PDB-8ak4: Structure of the C-terminally truncated NAD+-dependent DNA ligase...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ak4

タイトル

Structure of the C-terminally truncated NAD+-dependent DNA ligase from the poly-extremophile Deinococcus radiodurans

要素

DNA ligase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / DNA ligase A / BRCT / DNA nick-joining

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA ligase (NAD+) / DNA ligase (NAD+) activity / base-excision repair, DNA ligation / DNA replication / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.36 Å

データ登録者

Fernandes, A. / Williamson, A.K. / Matias, P.M. / Moe, E.

資金援助

ポルトガル,

ニュージーランド, 6件

組織	認可番号	国
Foundation for Science and Technology (FCT)	UIDB/04612/2020	ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)	LA/P/0087/2020	ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)	PTDC/BBB-BEP/0561/2014	ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)	SFRH/BPD/97493/2013	ポルトガル
Foundation for Science and Technology (FCT)	PD/BD/13548/2018	ポルトガル
Marsden Fund	18-UOW-034	ニュージーランド

引用

ジャーナル: Extremophiles / 年: 2023
タイトル: Structure/function studies of the NAD + -dependent DNA ligase from the poly-extremophile Deinococcus radiodurans reveal importance of the BRCT domain for DNA binding.
著者: Fernandes, A. / Williamson, A. / Matias, P.M. / Moe, E.

履歴

登録	2022年7月29日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ak4.cif.gz	254.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ak4.ent.gz	173 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ak4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ak4_validation.pdf.gz	430.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ak4_full_validation.pdf.gz	434.8 KB	表示
XML形式データ	8ak4_validation.xml.gz	19.2 KB	表示
CIF形式データ	8ak4_validation.cif.gz	25.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/8ak4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ak/8ak4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (17) #121 - 2010年1月 70Sリボソーム (70S Ribosomes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (1) #150 - 2012年6月スライディングクランプ (Sliding Clamps) 類似性 (5)

登録構造単位

A: DNA ligase

ヘテロ分子

66 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.844, 73.434, 149.942
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Space group name Hall	P22ab(y,z,x)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	DNA ligase / Polydeoxyribonucleotide synthase [NAD(+)] 分子量: 65658.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (放射線耐性) 株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422 遺伝子: ligA, DR_2069 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): DE3* / 参照: UniProt: Q9RSQ5, DNA ligase (NAD+)
#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.7 % / 解説: Thin plates
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M magnesium acetate tetrahydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5, 20 % PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月16日 / 詳細: KB focusing mirrors
放射	モノクロメーター: channell-cut Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.36→149.94 Å / Num. obs: 7848 / % possible obs: 67.1 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 110.08 Å² / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.218 / R_pim(I) all: 0.12 / Net I/σ(I): 5.7
反射シェル	解像度: 3.36→3.65 Å / 冗長度: 5.2 % / R_merge(I) obs: 1.552 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 393 / CC_1/2: 0.442 / R_pim(I) all: 0.739 / % possible all: 15.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20.1_4487	精密化
autoPROC	1.0.5 (20200918)	データ削減
Aimless	0.7.7	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: From AlphaFold2

解像度: 3.36→74.97 Å / SU ML: 0.5011 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.4513
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
詳細: Hydrogen atoms were added in calculated positions with the PHENIX.READYSET tool. Isotropic displacement parameters (ADPs) were refined for all non-hydrogen atoms. TLS rigid body refinement of ...

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2751	393	5.03 %
R_work	0.215	7420	-
obs	0.2182	7813	66.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 103.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.36→74.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3926	0	6	0	3932

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	4002
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.4866	5433
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0393	611
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0042	722
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.2164	1486

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.36-3.84	0.4556	44	0.303	1105	X-RAY DIFFRACTION	30.91
3.91-4.85	0.2873	163	0.238	2909	X-RAY DIFFRACTION	88.66
4.85-74.97	0.2547	186	0.1932	3406	X-RAY DIFFRACTION	89.29

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.14987098248	1.5490283517	-1.07906058714	3.63037100522	-0.106877044605	1.46860320456	-0.01921302554	0.349120713682	0.225577327162	-0.121739376003	0.0385327188462	0.342404772662	-0.168029496401	0.186552293496	0.0147481639423	0.817180739489	0.0587921799476	-0.129641635107	0.735207316342	0.0405712930104	0.742790867261	7.48296345707	31.8329912152	30.6109859965
2	1.11890949909	-0.144868522135	-0.702760376034	2.15891333351	-1.69358983944	1.89277018815	0.0747740567023	0.0561173158094	-0.166016167617	0.195867594713	-0.709109280932	-0.304945952006	-0.320976225136	0.732845280562	0.503347976921	0.90232334877	-0.239877893292	-0.138723835835	1.02039315628	0.0748141323416	0.839523177683	13.3744185241	19.2525431272	63.5110445702
3	2.6099275567	1.71330806964	-0.299049134556	4.36601774178	-0.894054412373	2.68990549563	0.0442985667565	-0.0402511354065	-0.555047456897	-0.290538725409	-0.128212565969	-0.0122812467993	0.485534646936	0.138307033922	0.0329628274087	1.0035835884	0.0109725540261	-0.0828292170834	0.638586312739	-0.00856792235494	0.673273215725	-7.45263622979	-6.54425055726	60.6277316889

精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	chain 'A' and (resid 81 through 328 )	81 - 328	1 - 248
2	2	chain 'A' and (resid 329 through 436 )	329 - 436	249 - 356
3	3	chain 'A' and (resid 437 through 593 )	437 - 593	357 - 513

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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