PDB-8ajs: Crystal structure of the F324A mutant of S-adenosyl-L-homocystein...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ajs

タイトル

Crystal structure of the F324A mutant of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa cocrystallized with adenosine in the presence of K+ cations

要素

Adenosylhomocysteinase

キーワード

HYDROLASE / REGULATION OF SAM-DEPENDENT METHYLATION REACTIONS

機能・相同性

機能・相同性情報

L-homocysteine biosynthetic process / adenosylhomocysteinase / adenosylhomocysteinase activity / S-adenosylmethionine cycle / one-carbon metabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.68 Å

データ登録者

Drozdzal, P. / Wozniak, K. / Malecki, P. / Gawel, M. / Komorowska, M. / Brzezinski, K.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the F324A mutant of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase from Pseudomonas aeruginosa cocrystallized with adenosine in the presence of K+ cations
著者: Drozdzal, P. / Wozniak, K. / Malecki, P. / Gawel, M. / Komorowska, M. / Brzezinski, K.

履歴

登録	2022年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年8月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ajs.cif.gz	711.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ajs.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ajs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ajs_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ajs_full_validation.pdf.gz	5.3 MB	表示
XML形式データ	8ajs_validation.xml.gz	82 KB	表示
CIF形式データ	8ajs_validation.cif.gz	122.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6f3mS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#265 - 2022年1月ゴルジ体カゼインキナーゼ (Golgi Casein Kinase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Adenosylhomocysteinase

BBB: Adenosylhomocysteinase

CCC: Adenosylhomocysteinase

DDD: Adenosylhomocysteinase

ヘテロ分子

211 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	177.844, 134.962, 109.393
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.043, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-504- CL

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB
3	2	AAA
4	2	CCC
5	3	AAA
6	3	DDD
7	4	BBB
8	4	CCC
9	5	BBB
10	5	DDD
11	6	CCC
12	6	DDD

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Auth seq-ID: 9 - 469 / Label seq-ID: 12 - 472

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	AAA	A
2	2	1	BBB	B
3	3	2	AAA	A
4	4	2	CCC	C
5	5	3	AAA	A
6	6	3	DDD	D
7	7	4	BBB	B
8	8	4	CCC	C
9	9	5	BBB	B
10	10	5	DDD	D
11	11	6	CCC	C
12	12	6	DDD	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

#1: タンパク質	Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase 分子量: 51658.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1 遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

#1: タンパク質

Adenosylhomocysteinase / S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase / AdoHcyase

分子量: 51658.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: ahcY, sahH, PA0432 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I685, adenosylhomocysteinase

-
非ポリマー , 6種, 1703分子

#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-ADN / ADENOSINE / アデノシン分子量: 267.241 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₃N₅O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1689 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 59.71 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 50 mM KH2PO4, 20% (w/v) PEG8000, 20% (v/v) glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.97625 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年11月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→105.921 Å / Num. obs: 280732 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.319 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 11.76
反射シェル	解像度: 1.68→1.78 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.02 / Num. unique obs: 44792 / CC_1/2: 0.56 / % possible all: 98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6F3M

6f3m

解像度: 1.68→105.921 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.981 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 4.685 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.07 / ESU R Free: 0.072 / 詳細: HYDROGEN ATOMS WERE ADDED AT RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1778	1039	0.37 %
R_work	0.1509	279688	-
all	0.151	-	-
obs	-	280727	99.656 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.342 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.701 Å²	0 Å²	-0.384 Å²
2-	-	-0.403 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.137 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.68→105.921 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14184	0	264	1689	16137

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	14804
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	14133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.382	1.638	20093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.399	1.585	32596
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.456	5	1872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.523	23.779	696
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.459	15	2582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.92	15	67
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1979
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	16872
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	3166
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.221	0.2	3145
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	13713
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	7316
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	6478
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	1420
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.238	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.074	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.076	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.135	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.606	2.309	7430
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.606	2.309	7429
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.09	3.453	9299
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.09	3.453	9300
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.789	2.63	7374
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.789	2.63	7374
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.066	3.834	10787
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.066	3.834	10788
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.799	47.456	67764
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.586	46.198	65834
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.058	0.05	15460
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.058	0.05	15466
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.063	0.05	15380
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.058	0.05	15324
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.059	0.05	15326
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.063	0.05	15379

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05824	0.05009
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05824	0.05009
2	3	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05784	0.05009
2	4	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05784	0.05009
3	5	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06292	0.05009
3	6	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06292	0.05009
4	7	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05772	0.05009
4	8	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05772	0.05009
5	9	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05917	0.05009
5	10	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.05917	0.05009
6	11	CCC	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06253	0.05009
6	12	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06253	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.68-1.723	0.361	75	0.468	20177	X-RAY DIFFRACTION	97.2485
1.723-1.77	0.431	74	0.41	20123	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.77-1.821	0.313	73	0.361	19542	X-RAY DIFFRACTION	99.7255
1.821-1.877	0.319	71	0.297	18993	X-RAY DIFFRACTION	99.7749
1.877-1.939	0.265	68	0.24	18461	X-RAY DIFFRACTION	99.8706
1.939-2.007	0.219	67	0.197	17880	X-RAY DIFFRACTION	99.9276
2.007-2.083	0.203	64	0.17	17250	X-RAY DIFFRACTION	99.9365
2.083-2.168	0.182	61	0.147	16597	X-RAY DIFFRACTION	99.904
2.168-2.264	0.149	59	0.136	15922	X-RAY DIFFRACTION	99.9437
2.264-2.374	0.154	57	0.123	15262	X-RAY DIFFRACTION	99.8696
2.374-2.503	0.165	54	0.121	14464	X-RAY DIFFRACTION	99.9449
2.503-2.655	0.131	51	0.116	13735	X-RAY DIFFRACTION	99.9492
2.655-2.838	0.139	48	0.12	12859	X-RAY DIFFRACTION	99.9768
2.838-3.065	0.197	44	0.14	12026	X-RAY DIFFRACTION	99.942
3.065-3.357	0.164	41	0.148	11057	X-RAY DIFFRACTION	99.964
3.357-3.753	0.175	37	0.138	10003	X-RAY DIFFRACTION	99.8707
3.753-4.333	0.127	33	0.119	8814	X-RAY DIFFRACTION	99.7407
4.333-5.304	0.145	28	0.108	7491	X-RAY DIFFRACTION	99.7612
5.304-7.492	0.124	22	0.162	5814	X-RAY DIFFRACTION	99.9657
7.492-105.921	0.345	12	0.183	3218	X-RAY DIFFRACTION	98.626

