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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8akd | ||||||
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タイトル | Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment 1-methyl-L-histidine | ||||||
要素 | NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Deacylase / Fragment | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 NAD-dependent histone H3K56 deacetylase activity / NAD-dependent histone H3K18 deacetylase activity / NAD-dependent histone H3K9 deacetylase activity / protein delipidation / ketone biosynthetic process / regulation of lipid catabolic process / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity ...NAD-dependent histone H3K56 deacetylase activity / NAD-dependent histone H3K18 deacetylase activity / NAD-dependent histone H3K9 deacetylase activity / protein delipidation / ketone biosynthetic process / regulation of lipid catabolic process / NAD+-protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / NAD-dependent protein demyristoylase activity / NAD-dependent protein depalmitoylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / positive regulation of protein localization to chromatin / chromosome, subtelomeric region / DNA damage sensor activity / positive regulation of stem cell differentiation / positive regulation of blood vessel branching / NAD-dependent protein lysine deacetylase activity / retrotransposon silencing / protein acetyllysine N-acetyltransferase / cardiac muscle cell differentiation / positive regulation of chondrocyte proliferation / pericentric heterochromatin formation / positive regulation of telomere maintenance / NAD-dependent histone deacetylase activity / protein deacetylation / negative regulation of glucose import / protein localization to site of double-strand break / TORC2 complex binding / negative regulation of glycolytic process / negative regulation of protein localization to chromatin / lncRNA binding / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of double-strand break repair / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of protein import into nucleus / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of gene expression, epigenetic / positive regulation of stem cell population maintenance / regulation of protein secretion / positive regulation of stem cell proliferation / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / negative regulation of cellular senescence / site of DNA damage / regulation of lipid metabolic process / NAD+-protein poly-ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ binding / subtelomeric heterochromatin formation / positive regulation of fat cell differentiation / regulation of protein localization to plasma membrane / nucleosome binding / negative regulation of gluconeogenesis / pericentric heterochromatin / response to UV / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / nucleotidyltransferase activity / positive regulation of protein export from nucleus / determination of adult lifespan / circadian regulation of gene expression / protein destabilization / base-excision repair / positive regulation of insulin secretion / regulation of circadian rhythm / chromatin DNA binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / transcription corepressor activity / positive regulation of fibroblast proliferation / double-strand break repair / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / glucose homeostasis / positive regulation of cold-induced thermogenesis / site of double-strand break / Processing of DNA double-strand break ends / damaged DNA binding / chromatin remodeling / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å | ||||||
データ登録者 | You, W. / Steegborn, C. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Development of novel Sirtuin 6 inhibitors and activators based on a protein crystallography-based fragment screen 著者: You, W. / Steegborn, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8akd.cif.gz | 131.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8akd.ent.gz | 99.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8akd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/8akd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/8akd | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8ak5C 8ak6C 8ak7C 8ak8C 8ak9C 8akaC 8akbC 8akcC 8akeC 8akfC 8akgC 8bl0C 8bl1C 8cnmC 8cnoC 5mf6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 15 - 297 / Label seq-ID: 9 - 291
NCS oper:
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33631.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIRT6, SIR2L6 / プラスミド: pET151-D-TOPO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3) pLysS 参照: UniProt: Q8N6T7, protein acetyllysine N-acetyltransferase |
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-非ポリマー , 6種, 162分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-SO4 / #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.69 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7 PH範囲: 5.7-6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月5日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 1.76→47.77 Å / Num. obs: 65810 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 38.041 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 14.87 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.76→1.87 Å / 冗長度: 11.5 % / Mean I/σ(I) obs: 0.89 / Num. unique obs: 10539 / CC1/2: 0.471 / Rrim(I) all: 2.51 / % possible all: 98 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5MF6 解像度: 1.76→45.53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.789 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.021 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 97 Å2 / Biso mean: 40.839 Å2 / Biso min: 18.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.76→45.53 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | 数: 2149 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 4.79 Å / Weight position: 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.76→1.806 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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