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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8amv | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | RepB pMV158 hexamer | |||||||||||||||||||||||||||
要素 | Replication protein RepBDNA複製 | |||||||||||||||||||||||||||
キーワード | REPLICATION (DNA複製) / rolling circle replication (ローリングサークル) / RepB / pMV158 | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 DNA topoisomerase activity / extrachromosomal circular DNA / DNA複製 / DNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Streptococcus agalactiae (バクテリア) | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.77 Å | |||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Machon, C. / Amodio, J. / Boer, R.D. / Ruiz-Maso, J.A. / del Solar, G. / Coll, M. | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | スペイン, 8件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023 タイトル: Structures of pMV158 replication initiator RepB with and without DNA reveal a flexible dual-function protein. 著者: Machon, C. / Ruiz-Maso, J.A. / Amodio, J. / Boer, D.R. / Bordanaba-Ruiseco, L. / Bury, K. / Konieczny, I. / Del Solar, G. / Coll, M. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8amv.cif.gz | 297.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8amv.ent.gz | 197.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8amv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8amv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8amv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8amtC 8amuC 3dkxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 4 - 203 / Label seq-ID: 4 - 203
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24287.105 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 遺伝子: repB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13921 #2: 化合物 | ChemComp-PO4 / #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.23 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 100 mM Na/K phosphate pH 6.2 200 mM NaCl 10 % PEG 8000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.968 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年4月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.968 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.77→45.52 Å / Num. obs: 40217 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 76.65 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.77→45.52 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 1.097 / Num. unique obs: 3702 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3DKX 解像度: 2.77→45.48 Å / SU ML: 0.4368 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.332 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 87.93 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.77→45.48 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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