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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8amw | |||||||||
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タイトル | AQP7 dimer of tetramers_C1 | |||||||||
![]() | Aquaporin-7 | |||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / membrane channel / octamer / adhesion protein / junction protein | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction ...Transport of glycerol from adipocytes to the liver by Aquaporins / glycerol channel activity / urea transmembrane transporter activity / Passive transport by Aquaporins / glycerol transmembrane transport / water transport / water channel activity / lipid droplet / cytoplasmic vesicle membrane / cell-cell junction / cell cortex / basolateral plasma membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å | |||||||||
![]() | Huang, P. / Venskutonyte, R. / Fan, X. / Li, P. / Yan, N. / Gourdon, P. / Lindkvist-Petersson, K. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure supports a role of AQP7 as a junction protein. 著者: Peng Huang / Raminta Venskutonytė / Rashmi B Prasad / Hamidreza Ardalani / Sofia W de Maré / Xiao Fan / Ping Li / Peter Spégel / Nieng Yan / Pontus Gourdon / Isabella Artner / Karin Lindkvist-Petersson / ![]() ![]() 要旨: Aquaglyceroporin 7 (AQP7) facilitates glycerol flux across the plasma membrane with a critical physiological role linked to metabolism, obesity, and associated diseases. Here, we present the single- ...Aquaglyceroporin 7 (AQP7) facilitates glycerol flux across the plasma membrane with a critical physiological role linked to metabolism, obesity, and associated diseases. Here, we present the single-particle cryo-EM structure of AQP7 determined at 2.55 Å resolution adopting two adhering tetramers, stabilized by extracellularly exposed loops, in a configuration like that of the well-characterized interaction of AQP0 tetramers. The central pore, in-between the four monomers, displays well-defined densities restricted by two leucine filters. Gas chromatography mass spectrometry (GC/MS) results show that the AQP7 sample contains glycerol 3-phosphate (Gro3P), which is compatible with the identified features in the central pore. AQP7 is shown to be highly expressed in human pancreatic α- and β- cells suggesting that the identified AQP7 octamer assembly, in addition to its function as glycerol channel, may serve as junction proteins within the endocrine pancreas. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 341.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 285.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.5 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 91.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 15527MC ![]() 8amxC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37264.395 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
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試料調製
構成要素 | 名称: dimer of tetramers / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT | ||||||||||||||||||||
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分子量 | 実験値: NO | ||||||||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: ![]() | ||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 20mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3 | ||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK II / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K / 詳細: 3s blot, 3s wait, 0s drain time, 0 blot force |
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電子顕微鏡撮影
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: ![]() |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 105000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2200 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 600 nm / Cs: 2.7 mm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 平均露光時間: 2 sec. / 電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14000 |
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解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 371567 詳細: Those particles were picked from 3225 micrographs by template picking tool. | ||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 102367 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||
原子モデル構築 | B value: 98.6 / プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL |