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- PDB-8amr: Coiled-coil domain of human TRIM3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8amr
タイトルCoiled-coil domain of human TRIM3
要素Tripartite motif-containing protein 3
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / E3 ligase / zinc-binding / TRIM proteins / Ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / neural precursor cell proliferation / protein K63-linked ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / Interferon gamma signaling / ubiquitin protein ligase activity / nervous system development / protein transport / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / neural precursor cell proliferation / protein K63-linked ubiquitination / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / Interferon gamma signaling / ubiquitin protein ligase activity / nervous system development / protein transport / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / early endosome / dendrite / Golgi apparatus / zinc ion binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. ...: / NHL repeat profile. / NHL repeat / NHL repeat / B-box, C-terminal / B-Box C-terminal domain / Filamin/ABP280 repeat / Filamin-type immunoglobulin domains / Filamin/ABP280 repeat / Filamin/ABP280 repeat profile. / Filamin/ABP280 repeat-like / B-box zinc finger / B-Box-type zinc finger / B-box-type zinc finger / Zinc finger B-box type profile. / Zinc finger, C3HC4 RING-type / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Six-bladed beta-propeller, TolB-like / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Immunoglobulin E-set / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / Tripartite motif-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Perez-Borrajero, C. / Murciano, B. / Hennig, J.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726 ドイツ
German Research Foundation (DFG)HE 7291_1 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural and biophysical studies of TRIM2 and TRIM3
著者: Perez-Borrajero, C. / Hennig, J.
履歴
登録2022年8月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年12月20日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tripartite motif-containing protein 3
B: Tripartite motif-containing protein 3
C: Tripartite motif-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,2615
ポリマ－104,7993
非ポリマー4632
水1629
1
A: Tripartite motif-containing protein 3

A: Tripartite motif-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,8662
ポリマ－69,8662
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
2
B: Tripartite motif-containing protein 3
C: Tripartite motif-containing protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3284
ポリマ－69,8662
非ポリマー4632
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)167.900, 167.900, 127.200
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 160 through 168 and (name N...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 160 through 168 and (name N...
d_3ens_1(chain "C" and ((resid 160 through 168 and (name N...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAALAA10 - 105
d_12ens_1LYSLEUA109 - 152
d_21ens_1ALAALAB1 - 96
d_22ens_1LYSLEUB111 - 154
d_31ens_1ALALEUC8 - 147

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.518165709656, -0.844312736366, -0.136529486002), (0.850485050972, -0.491773242713, -0.186639373723), (0.0904404522846, -0.212826410396, 0.972895391925)13.4052451551, -29.6617115112, 1.9988800113
2given(0.854462606665, 0.502995549021, 0.129958191262), (0.481508235337, -0.860694021578, 0.165395346132), (0.195047361208, -0.0787481992442, -0.97762735641)4.89116090622, -40.8257573641, 63.9629721356

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要素

#1: タンパク質 Tripartite motif-containing protein 3 / Brain-expressed RING finger protein / RING finger protein 22 / RING finger protein 97


分子量: 34932.977 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TRIM3, BERP, RNF22, RNF97 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O75382
#2: 化合物 ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル


分子量: 370.436 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C16H34O9
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.25 % / 解説: cubic
結晶化温度: 280.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium thiocyanate, 20% (w/v) PEG 3350 / PH範囲: 7-8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9655 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9655 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.71→48.53 Å / Num. obs: 19774 / % possible obs: 99.63 % / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 181.11 Å2 / CC1/2: 1 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1025 / Net I/σ(I): 19.26
反射 シェル解像度: 3.71→3.84 Å / Rmerge(I) obs: 2.999 / Mean I/σ(I) obs: 1.15 / Num. unique obs: 1921 / CC1/2: 0.586 / CC star: 0.86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.20.1_4487精密化
XDSJan 10, 2022データスケーリング
XDSJan 10, 2022データ削減
MxCuBEデータ収集
PHENIX1.20.1_4487位相決定
Coot0.9.8.1モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: AlphaFold model of TRIM3 coiled coil

解像度: 3.8→48.53 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 38.4279
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3213 987 5 %
Rwork0.2727 17508 -
obs0.2749 19755 99.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 177.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→48.53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3237 0 19 9 3265
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00153274
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42114431
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0279543
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021596
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2571169
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.54090063838
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.21789342295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-40.37011290.38442460X-RAY DIFFRACTION99.77
4-4.250.32851290.27912449X-RAY DIFFRACTION99.92
4.25-4.580.32011300.25252470X-RAY DIFFRACTION99.88
4.58-5.040.25761300.22312459X-RAY DIFFRACTION99.92
5.04-5.770.35081310.27562497X-RAY DIFFRACTION99.73
5.77-7.260.36591330.35692531X-RAY DIFFRACTION99.92
7.26-48.530.31061390.25172642X-RAY DIFFRACTION99.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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