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- PDB-8anc: 14-3-3 sigma sirtuin-3 phospho-peptide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8anc
タイトル14-3-3 sigma sirtuin-3 phospho-peptide complex
要素
  • 14-3-3 protein sigma
  • NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
キーワードPEPTIDE BINDING PROTEIN / Human sirtuin / human 14-3-3 sigma / protein complex / phospho-peptide / NAD / deacetylase
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / positive regulation of superoxide dismutase activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / peptidyl-lysine deacetylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation ...positive regulation of catalase activity / positive regulation of ceramide biosynthetic process / positive regulation of superoxide dismutase activity / Maturation of TCA enzymes and regulation of TCA cycle / peptidyl-lysine deacetylation / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / protein acetyllysine N-acetyltransferase / histone deacetylase activity, NAD-dependent / protein deacetylation / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / regulation of epidermal cell division / protein kinase C inhibitor activity / positive regulation of epidermal cell differentiation / keratinocyte development / keratinization / regulation of cell-cell adhesion / Regulation of localization of FOXO transcription factors / keratinocyte proliferation / phosphoserine residue binding / negative regulation of keratinocyte proliferation / NAD+ binding / Activation of BAD and translocation to mitochondria / negative regulation of reactive oxygen species metabolic process / establishment of skin barrier / negative regulation of protein localization to plasma membrane / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / negative regulation of stem cell proliferation / SARS-CoV-1 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / positive regulation of protein localization / RHO GTPases activate PKNs / negative regulation of innate immune response / protein sequestering activity / protein kinase A signaling / protein export from nucleus / aerobic respiration / positive regulation of cell adhesion / release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / positive regulation of protein export from nucleus / stem cell proliferation / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / TP53 Regulates Metabolic Genes / negative regulation of protein kinase activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / positive regulation of insulin secretion / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / protein localization / regulation of protein localization / transferase activity / positive regulation of cell growth / sequence-specific DNA binding / regulation of cell cycle / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / signal transduction / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular space / extracellular exosome / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / 14-3-3 protein sigma / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site ...Sirtuin, catalytic core small domain superfamily / Sirtuin family / : / Sir2 family / Sirtuin family, catalytic core domain / Sirtuin catalytic domain profile. / 14-3-3 protein sigma / DHS-like NAD/FAD-binding domain superfamily / 14-3-3 proteins signature 2. / 14-3-3 protein, conserved site / 14-3-3 proteins signature 1. / 14-3-3 protein / 14-3-3 homologues / 14-3-3 domain / 14-3-3 domain superfamily / 14-3-3 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
14-3-3 protein sigma / NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.11 Å
データ登録者Weyand, M. / Steegborn, C. / Debbert, L.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)DFG STE-1701/15 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: 14-3-3 sigma sirtuin-3 phospho-peptide complex
著者: Weyand, M. / Steegborn, C.
履歴
登録2022年8月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 14-3-3 protein sigma
P: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9668
ポリマ－27,7772
非ポリマー1896
水7,206400
1
A: 14-3-3 protein sigma
P: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子

A: 14-3-3 protein sigma
P: NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,93116
ポリマ－55,5544
非ポリマー37712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-104 kcal/mol
Surface area23760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.600, 112.390, 62.690
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-302-

MG

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AP

#1: タンパク質 14-3-3 protein sigma / Epithelial cell marker protein 1 / Stratifin


分子量: 26558.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SFN, HME1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P31947
#2: タンパク質・ペプチド NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-3, mitochondrial / hSIRT3 / Regulatory protein SIR2 homolog 3 / SIR2-like protein 3 / Sirtuin-3


分子量: 1218.259 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: Q9NTG7, protein acetyllysine N-acetyltransferase

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非ポリマー , 4種, 406分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 400 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.03 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M Hepes/NaOH pH 7.5, 0.2 M CaCl2, 26% (v/v) PEG 400, 5% (v/v) glycerol, 1 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.918409 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918409 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.11→45.68 Å / Num. obs: 111528 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.504 % / Biso Wilson estimate: 12.932 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 13.19 / Num. measured all: 390760 / Scaling rejects: 33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.11-1.142.7780.6361.7519502840670200.6330.7883.5
1.14-1.173.2810.4632.5125607815478040.7950.55395.7
1.17-1.213.1470.3972.8124068794976490.8290.47796.2
1.21-1.243.4520.3383.4825845767674880.8760.39997.6
1.24-1.283.4820.2914.0525720753473870.9030.34398
1.28-1.333.4740.2384.9524896723071670.930.2899.1
1.33-1.383.380.25.6923610701769860.9460.23899.6
1.38-1.443.620.1766.7224162670766750.960.20699.5
1.44-1.53.7660.139.124375649264720.980.15199.7
1.5-1.573.7480.10211.2523037617261460.9880.11999.6
1.57-1.663.6360.08413.1621416591058900.990.09899.7
1.66-1.763.4950.06715.4719496559555790.9930.07999.7
1.76-1.883.8780.05819.2320299525452350.9960.06799.6
1.88-2.033.8230.04524.0718732491449000.9970.05399.7
2.03-2.223.740.03530.116821451744980.9980.0499.6
2.22-2.493.4490.0333.4614093411540860.9980.03699.3
2.49-2.873.8440.02838.8413951363536290.9990.03399.8
2.87-3.523.7740.02644.411688311330970.9990.0399.5
3.52-4.973.4130.02346.598283244024270.9990.02799.5
4.97-45.683.7040.02548.085159140713930.9990.02999

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0352精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YWT

1ywt


解像度: 1.11→45.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.855 / SU ML: 0.018 / SU R Cruickshank DPI: 0.0289 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.029 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1456 5111 5.1 %RANDOM
Rwork0.1269 ---
obs0.1278 95338 87.91 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 242.89 Å2 / Biso mean: 13.818 Å2 / Biso min: 5.45 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.49 Å2-0 Å20 Å2
2---0.62 Å2-0 Å2
3---1.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.11→45.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1893 0 6 405 2304
Biso mean--21.53 32.9 -
残基数----246
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0122324
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0270.0162165
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7461.6463211
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1461.5545127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7345348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg7.3691019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.91910453
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022789
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02463
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr16.64634489
LS精密化 シェル解像度: 1.112→1.141 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.356 171 -
Rwork0.35 3189 -
all-3360 -
obs--39.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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