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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ak5 | ||||||
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タイトル | Human Sirt6 in complex with ADP-ribose and fragment pyroglutamic acid | ||||||
![]() | NAD-dependent protein deacetylase sirtuin-6 | ||||||
![]() | ![]() | ||||||
機能・相同性 | ![]() NAD-dependent histone H3K56 deacetylase activity / NAD-dependent histone H3K18 deacetylase activity / ketone biosynthetic process / NAD-dependent histone H3K9 deacetylase activity / protein delipidation / regulation of lipid catabolic process / NAD+- protein-lysine ADP-ribosyltransferase activity / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | You, W. / Steegborn, C. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Development of novel Sirtuin 6 inhibitors and activators based on a protein crystallography-based fragment screen 著者: You, W. / Steegborn, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 130.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 98.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ak6C ![]() 8ak7C ![]() 8ak8C ![]() 8ak9C ![]() 8akaC ![]() 8akbC ![]() 8akcC ![]() 8akdC ![]() 8akeC ![]() 8akfC ![]() 8akgC ![]() 8bl0C ![]() 8bl1C ![]() 8cnmC ![]() 8cnoC ![]() 5mf6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 15 - 297 / Label seq-ID: 9 - 291
NCS oper:
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 33631.594 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8N6T7, protein acetyllysine N-acetyltransferase |
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-非ポリマー , 8種, 57分子 ![](data/chem/img/AR6.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PCA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/PCA.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ![]() #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | ![]() #6: 化合物 | ChemComp-PGE / | ![]() #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / ![]() #8: 化合物 | ![]() #9: 水 | ChemComp-HOH / | ![]() |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 % |
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結晶化![]() | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.7 詳細: 1.6 M (NH4)2SO4, 10% PEG 400, and Bis-Tris buffer pH 5.7 PH範囲: 5.7-6.2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月5日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 | 波長![]() | |||||||||||||||
Reflection twin |
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反射 | 解像度: 2.12→45.49 Å / Num. obs: 38344 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 48.297 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 9.17 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.12→2.25 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 0.82 / Num. unique obs: 6147 / CC1/2: 0.292 / Rrim(I) all: 2.31 / % possible all: 99.4 |
-位相決定
位相決定![]() | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法![]() ![]() 開始モデル: 5MF6 解像度: 2.12→45.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.044 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.72 Å2 / Biso mean: 52.265 Å2 / Biso min: 25.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.12→45.49 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | 数: 2149 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 6.42 Å / Weight position: 0.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.12→2.174 Å / Rfactor Rfree error: 0
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