PDB-8alo: Heterodimer formation of sensory domains of Vibrio cholerae regul...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8alo

タイトル

Heterodimer formation of sensory domains of Vibrio cholerae regulators ToxR and ToxS

要素

Cholera toxin transcriptional activator
Transmembrane regulatory protein ToxS

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / Vibrio cholerae / transcription regulator / protein complex / ToxR / ToxS / hetero complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphorelay response regulator activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.002 Å

データ登録者

Gubensaek, N. / Sagmeister, T. / Pavkov-Keller, T. / Zangger, K. / Buhlheller, C. / Wagner, G.E.

資金援助

オーストリア, 1件

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: Vibrio cholerae's ToxRS bile sensing system.
著者: Gubensak, N. / Sagmeister, T. / Buhlheller, C. / Geronimo, B.D. / Wagner, G.E. / Petrowitsch, L. / Grawert, M.A. / Rotzinger, M. / Berger, T.M.I. / Schafer, J. / Uson, I. / Reidl, J. / ...

履歴

登録	2022年8月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8alo.cif.gz	64 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8alo.ent.gz	44.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8alo.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8alo_validation.pdf.gz	429 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8alo_full_validation.pdf.gz	430.6 KB	表示
XML形式データ	8alo_validation.xml.gz	10.6 KB	表示
CIF形式データ	8alo_validation.cif.gz	13.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/8alo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/al/8alo	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Cholera toxin transcriptional activator

B: Transmembrane regulatory protein ToxS

30.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: homology

単位格子

Length a, b, c (Å)	72.507, 72.507, 79.463
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

#1: タンパク質	Cholera toxin transcriptional activator 分子量: 11649.107 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: toxR, VC_0984 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P15795
#2: タンパク質	Transmembrane regulatory protein ToxS 分子量: 18681.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: toxS, VC_0983 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P24003
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.13 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30mg/ml of ToxRSp in Tris buffer (20mM Tris, 150mM NaCl, pH7), 0.5 microliters of protein was mixed with 0.5 microliters of crystal condition (0.2 M Magnesium chloride hexahydrate. 0.1 M BIS- ...詳細: 30mg/ml of ToxRSp in Tris buffer (20mM Tris, 150mM NaCl, pH7), 0.5 microliters of protein was mixed with 0.5 microliters of crystal condition (0.2 M Magnesium chloride hexahydrate. 0.1 M BIS-Tris. 5.5. 25 % w/v PEG 3350)

結晶

マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.13 %

結晶化

温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30mg/ml of ToxRSp in Tris buffer (20mM Tris, 150mM NaCl, pH7), 0.5 microliters of protein was mixed with 0.5 microliters of crystal condition (0.2 M Magnesium chloride hexahydrate. 0.1 M BIS- ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: BM30A / 波長: 0.9677 Å

検出器

タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9677 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 3→62.793 Å / Num. obs: 4790 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.1 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.108 / R_pim(I) all: 0.059 / R_rim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 12.8

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
9-62.79	7.6	0.034	183	0.999	0.018	0.039
3-3.18	7.8	0.842	756	0.688	0.466	0.966

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: Alphafold Model

解像度: 3.002→62.793 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.936 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.497
詳細: Hydrogens have been used if present in the input file

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2529	260	5.431 %
R_work	0.2129	4527	-
all	0.215	-	-
obs	-	4787	99.896 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 87.359 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.922 Å²	-0.461 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.922 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.991 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.002→62.793 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1854	0	0	11	1865

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.012	1887
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.749	1.63	2565
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.941	5	234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.465	24.468	94
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.155	15	335
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.217	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	257
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	1410
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	1265
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.342	0.2	52
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.428	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.626	8.403	942
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	8.9	12.592	1174
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.724	8.974	945
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	10.551	13.212	1391
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	14.783	112.976	2550

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
3.002-3.08	0.339	24	0.299	313	0.302	337	0.828	0.818	100	0.284
3.08-3.164	0.337	26	0.27	330	0.275	356	0.807	0.841	100	0.249
3.164-3.255	0.298	20	0.263	311	0.265	332	0.811	0.86	99.6988	0.24
3.255-3.355	0.29	14	0.233	305	0.235	319	0.86	0.892	100	0.208
3.355-3.465	0.243	21	0.238	305	0.239	326	0.864	0.9	100	0.214
3.465-3.586	0.296	14	0.196	283	0.201	297	0.896	0.925	100	0.168
3.586-3.721	0.11	11	0.195	276	0.191	287	0.959	0.927	100	0.178
3.721-3.872	0.349	13	0.2	263	0.206	276	0.876	0.925	100	0.176
3.872-4.044	0.249	18	0.201	262	0.204	280	0.895	0.935	100	0.178
4.044-4.24	0.191	12	0.182	254	0.182	266	0.927	0.945	100	0.162
4.24-4.469	0.241	5	0.184	241	0.186	247	0.93	0.95	99.5951	0.168
4.469-4.738	0.142	20	0.178	202	0.174	223	0.965	0.95	99.5516	0.166
4.738-5.063	0.305	11	0.206	211	0.21	222	0.885	0.937	100	0.195
5.063-5.466	0.241	11	0.238	202	0.238	213	0.866	0.927	100	0.215
5.466-5.983	0.345	9	0.226	183	0.231	192	0.883	0.926	100	0.214
5.983-6.682	0.324	14	0.227	160	0.234	175	0.88	0.916	99.4286	0.216
6.682-7.701	0.432	7	0.223	144	0.231	151	0.909	0.93	100	0.21
7.701-9.396	0.183	9	0.164	115	0.165	124	0.957	0.963	100	0.162
9.396-13.142		0	0.182	106	0.182	106		0.974	100	0.183
13.142-62.793	0.485	1	0.306	60	0.307	62		0.941	98.3871	0.315

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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