PDB-8ajq: Crystal structure of PA2722 from Pseudomonas aeruginosa PAO1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ajq

タイトル

Crystal structure of PA2722 from Pseudomonas aeruginosa PAO1

要素

CENP-V/GFA domain-containing protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / PA2722 / P. aeruginosa / CENP-V/GFA-like domain

機能・相同性

CENP-V/GFA domain profile. / CENP-V/GFA domain / Glutathione-dependent formaldehyde-activating enzyme / carbon-sulfur lyase activity / Mss4-like superfamily / metal ion binding / CENP-V/GFA domain-containing protein

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 1.25 Å

データ登録者

Popp, M.A. / Blankenfeldt, W.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PA2722 from P. aeruginosa PAO1
著者: Popp, M.A. / Blankenfeldt, W.

履歴

登録	2022年7月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ajq.cif.gz	673.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ajq.ent.gz	573.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ajq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ajq_validation.pdf.gz	498.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ajq_full_validation.pdf.gz	504.9 KB	表示
XML形式データ	8ajq_validation.xml.gz	61.4 KB	表示
CIF形式データ	8ajq_validation.cif.gz	90.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8ajq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: CENP-V/GFA domain-containing protein

B: CENP-V/GFA domain-containing protein

C: CENP-V/GFA domain-containing protein

D: CENP-V/GFA domain-containing protein

E: CENP-V/GFA domain-containing protein

F: CENP-V/GFA domain-containing protein

G: CENP-V/GFA domain-containing protein

H: CENP-V/GFA domain-containing protein

ヘテロ分子

123 kDa, 8 ポリマー
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1

A: CENP-V/GFA domain-containing protein

B: CENP-V/GFA domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
30.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: CENP-V/GFA domain-containing protein

D: CENP-V/GFA domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 2 ポリマー
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3

E: CENP-V/GFA domain-containing protein

F: CENP-V/GFA domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: CENP-V/GFA domain-containing protein

H: CENP-V/GFA domain-containing protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.571, 86.238, 172.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	CENP-V/GFA domain-containing protein 分子量: 14858.651 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: PA2722 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0C0
#2: 化合物	ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸分子量: 195.237 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1653 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.3, 14 % PEG20000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年4月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.25→47.79 Å / Num. obs: 345072 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 12.32 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.076 / R_pim(I) all: 0.022 / R_rim(I) all: 0.079 / Net I/σ(I): 19.2 / Num. measured all: 4505463

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. measured all	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Net I/σ(I) obs	% possible all
1.25-1.27	10.8	0.943	178863	16564	0.807	0.295	0.989	2.6	97.4
6.85-47.79	13.1	0.054	31013	2361	0.998	0.015	0.056	49.9	99.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.20_4459	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT		データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.25→47.79 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 14.42 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1518	17486	5.07 %
R_work	0.1376	327372	-
obs	0.1384	344858	99.7 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 96.83 Å² / B_iso mean: 18.4721 Å² / B_iso min: 6.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.25→47.79 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8289	0	483	1655	10427
B_iso mean	-	-	21.38	28.74	-
残基数	-	-	-	-	1056

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.25-1.26	0.2341	626	0.2269	10487	11113	97
1.26-1.28	0.2245	560	0.2146	10606	11166	98
1.28-1.29	0.2311	599	0.2054	10691	11290	99
1.29-1.31	0.2003	553	0.1914	10815	11368	99
1.31-1.33	0.2026	607	0.1841	10827	11434	100
1.33-1.35	0.1945	566	0.1806	10844	11410	100
1.35-1.37	0.1982	551	0.1778	10886	11437	100
1.37-1.39	0.1866	579	0.1704	10840	11419	100
1.39-1.41	0.1822	597	0.1637	10822	11419	100
1.41-1.43	0.1664	600	0.1613	10860	11460	100
1.43-1.46	0.169	582	0.1517	10885	11467	100
1.46-1.48	0.1723	570	0.1481	10858	11428	100
1.48-1.51	0.1505	580	0.1371	10914	11494	100
1.51-1.54	0.1339	551	0.1276	10890	11441	100
1.54-1.57	0.141	589	0.1229	10863	11452	100
1.57-1.61	0.1439	545	0.1229	10959	11504	100
1.61-1.65	0.1291	617	0.1207	10877	11494	100
1.65-1.7	0.1349	574	0.1225	10947	11521	100
1.7-1.75	0.1367	578	0.1238	10883	11461	100
1.75-1.8	0.1348	587	0.1288	10970	11557	100
1.8-1.87	0.1552	537	0.1294	10931	11468	100
1.87-1.94	0.1363	571	0.1282	10988	11559	100
1.94-2.03	0.1361	597	0.1251	10948	11545	100
2.03-2.14	0.1351	627	0.1274	10935	11562	100
2.14-2.27	0.1387	558	0.1266	11035	11593	100
2.27-2.45	0.1402	604	0.1281	10984	11588	100
2.45-2.69	0.1424	592	0.1317	11065	11657	100
2.69-3.08	0.1543	557	0.134	11132	11689	100
3.08-3.88	0.1473	617	0.1293	11162	11779	100
3.88-47.79	0.1594	615	0.145	11468	12083	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	-0.0077	0.0269	0.0183	0.0241	0.0011	0.0332	-0.0661	-0.0218	-0.0457	-0.079	-0.0211	-0.0718	0.0429	0.0579	-0.014	0.1317	-0.0119	0.0207	0.1069	0.0299	0.1456	14.6449	20.1057	98.1609
2	0.2211	0.0198	-0.1984	0.3495	0.0255	0.2127	-0.0264	-0.0564	-0.0707	-0.0519	0.0046	-0.0176	0.0495	0.0299	-0.0276	0.0907	-0.0068	-0.0025	0.0953	0.0284	0

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