PDB-8amt: OBD-RepB pMV158 domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8amt

タイトル

OBD-RepB pMV158 domain

要素

Replication protein RepB

キーワード

REPLICATION / rolling circle replication / RepB / pMV158

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase activity / extrachromosomal circular DNA / DNA replication / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus agalactiae (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Machon, C. / Amodio, J. / Boer, R.D. / Ruiz-Maso, J.A. / del Solar, G. / Coll, M.

資金援助

スペイン, 8件

組織	認可番号	国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RYC-2011-09071	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU2014-53550-P	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU2017-83720-P	スペイン
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	MDM-2014-0435	スペイン
Spanish Ministry of Economy and Competitiveness	SEV-2015-0500	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	RTI2018-097114-B-I00	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	BFU2010-19597	スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and Universities	8- CSD00C-08-41920	スペイン

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2023
タイトル: Structures of pMV158 replication initiator RepB with and without DNA reveal a flexible dual-function protein.
著者: Machon, C. / Ruiz-Maso, J.A. / Amodio, J. / Boer, D.R. / Bordanaba-Ruiseco, L. / Bury, K. / Konieczny, I. / Del Solar, G. / Coll, M.

履歴

登録	2022年8月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月1日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8amt.cif.gz	49.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8amt.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8amt.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8amt_validation.pdf.gz	430.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8amt_full_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示
XML形式データ	8amt_validation.xml.gz	9 KB	表示
CIF形式データ	8amt_validation.cif.gz	12.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8amt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8amt	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8amuC 8amvC 3dkxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

AAA: Replication protein RepB

ヘテロ分子

16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.450, 48.150, 73.750
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Replication protein RepB 分子量: 15327.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア) 遺伝子: repB / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P13921
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 140 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Tri-sodium citrate pH 5.0 1M LiCl 30 % PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→32.66 Å / Num. obs: 26009 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / R_merge(I) obs: 0.186 / Net I/σ(I): 9.1
反射シェル	解像度: 1.5→32.66 Å / R_merge(I) obs: 1.387 / Num. unique obs: 1268 / R_pim(I) all: 0.023

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
MOSFLM		データ削減
pointless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3DKX

3dkx

解像度: 1.5→32.682 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.966 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.956 / WR_factor R_free: 0.182 / WR_factor R_work: 0.16 / SU B: 1.041 / SU ML: 0.039 / Average fsc free: 0.9548 / Average fsc work: 0.9605 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.062 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1746	1287	4.958 %
R_work	0.1554	24670	-
all	0.156	-	-
obs	-	25957	99.674 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.903 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.009 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.114 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.105 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→32.682 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1056	0	24	140	1220

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	1196
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1210
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.905	1.643	1615
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.483	1.597	2811
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.527	5	147
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.83	22.83	53
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.365	15	246
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	27.7	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	151
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	250
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.224	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	971
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	549
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.085	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.182	0.2	89
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.084	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	47
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.115	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.414	1.041	567
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.384	1.034	566
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.178	1.552	721
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.195	1.558	722
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.516	1.352	629
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.515	1.353	630
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.866	1.889	894
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.864	1.891	895
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.371	13.823	1372
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.373	13.815	1372

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.539	0.223	88	0.21	1833	X-RAY DIFFRACTION	99.6369
1.539-1.581	0.201	89	0.199	1717	X-RAY DIFFRACTION	99.559
1.581-1.627	0.185	89	0.186	1701	X-RAY DIFFRACTION	99.777
1.627-1.677	0.199	83	0.171	1659	X-RAY DIFFRACTION	99.8853
1.677-1.732	0.242	93	0.173	1612	X-RAY DIFFRACTION	99.8244
1.732-1.792	0.19	88	0.157	1546	X-RAY DIFFRACTION	99.8778
1.792-1.86	0.161	81	0.147	1503	X-RAY DIFFRACTION	99.7481
1.86-1.936	0.165	64	0.139	1461	X-RAY DIFFRACTION	99.7384
1.936-2.021	0.149	61	0.135	1396	X-RAY DIFFRACTION	99.1831
2.021-2.12	0.151	84	0.131	1315	X-RAY DIFFRACTION	99.8572
2.12-2.234	0.147	65	0.134	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.8501
2.234-2.369	0.137	62	0.132	1205	X-RAY DIFFRACTION	99.9211
2.369-2.532	0.16	64	0.142	1155	X-RAY DIFFRACTION	99.7545
2.532-2.734	0.183	50	0.15	1059	X-RAY DIFFRACTION	99.6406
2.734-2.994	0.154	44	0.156	994	X-RAY DIFFRACTION	99.5206
2.994-3.345	0.201	37	0.148	890	X-RAY DIFFRACTION	99.2505
3.345-3.858	0.177	43	0.145	800	X-RAY DIFFRACTION	99.1765
3.858-4.714	0.155	44	0.136	679	X-RAY DIFFRACTION	99.3132
4.714-6.622	0.202	38	0.202	546	X-RAY DIFFRACTION	100
6.622-32.682	0.215	20	0.247	333	X-RAY DIFFRACTION	99.4366

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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