PDB-8amq: Crystal structure of the complex CYP143-FdxE from M. tuberculosis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8amq

タイトル

Crystal structure of the complex CYP143-FdxE from M. tuberculosis

要素

Probable ferredoxin,Putative cytochrome P450 143

キーワード

OXIDOREDUCTASE / M. tuberculosis / cytochrome P450 / redox partner / ferredoxin / Rv1786 / Rv1785c / fusion / chimera

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する / cholest-4-en-3-one 26-monooxygenase activity / steroid hydroxylase activity / cholesterol catabolic process / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Bukhdruker, S. / Varaksa, T. / Smolskaya, S. / Marin, E. / Kapranov, I. / Kovalev, K. / Gilep, A. / Strushkevich, N. / Borshchevskiy, V.

資金援助

ロシア, 2件

組織	認可番号	国
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation	075-15-2021-1354	ロシア
Ministry of Science and Higher Education of the Russian Federation	122030100168-2	ロシア

引用

ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural insights into 3Fe-4S ferredoxins diversity in M. tuberculosis highlighted by a first redox complex with P450.
著者: Gilep, A. / Varaksa, T. / Bukhdruker, S. / Kavaleuski, A. / Ryzhykau, Y. / Smolskaya, S. / Sushko, T. / Tsumoto, K. / Grabovec, I. / Kapranov, I. / Okhrimenko, I. / Marin, E. / Shevtsov, M. / ...

履歴

登録	2022年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月7日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8amq.cif.gz	251.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8amq.ent.gz	177.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8amq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8amq_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8amq_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	8amq_validation.xml.gz	24.1 KB	表示
CIF形式データ	8amq_validation.cif.gz	37.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8amq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8amq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8amoC 8ampSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable ferredoxin,Putative cytochrome P450 143

ヘテロ分子

55 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: SAXS

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.200, 54.354, 69.037
Angle α, β, γ (deg.)	67.710, 77.210, 61.630
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1
Space group name Hall	P1
Symmetry operation	#1: x,y,z

#1: タンパク質	Probable ferredoxin,Putative cytochrome P450 143 分子量: 53705.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌) 遺伝子: Rv1786, cyp143, Rv1785c, MTV049.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: O53937, UniProt: P9WPL3, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する
#2: 化合物	ChemComp-F3S / FE3-S4 CLUSTER 分子量: 295.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₃S₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.3 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.01 M Nickel(II) chloride hexahydrate, 0.1 M Tris, 20% (w/v) PEG 2000MME

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID30B / 波長: 0.9762 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月26日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9762 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→27.15 Å / Num. obs: 78791 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 19.46 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_rim(I) all: 0.147 / Net I/σ(I): 4.7

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64	3.2	0.33	5469	0.12	3.031	89
1.64-1.69	3.5	0.43	5610	0.201	2.56	93.5
1.69-1.74	3.4	0.56	5477	0.249	2.098	94.4
1.74-1.79	3.5	0.73	5348	0.332	1.706	94.4
1.79-1.85	3.6	1.04	5226	0.528	1.267	94.2
1.85-1.91	3.5	1.38	5028	0.609	0.963	95.2
1.91-1.98	3.4	1.81	4867	0.76	0.74	95.5
1.98-2.07	3.4	2.53	4559	0.838	0.527	92.9
2.07-2.16	3.5	3.48	4559	0.912	0.389	96.2
2.16-2.26	3.4	4.2	4349	0.927	0.316	96.3
2.26-2.39	3.6	5.47	4157	0.963	0.237	96.5
2.39-2.53	3.6	6.56	3925	0.971	0.194	96.4
2.53-2.7	3.6	7.58	3663	0.976	0.167	96.3
2.7-2.92	3.4	8.81	3397	0.983	0.135	95.6
2.92-3.2	3.6	11.12	3154	0.988	0.108	96.2
3.2-3.58	3.5	13.27	2835	0.99	0.087	96.4
3.58-4.13	3.6	15.32	2532	0.993	0.073	96.8
4.13-5.06	3.4	15.93	2086	0.993	0.069	94.7
5.06-7.16	3.4	15.56	1635	0.991	0.075	96.3
7.16-27.15	3.4	17.37	915	0.989	0.08	97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
STARANISO		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	1.20.1_4487	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 8AMP

8amp

解像度: 1.6→27.15 Å / SU ML: 0.201 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 25.9816
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2068	3299	4.99 %
R_work	0.1766	62817	-
obs	0.1782	66116	79.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.95 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3599	0	56	475	4130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.046	4116
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.8502	5673
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.7219	611
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0103	764
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.2853	1558

