PDB-8amc: Crystal Structure of cat allergen Fel d 4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8amc

タイトル

Crystal Structure of cat allergen Fel d 4

要素

Allergen Fel d 4

キーワード

ALLERGEN / Lipocaline / cat allergene / lipocaline fold

機能・相同性

機能・相同性情報

odorant binding / small molecule binding / extracellular space
類似検索 - 分子機能

生物種

Felis catus (イエネコ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Schooltink, L. / Sagmeister, T. / Gottstein, N. / Pavkov-Keller, T. / Keller, W.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of cat allergen Fel d 4
著者: Schooltink, L. / Sagmeister, T. / Gottstein, N. / Pavkov-Keller, T. / Keller, W.

履歴

登録	2022年8月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月6日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
改定 1.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_contact_author / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_contact_author.email / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8amc.cif.gz	261.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8amc.ent.gz	206 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8amc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8amc_validation.pdf.gz	465 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8amc_full_validation.pdf.gz	467.5 KB	表示
XML形式データ	8amc_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	8amc_validation.cif.gz	33.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8amc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/am/8amc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (5) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Allergen Fel d 4

B: Allergen Fel d 4

C: Allergen Fel d 4

D: Allergen Fel d 4

ヘテロ分子

89.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Allergen Fel d 4

登録者が定義した集合体
22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Allergen Fel d 4

登録者が定義した集合体
22.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Allergen Fel d 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Allergen Fel d 4

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
22.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.291, 120.571, 67.149
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.513, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLU	GLU	GLY	GLY	A	A	4 - 161	26 - 183
2	2	1	GLU	GLU	GLY	GLY	B	B	4 - 161	26 - 183
3	3	2	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	5 - 160	27 - 182
4	4	2	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	5 - 160	27 - 182
5	5	3	ASN	ASN	ARG	ARG	A	A	5 - 160	27 - 182
6	6	3	ASN	ASN	ARG	ARG	D	D	5 - 160	27 - 182
7	7	4	ASN	ASN	ARG	ARG	B	B	5 - 160	27 - 182
8	8	4	ASN	ASN	ARG	ARG	C	C	5 - 160	27 - 182
9	9	5	ASN	ASN	ARG	ARG	B	B	5 - 160	27 - 182
10	10	5	ASN	ASN	ARG	ARG	D	D	5 - 160	27 - 182
11	11	6	ASN	ASN	GLY	GLY	C	C	5 - 161	27 - 183
12	12	6	ASN	ASN	GLY	GLY	D	D	5 - 161	27 - 183

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	Allergen Fel d 4 分子量: 22277.926 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q5VFH6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.03 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.5 詳細: 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.5, 2.0 M Ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873128 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.873128 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→34.11 Å / Num. obs: 21622 / % possible obs: 99.61 % / 冗長度: 6.5 % / CC_1/2: 0.993 / R_merge(I) obs: 0.145 / R_pim(I) all: 0.094 / R_rim(I) all: 0.173 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.95→3.055 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.828 / Num. unique obs: 2177 / CC_1/2: 0.722 / R_pim(I) all: 0.523 / R_rim(I) all: 0.983

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: alphafold

解像度: 2.95→34.11 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.905 / SU B: 15.338 / SU ML: 0.279 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.349 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	1063	4.917 %
R_work	0.1787	20555	-
all	0.181	-	-
obs	-	21618	99.627 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 62.645 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.904 Å²	0 Å²	0.59 Å²
2-	-	0.147 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.347 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.95→34.11 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5138	0	10	99	5247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	5246
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	4972
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.158	0.01	16439
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.74	1.634	7088
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.276	1.585	11458
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.159	5	626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.722	23.566	286
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.905	15	960
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.978	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	674
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	5850
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1198
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.207	0.2	645
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	3893
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	2345
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	2308
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.154	0.2	63
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.792	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.524	0.2	77
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.773	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.584	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.62	6.33	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.612	6.327	2514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.867	9.48	3138
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	8.859	9.48	3138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.073	6.928	2730
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.052	6.913	2723
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	9.759	10.109	3950
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	9.725	10.086	3939
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.184	157.063	17339
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	14.173	157.082	17330
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.13	0.05	4429
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.134	0.05	4337
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.148	0.05	4313
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.136	0.05	4374
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.139	0.05	4337
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.128	0.05	4427

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13369	0.05008
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13369	0.05008
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.148	0.05008
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.148	0.05008
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1356	0.05008
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1356	0.05008
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13919	0.05008
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.13919	0.05008
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12826	0.05009
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.12826	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.95-3.026	0.363	64	0.338	1528	X-RAY DIFFRACTION	100
3.026-3.108	0.298	68	0.284	1467	X-RAY DIFFRACTION	100
3.108-3.198	0.282	61	0.245	1461	X-RAY DIFFRACTION	100
3.198-3.295	0.215	63	0.202	1388	X-RAY DIFFRACTION	100
3.295-3.402	0.257	72	0.21	1342	X-RAY DIFFRACTION	100
3.402-3.52	0.259	67	0.213	1306	X-RAY DIFFRACTION	99.9272
3.52-3.652	0.294	66	0.203	1253	X-RAY DIFFRACTION	99.8486
3.652-3.799	0.303	58	0.184	1219	X-RAY DIFFRACTION	99.61
3.799-3.966	0.215	65	0.168	1165	X-RAY DIFFRACTION	100
3.966-4.157	0.221	46	0.158	1119	X-RAY DIFFRACTION	99.7431
4.157-4.378	0.175	52	0.142	1057	X-RAY DIFFRACTION	99.6406
4.378-4.639	0.172	50	0.122	1005	X-RAY DIFFRACTION	99.9053
4.639-4.952	0.134	56	0.113	925	X-RAY DIFFRACTION	99.6951
4.952-5.34	0.165	85	0.122	854	X-RAY DIFFRACTION	99.6815
5.34-5.835	0.207	49	0.151	807	X-RAY DIFFRACTION	99.7669
5.835-6.5	0.252	44	0.187	735	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5-7.461	0.323	46	0.209	655	X-RAY DIFFRACTION	99.7155
7.461-9.03	0.4	25	0.216	564	X-RAY DIFFRACTION	99.8305
9.03-12.345	0.228	19	0.156	437	X-RAY DIFFRACTION	97.4359

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)