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万見
- PDB-8ajy: Ruminococcus flavefaciens Cohesin-Dockerin structure: dockerin fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8ajy
タイトルRuminococcus flavefaciens Cohesin-Dockerin structure: dockerin from ScaH adaptor scaffoldin in complex with the cohesin from ScaE anchoring scaffoldin
要素
  • Cell-wall anchoring protein
  • Dockerin from ScaH
キーワードPROTEIN BINDING / Cellulosome / Cohesin / Dockerin / Ruminococcus flavefaciens
機能・相同性CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / carbohydrate binding / metal ion binding / membrane / Cell-wall anchoring protein
機能・相同性情報
生物種Ruminococcus flavefaciens FD-1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.71 Å
データ登録者Alves, V.D. / Bule, P. / Fontes, C.M.G.A. / Carvalho, A.L.M. / Najmudin, S. / Duarte, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Foundation for Science and Technology (FCT) 英国
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2023
タイトル: Structure-function studies can improve binding affinity of cohesin-dockerin interactions for multi-protein assemblies.
著者: Duarte, M. / Alves, V.D. / Correia, M. / Caseiro, C. / Ferreira, L.M.A. / Romao, M.J. / Carvalho, A.L. / Najmudin, S. / Bayer, E.A. / Fontes, C.M.G.A. / Bule, P.
履歴
登録2022年7月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年12月28日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell-wall anchoring protein
B: Dockerin from ScaH
C: Cell-wall anchoring protein
D: Dockerin from ScaH
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,31025
ポリマ－67,6364
非ポリマー1,67321
水7,710428
1
A: Cell-wall anchoring protein
B: Dockerin from ScaH
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, The biological assembly is a dimer, formed by a cohesin (Coh) molecule bound to a dockerin (Doc) molecule. The asymmetric unit contains two biological ...根拠: isothermal titration calorimetry, The biological assembly is a dimer, formed by a cohesin (Coh) molecule bound to a dockerin (Doc) molecule. The asymmetric unit contains two biological assemblies: chains A(Coh)+B(Doc) and C(Coh)+D(Doc)
  • 34.8 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,79914
ポリマ－33,8182
非ポリマー98112
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-134 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
2
C: Cell-wall anchoring protein
D: Dockerin from ScaH
ヘテロ分子


  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, The biological assembly is a dimer, formed by a cohesin (Coh) molecule bound to a dockerin (Doc) molecule. The asymmetric unit contains two biological ...根拠: isothermal titration calorimetry, The biological assembly is a dimer, formed by a cohesin (Coh) molecule bound to a dockerin (Doc) molecule. The asymmetric unit contains two biological assemblies: chains A(Coh)+B(Doc) and C(Coh)+D(Doc)
  • 34.5 kDa, 2 ポリマー
  • Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,51111
ポリマ－33,8182
非ポリマー6939
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area12650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.810, 120.000, 65.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 4分子 ACBD

#1: タンパク質 Cell-wall anchoring protein


分子量: 21637.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens FD-1 (バクテリア)
遺伝子: scaE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AEF6
#2: タンパク質 Dockerin from ScaH


分子量: 12180.369 Da / 分子数: 2 / Mutation: G79A, R80A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruminococcus flavefaciens FD-1 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 449分子

#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5 and 30% w/v Polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.873127 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.873127 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.71→65.344 Å / Num. obs: 66981 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.108 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 1.714→1.743 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 3283 / CC1/2: 0.789 / Rpim(I) all: 0.308 / Rrim(I) all: 0.59 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
autoPROC1.1.7データ削減
autoPROC1.1.7データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IU2

4iu2


解像度: 1.71→65.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 5.414 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.114 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2372 3334 5 %RANDOM
Rwork0.1939 ---
obs0.1961 63640 99.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 65.31 Å2 / Biso mean: 18.864 Å2 / Biso min: 8.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.9 Å20 Å2-0.23 Å2
2--1.43 Å20 Å2
3----0.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.71→65.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4296 0 83 428 4807
Biso mean--43.73 24.38 -
残基数----569
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0134445
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164001
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8781.6426046
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5241.5939241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0915567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.11424.641209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.49115679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.2661512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0880.2595
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.025079
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02949
LS精密化 シェル解像度: 1.714→1.758 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.317 223 -
Rwork0.27 4677 -
all-4900 -
obs--99.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8474-0.02210.22350.64960.17632.48240.00760.1326-0.0012-0.1011-0.0075-0.0229-0.01740.0779-0.00010.06650.00230.0230.0393-0.00350.03779.15072.38910.7336
22.4535-0.3595-0.33351.7966-0.62432.124-0.0408-0.3099-0.05010.18480.04370.0470.0872-0.0326-0.00290.073-0.01070.01460.0803-0.00590.0067-2.0731.874424.6996
30.99340.0717-0.07341.10210.36591.8610.028-0.1793-0.02950.2253-0.0251-0.09540.05430.041-0.00290.1137-0.0147-0.01210.04070.00380.08926.2247-26.1942-2.3425
42.23640.48290.02532.3001-0.63222.1022-0.04580.2640.0654-0.2740.04120.0463-0.0351-0.03010.00460.09030.00590.00550.0528-0.00550.0517-4.8801-27.6394-25.9634
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 202
2X-RAY DIFFRACTION2B27 - 110
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4D27 - 110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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