	HIS	C	B	2 - 228	2 - 228
2	8	HIS	HIS	T	E	2 - 228	2 - 228
1	9	HIS	HIS	C	B	2 - 228	2 - 228
2	9	HIS	HIS	Y	F	2 - 228	2 - 228
1	10	ARG	ARG	A	C	2 - 227	2 - 227
2	10	ARG	ARG	P	D	2 - 227	2 - 227
1	11	ARG	ARG	A	C	2 - 227	2 - 227
2	11	ARG	ARG	T	E	2 - 227	2 - 227
1	12	LEU	LEU	A	C	2 - 226	2 - 226
2	12	LEU	LEU	Y	F	2 - 226	2 - 226
1	13	HIS	HIS	P	D	2 - 229	2 - 229
2	13	HIS	HIS	T	E	2 - 228	2 - 228
1	14	HIS	HIS	P	D	2 - 228	2 - 228
2	14	HIS	HIS	Y	F	2 - 228	2 - 228
1	15	HIS	HIS	T	E	2 - 228	2 - 228
2	15	HIS	HIS	Y	F	2 - 228	2 - 228

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Bacteriorhodopsin 分子量: 26613.523 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Sphingomonas paucimobilis (バクテリア) 遺伝子: HKX06_19670, I6G38_01705 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A411LJN5
#2: 化合物	ChemComp-LFA / EICOSANE / LIPID FRAGMENT / イコサン分子量: 282.547 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₄₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: 1.6M Ammonium Phosphate pH 5.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.975997 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.975997 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→46.32 Å / Num. obs: 44606 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 2.3 % / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.171 / R_pim(I) all: 0.133 / R_rim(I) all: 0.218 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 104259 / Scaling rejects: 2

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
2.8-2.91	2.3	1.245	10595	4702	0.396	0.98	1.592	0.7	97.3
10.48-46.32	2.2	0.021	1900	865	1	0.018	0.028	20	91.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Aimless	0.7.4	データスケーリング
REFMAC	5.8.0267	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1c3w

1c3w

解像度: 2.8→19.91 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.907 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.888 / SU B: 29.332 / SU ML: 0.498 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 9.616 / ESU R Free: 0.438 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.3033	2215	5 %	RANDOM
R_work	0.2746	-	-	-
obs	0.2761	42268	95.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 148.76 Å² / B_iso mean: 52.68 Å² / B_iso min: 20.63 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	-0 Å²	0.36 Å²
2-	-	4.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.44 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.8→19.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10354	0	162	33	10549
B_iso mean	-	-	60.62	47.29	-
残基数	-	-	-	-	1359

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.002	0.013	10802
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.016	10839
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.082	1.619	14783
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.037	1.549	24704
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.168	5	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.064	19.503	362
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	23.943	15	1449
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	28.901	15	23
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.029	0.2	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.002	0.02	11752
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0	0.02	2414

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	B	7200	0.11
1	2	C	7200	0.11
2	1	B	7156	0.11
2	2	A	7156	0.11
3	1	B	7665	0.02
3	2	P	7665	0.02
4	1	B	7187	0.11
4	2	T	7187	0.11
5	1	B	7162	0.11
5	2	Y	7162	0.11
6	1	C	7215	0.1
6	2	A	7215	0.1
7	1	C	7196	0.11
7	2	P	7196	0.11
8	1	C	7661	0.03
8	2	T	7661	0.03
9	1	C	7216	0.1
9	2	Y	7216	0.1
10	1	A	7154	0.11
10	2	P	7154	0.11
11	1	A	7202	0.1
11	2	T	7202	0.1
12	1	A	7603	0.03
12	2	Y	7603	0.03
13	1	P	7182	0.11
13	2	T	7182	0.11
14	1	P	7155	0.11
14	2	Y	7155	0.11
15	1	T	7211	0.1
15	2	Y	7211	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.871 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.395	149	-
R_work	0.397	3083	-
all	-	3232	-
obs	-	-	96.56 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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