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3251	0.1461	-0.4568	1.1622	0.0526	0.8363	0.0355	0.008	0.3814	-0.0598	0.053	-0.1576	-0.2255	0.122	-0.0885	0.155	-0.1042	-0.0277	0.0905	-0.0197	0.222	49.0125	34.1927	35.1191
2	1.1998	-0.0835	0.0639	0.9654	0.5091	0.819	0.0124	0.2495	0.1479	-0.2737	0.0379	-0.0945	-0.175	0.0735	-0.0503	0.1678	-0.0775	-0.028	0.1184	0.0589	0.0652	37.4071	17.7312	15.3468
3	0.7309	0.2989	-0.2111	1.0888	0.1802	0.802	0.0231	0.0381	0.0863	-0.1128	0.056	-0.2265	-0.1366	0.1421	-0.0791	0.1085	-0.081	0.0034	0.0867	0.0068	0.1052	45.9486	19.367	28.3564
4	1.6224	0.2678	-0.1792	1.7522	0.1792	1.3636	-0.0337	-0.0625	0.3725	0.079	-0.0316	0.448	-0.2853	-0.3451	0.0653	0.186	0.0778	-0.0917	0.1762	0.0016	0.3436	1.0089	30.793	30.9627
5	1.3524	0.2017	0.3205	1.905	0.0002	1.018	0.0396	-0.0963	0.1122	0.1422	-0.0199	0.2033	-0.0102	-0.1458	-0.0197	0.0661	-0.0291	-0.02	0.0629	0.0015	0.0639	16.0787	9.9979	42.423
6	0.7255	0.37	0.6989	1.0181	0.7791	1.7236	-0.0151	-0.0757	0.2312	-0.0366	-0.0903	0.3039	-0.086	-0.3354	0.1053	0.0776	-0.0058	-0.0402	0.119	0.0324	0.1968	6.9009	15.8764	31.582
7	2.3474	0.038	0.0608	1.1461	0.3032	0.7927	0.0153	0.0545	-0.2921	-0.044	-0.0163	0.2109	0.1771	-0.125	0.001	0.1218	-0.0863	-0.074	0.0717	0.0277	0.1356	6.97	-29.5584	28.444
8	0.7599	-0.0934	0.1017	1.1153	-0.441	0.8137	0.0099	0.1761	-0.0032	-0.111	-0.003	0.1253	0.0152	-0.0257	-0.0069	0.1162	-0.0477	-0.0847	0.1129	0.0217	0.0669	14.3588	-6.2018	13.9555
9	0.759	0.3066	0.2389	1.2174	-0.0873	0.4519	0.0235	0.0277	-0.0092	-0.0134	0.0078	0.2621	0.1109	-0.1042	-0.0313	0.0952	-0.0672	-0.0607	0.0612	0.0251	0.1195	9.1719	-13.6819	26.8142
10	1.9585	0.2602	0.1853	2.2891	-0.1824	1.0344	-0.022	0.2571	-0.251	-0.1788	0.0622	-0.5087	0.2111	0.3435	-0.0402	0.185	0.0223	0.0399	0.2474	-0.1084	0.2142	52.2222	-22.4795	12.456
11	1.1928	0.3814	-0.0888	1.7412	0.2222	1.2588	0.0183	-0.0412	-0.0911	0.0713	0.0401	-0.2591	0.0069	0.1632	-0.0584	0.0596	-0.0262	-0.0584	0.059	0.0107	0.0814	42.0946	-8.4275	34.906
12	0.8593	0.3216	-0.2502	1.578	-0.6879	1.2886	-0.0363	0.1144	-0.1286	-0.1641	-0.0173	-0.4066	0.0116	0.2891	0.0536	0.0917	-0.0324	0.001	0.1412	-0.0351	0.1589	47.705	-9.2533	20.5507

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	9 - 169
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	AAA	170 - 331
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	AAA	332 - 469
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	BBB	9 - 172
5	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	BBB	173 - 329
6	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	BBB	330 - 469
7	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	CCC	9 - 172
8	X-RAY DIFFRACTION	8	ALL	CCC	173 - 329
9	X-RAY DIFFRACTION	9	ALL	CCC	330 - 469
10	X-RAY DIFFRACTION	10	ALL	DDD	9 - 172
11	X-RAY DIFFRACTION	11	ALL	DDD	173 - 329
12	X-RAY DIFFRACTION	12	ALL	DDD	330 - 469

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

-
非ポリマー , 6種, 1703分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

-非ポリマー , 6種, 1703分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 AAABBBCCCDDD

-
非ポリマー , 6種, 1703分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)