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6-1.62	0.3648	44	0.2975	875	X-RAY DIFFRACTION	26.47
1.62-1.65	0.279	57	0.2921	1147	X-RAY DIFFRACTION	34.73
1.65-1.67	0.3039	84	0.2887	1430	X-RAY DIFFRACTION	44.13
1.67-1.7	0.2964	83	0.2867	1602	X-RAY DIFFRACTION	48.84
1.7-1.73	0.3631	79	0.288	1814	X-RAY DIFFRACTION	54.65
1.73-1.76	0.2858	88	0.2901	2008	X-RAY DIFFRACTION	61.02
1.76-1.8	0.3025	129	0.2968	2199	X-RAY DIFFRACTION	66.97
1.8-1.83	0.3273	133	0.2833	2465	X-RAY DIFFRACTION	75.07
1.83-1.87	0.2829	137	0.2754	2603	X-RAY DIFFRACTION	79.05
1.87-1.91	0.2737	155	0.262	2797	X-RAY DIFFRACTION	85.39
1.92-1.96	0.3174	160	0.2543	2933	X-RAY DIFFRACTION	89.55
1.96-2.02	0.2834	140	0.2361	3106	X-RAY DIFFRACTION	94.09
2.02-2.08	0.2736	162	0.2192	3011	X-RAY DIFFRACTION	92.7
2.08-2.14	0.2524	165	0.2037	3194	X-RAY DIFFRACTION	96.36
2.14-2.22	0.2425	174	0.1924	3164	X-RAY DIFFRACTION	96.09
2.22-2.31	0.2299	164	0.1704	3174	X-RAY DIFFRACTION	96.64
2.31-2.41	0.1899	166	0.1629	3173	X-RAY DIFFRACTION	96.36
2.41-2.54	0.2019	180	0.1668	3133	X-RAY DIFFRACTION	96.59
2.54-2.7	0.1948	167	0.1623	3165	X-RAY DIFFRACTION	96.55
2.7-2.91	0.2056	165	0.1688	3163	X-RAY DIFFRACTION	95.69
2.91-3.2	0.2001	174	0.1621	3148	X-RAY DIFFRACTION	96.35
3.2-3.66	0.1801	173	0.1527	3178	X-RAY DIFFRACTION	96.63
3.66-4.61	0.1375	156	0.1241	3166	X-RAY DIFFRACTION	96.68
4.61-27.15	0.1454	164	0.1348	3169	X-RAY DIFFRACTION	96.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.75256272062	0.957748058087	0.422417277743	1.68943828406	0.448760072795	0.976008831649	0.051398230737	-0.0730601587324	-0.121870828486	0.0845074495505	0.00354379187246	-0.0551515855329	0.0856421200724	0.0459829909723	-0.055312903828	0.117827379523	0.0150194118597	0.00518645733751	0.085980398049	0.0116625240131	0.121075542069	83.3081762814	44.2275377884	-1.26731843549
2	0.555729961498	0.724511391572	1.05884807922	1.20506914123	1.55734829083	4.96000862518	-0.0791198757742	0.600202792086	0.024271588969	-0.525704242087	0.127072814922	-0.120596268301	-0.188122005092	0.515819297675	-0.037616581223	0.310575806006	-0.0191720696727	0.0227795504072	0.389636337686	0.00513410258683	0.145197853275	82.8558048034	45.9203835131	-28.8291859074
3	1.9591966396	1.10111290411	0.283086453933	2.19130771914	0.21437425331	0.626115336307	-0.010414681172	-0.0365392016572	0.0891132867709	0.0107013355007	-0.00144289357359	0.330530801581	0.00828425974786	-0.110512468472	0.0122682221526	0.116556968427	0.0219816759488	0.0306765067359	0.116214334636	-0.0181039757167	0.142342232675	71.8962582048	45.5685388799	-2.94176755398
4	2.14065081794	-0.337596152005	-0.0338052425451	3.40052655931	-0.435471472956	1.63943748305	0.03699821632	-0.227790325121	0.284054457192	0.311320938669	0.0807393875518	0.696265117517	-0.182347267411	-0.16997649657	-0.129867637908	0.19307008617	-0.00858780067448	0.0722578328742	0.161462301742	-0.0455471086481	0.319892797989	74.5677943307	62.9672522592	8.10143695592

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 1219 through 1393 )	1219 - 1393	290 - 464
2	2	chain 'A' and (resid -5 through 74 )	-5 - 74	1 - 80
3	3	chain 'A' and (resid 1009 through 1128)	1009 - 1128	81 - 199
4	4	chain 'A' and (resid 1129 through 1218)	1129 - 1218	200 - 289

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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