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- PDB-8alm: X-ray structure of human NCS-1 bound to Ric-8A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8alm
タイトルX-ray structure of human NCS-1 bound to Ric-8A
要素
  • Neuronal calcium sensor 1
  • Synembryn-A
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / NCS-1 / Ric-8A / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell-cell adhesion involved in gastrulation / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / cell migration involved in gastrulation / basement membrane organization / vasculature development / regulation of neuron projection development / G-protein alpha-subunit binding / response to light stimulus / voltage-gated calcium channel activity / gastrulation ...cell-cell adhesion involved in gastrulation / calcium sensitive guanylate cyclase activator activity / cell migration involved in gastrulation / basement membrane organization / vasculature development / regulation of neuron projection development / G-protein alpha-subunit binding / response to light stimulus / voltage-gated calcium channel activity / gastrulation / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / GTPase activator activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / visual learning / in utero embryonic development / postsynaptic density / G protein-coupled receptor signaling pathway / axon / intracellular membrane-bounded organelle / calcium ion binding / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / Recoverin family / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...Synembryn / Guanine nucleotide exchange factor, Ric8 / Guanine nucleotide exchange factor synembryn / Recoverin family / EF hand / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / Armadillo-like helical / EF-hand domain pair / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Neuronal calcium sensor 1 / Synembryn-A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.85402 Å
データ登録者Munoz-Reyes, D. / Sanchez-Barrena, M.J.
資金援助 スペイン, 1件
組織認可番号国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2019-111737RB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Elife / 年: 2023
タイトル: The neuronal calcium sensor NCS-1 regulates the phosphorylation state and activity of the G alpha chaperone and GEF Ric-8A.
著者: Munoz-Reyes, D. / McClelland, L.J. / Arroyo-Urea, S. / Sanchez-Yepes, S. / Sabin, J. / Perez-Suarez, S. / Menendez, M. / Mansilla, A. / Garcia-Nafria, J. / Sprang, S. / Sanchez-Barrena, M.J.
履歴
登録2022年8月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Neuronal calcium sensor 1
P: Synembryn-A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6229
ポリマ－23,9152
非ポリマー7077
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, The assembly was verified by nano-DSF AND CRYSTALLIZATION
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area10790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.639, 56.639, 134.532
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 BP

#1: タンパク質 Neuronal calcium sensor 1 / NCS-1 / Frequenin homolog / Frequenin-like protein / Frequenin-like ubiquitous protein


分子量: 20543.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NCS1, FLUP, FREQ / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P62166
#2: タンパク質・ペプチド Synembryn-A / Protein Ric-8A


分子量: 3371.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 参照: UniProt: Q80ZG1

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非ポリマー , 6種, 123分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.47 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 30 % PEG 4000, 100 mM sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979263 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979263 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85402→52.2013 Å / Num. obs: 17666 / % possible obs: 91.11 % / 冗長度: 8.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 1.85402→1.942 Å / Num. unique obs: 881 / CC1/2: 0.467

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.19.2_4158: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AutoProcess1.0.5データ削減
Aimless0.7.4データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.85402→52.2 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2525 827 4.68 %
Rwork0.2098 --
obs0.2118 17665 91.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85402→52.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1605 0 20 116 1741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0111676
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1362254
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.393230
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.054235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013295
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85402-1.970.4621690.36891431X-RAY DIFFRACTION48
1.97-2.120.31191310.26622980X-RAY DIFFRACTION98
2.12-2.340.30041480.20463015X-RAY DIFFRACTION100
2.34-2.670.3051560.22353060X-RAY DIFFRACTION100
2.67-3.370.23541460.20883093X-RAY DIFFRACTION100
3.37-52.20.22761770.19523259X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.88793.02113.40815.73982.17195.91330.261-0.15932.14780.4089-0.0484-0.9357-1.52681.2537-0.07780.6222-0.14670.09780.4239-0.13040.83560.067138.846621.0041
24.94240.80840.60512.58351.36384.1389-0.0253-1.1412-0.04660.5298-0.0662-0.09880.33420.12630.09760.2973-0.02330.03880.48740.02540.23281.35622.962627.4997
34.1097-0.19110.30663.49422.20721.9125-0.05250.06170.06420.0150.0826-0.29480.04910.3397-0.06240.2135-0.00320.01990.26520.04850.17383.149520.311718.0935
43.3245-0.27830.04154.21221.98871.52580.0444-0.1224-0.78590.0044-0.10060.02760.34010.04010.10390.28810.01490.04450.2160.04280.3723-2.57465.859211.328
54.97060.9339-1.75234.10490.26285.8143-0.15040.6531-0.8027-0.3067-0.03291.03510.3972-0.83190.16030.3596-0.0283-0.05380.4028-0.06620.534-8.85146.0592.2913
62.75091.3697-2.97510.661-1.4733.2429-0.1061-0.4393-0.14370.5048-0.2390.32850.1554-0.37040.35461.0134-0.0503-0.18191.50790.07541.0282-14.49585.507322.9999
72.04160.9717-2.79065.78552.2992.079-0.3824-0.3305-0.59070.17220.210.29410.96930.13980.33580.34770.01630.08250.2480.03660.4284-11.07826.741313.8072
85.27743.70323.54542.51377.37872.1805-0.2124-0.93480.33940.5651-0.56780.91350.5227-0.33270.35720.39790.00020.05760.36260.02240.3403-4.77217.051423.4927
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 6 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 20 through 58 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 59 through 96 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 97 through 144 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 145 through 176 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'P' and (resid 402 through 406 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'P' and (resid 407 through 413 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'P' and (resid 414 through 429 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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