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- PDB-8am8: Cyclohexanone dehydrogenase (CDH) from Alicycliphilus denitrifica... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8am8
タイトルCyclohexanone dehydrogenase (CDH) from Alicycliphilus denitrificans K601 complexed with dehydrogenated substrate - W113A mutant
要素Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein
キーワードFLAVOPROTEIN / FAD / cyclic ketone / enzyme engineering / rational design
機能・相同性
機能・相同性情報


steroid metabolic process / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
Succinate dehydrogenase/fumarate reductase flavoprotein, catalytic domain superfamily / FAD-dependent oxidoreductase 2, FAD binding domain / FAD binding domain / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
cyclohex-2-en-1-one / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Alicycliphilus denitrificans K601 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Prior, S.H. / Taylor, E.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)1065600 英国
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Rational design of a cyclohexanone dehydrogenase for enhanced alpha , beta-desaturation and substrate specificity.
著者: Singh, W. / Brown, N.L. / McCue, H.V. / Marriott, S.R. / Wilson, R.C. / Perry, J. / Turkenburg, J.P. / Dubey, K.D. / Prior, S.H. / Carnell, A.J. / Taylor, E.J. / Black, G.W.
履歴
登録2022年8月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年4月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
BBB: Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein
AAA: Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,90919
ポリマ－128,9092
非ポリマー3,00117
水11,836657
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: Bioinformatics
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10270 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area35690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.051, 90.051, 277.358
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11BBB-1038-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン: (詳細: Chains BBB AAA)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BBBAAA

#1: タンパク質 Fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein


分子量: 64454.457 Da / 分子数: 2 / 変異: W113A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicycliphilus denitrificans K601 (バクテリア)
遺伝子: Alide2_4318 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4G7N3

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非ポリマー , 6種, 674分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-A2Q / cyclohex-2-en-1-one / cyclohex-2-enone / 2-シクロヘキセン-1-オン


分子量: 96.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 657 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 240 mM ammonium citrate tribasic 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→85.65 Å / Num. obs: 98195 / % possible obs: 99.88 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 20.861 Å2 / CC1/2: 0.973 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 4779 / CC1/2: 0.999 / % possible all: 99.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
SHELXDE位相決定
Cootモデル構築
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 8am3

8am3


解像度: 1.85→85.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.651 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.126 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2154 4802 4.89 %RANDOM
Rwork0.1731 93390 --
all0.175 ---
obs-98192 99.878 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.769 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.002 Å20 Å20 Å2
2---0.002 Å20 Å2
3---0.004 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→85.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8173 0 197 657 9027
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0128615
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3761.63311681
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.90251083
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.2421.507438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.363151348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.5991562
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21089
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026700
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.24132
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.25889
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1210.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.3230.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1340.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6822.3894305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2943.575385
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7912.6344310
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0033.836292
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.85833.14613562
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.0620.0517672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.8980.333350.2936765X-RAY DIFFRACTION99.398
1.898-1.950.2913500.2746597X-RAY DIFFRACTION99.8276
1.95-2.0060.2763460.2526449X-RAY DIFFRACTION99.7358
2.006-2.0680.2823560.2286217X-RAY DIFFRACTION99.8481
2.068-2.1360.2543080.2156106X-RAY DIFFRACTION99.891
2.136-2.2110.2462810.2025923X-RAY DIFFRACTION99.9356
2.211-2.2940.2462650.1885715X-RAY DIFFRACTION99.8664
2.294-2.3880.2522670.1815488X-RAY DIFFRACTION99.9826
2.388-2.4940.2132890.1665286X-RAY DIFFRACTION99.8925
2.494-2.6150.2212710.1745042X-RAY DIFFRACTION99.9812
2.615-2.7570.2312620.1654800X-RAY DIFFRACTION99.9013
2.757-2.9240.2142140.1644608X-RAY DIFFRACTION99.9793
2.924-3.1250.2232140.1614306X-RAY DIFFRACTION99.9558
3.125-3.3760.2241710.1534069X-RAY DIFFRACTION100
3.376-3.6970.1742030.1473717X-RAY DIFFRACTION100
3.697-4.1330.1631780.1423415X-RAY DIFFRACTION100
4.133-4.770.1711670.1333008X-RAY DIFFRACTION100
4.77-5.8380.1971460.1492579X-RAY DIFFRACTION99.9633
5.838-8.2360.171210.1662050X-RAY DIFFRACTION99.954

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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