PDB-8aj5: X-ray structure of lysozyme obtained upon reaction with [VIVO(mal...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8aj5

タイトル

X-ray structure of lysozyme obtained upon reaction with [VIVO(malt)2] (Structure B)

要素

Lysozyme

キーワード

HYDROLASE / metallodrug / vanadium / oxidovanadium / covalent binding / non-covalent binding / protein-metal interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism / defense response to Gram-positive bacterium ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.31 Å

データ登録者

Paolillo, M. / Merlino, A. / Ferraro, G.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Inorg.Chem. / 年: 2022
タイトル: Multiple and Variable Binding of Pharmacologically Active Bis(maltolato)oxidovanadium(IV) to Lysozyme.
著者: Ferraro, G. / Paolillo, M. / Sciortino, G. / Garribba, E. / Merlino, A.

履歴

登録	2022年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8aj5.cif.gz	49.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8aj5.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8aj5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8aj5_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8aj5_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	8aj5_validation.xml.gz	9.2 KB	表示
CIF形式データ	8aj5_validation.cif.gz	12.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8aj5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/aj/8aj5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aj3C 8aj4C 193lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (3) #136 - 2011年4月ナノボディ (Nanobodies) 類似性 (3) #222 - 2018年6月タンパク質とナノ粒子 (Proteins and Nanoparticles) 類似性 (3) #9 - 2000年9月リゾチーム (Lysozyme) 類似性 (3) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (3)

登録構造単位

AAA: Lysozyme

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.230, 78.230, 37.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-206- VVB
2	1	AAA-206- VVB
3	1	AAA-330- HOH
4	1	AAA-352- HOH
5	1	AAA-385- HOH
6	1	AAA-415- HOH
7	1	AAA-430- HOH

-
タンパク質 , 1種, 1分子 AAA

#1: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698

-
非ポリマー , 7種, 148分子

#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-VO4 / VANADATE ION 分子量: 114.939 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: VO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-VVO / oxovanadium(2+) 分子量: 66.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: OV / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-VVB / bis(oxidanyl)vanadium / 水酸化バナジウム分子量: 84.956 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂V / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#7: 化合物	ChemComp-NO3 / NITRATE ION 分子量: 62.005 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 詳細: 20% ethylene glycol 0.1 M sodium acetate pH 4.0 0.6 M sodium nitrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.31→55.32 Å / Num. obs: 28122 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 20 % / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.31→1.33 Å / R_merge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 25.8 / Num. unique obs: 28122 / CC_1/2: 0.755 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
autoPROC		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 193l

193l

解像度: 1.31→55.317 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.97 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.965 / SU B: 0.926 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1976	1403	4.999 %
R_work	0.1676	26662	-
all	0.169	-	-
obs	-	28065	98.779 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.925 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.037 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.037 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.073 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.31→55.317 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1001	0	61	132	1194

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.013	1158
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.014	1032
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.839	1.625	1560
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.58	1.599	2351
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.465	5	143
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.266	19.861	72
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.831	15	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.745	15	15
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	1400
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	318
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.276	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.2	0.2	950
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.174	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	453
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.236	0.2	95
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.084	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.099	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.216	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.27	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.211	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.119	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.67	1.61	556
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.616	1.6	553
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.389	2.415	703
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.39	2.419	704
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.905	2.097	602
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.787	2.017	579
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.264	2.942	857
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.131	2.857	834
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.649	21.391	1428
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.648	21.417	1429

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.31-1.344	0.266	109	0.261	1873	0.262	2062	0.888	0.873	96.1203	0.248
1.344-1.381	0.238	109	0.245	1838	0.244	2011	0.903	0.897	96.8175	0.222
1.381-1.421	0.232	89	0.227	1866	0.227	1977	0.908	0.92	98.8872	0.2
1.421-1.465	0.239	85	0.218	1760	0.219	1873	0.922	0.926	98.5051	0.191
1.465-1.513	0.212	97	0.193	1709	0.194	1845	0.941	0.937	97.8862	0.171
1.513-1.566	0.204	74	0.195	1691	0.196	1797	0.941	0.939	98.2193	0.171
1.566-1.625	0.207	79	0.182	1629	0.184	1732	0.939	0.951	98.6143	0.161
1.625-1.691	0.231	80	0.17	1570	0.172	1661	0.933	0.956	99.3378	0.152
1.691-1.766	0.203	85	0.165	1505	0.167	1597	0.943	0.959	99.5617	0.153
1.766-1.852	0.173	83	0.161	1452	0.162	1547	0.959	0.963	99.2243	0.152
1.852-1.952	0.197	75	0.156	1367	0.158	1453	0.958	0.967	99.2429	0.153
1.952-2.07	0.227	68	0.15	1321	0.154	1399	0.948	0.967	99.2852	0.15
2.07-2.213	0.21	60	0.146	1248	0.149	1311	0.955	0.97	99.7712	0.155
2.213-2.39	0.145	64	0.14	1150	0.141	1216	0.975	0.973	99.8355	0.152
2.39-2.618	0.2	56	0.149	1082	0.151	1138	0.958	0.972	100	0.168
2.618-2.926	0.183	50	0.148	992	0.15	1042	0.965	0.97	100	0.175
2.926-3.377	0.191	50	0.155	877	0.157	927	0.961	0.969	100	0.191
3.377-4.132	0.165	42	0.15	757	0.151	799	0.971	0.973	100	0.193
4.132-5.828	0.185	31	0.155	594	0.157	625	0.977	0.979	100	0.214
5.828-55.317	0.289	17	0.271	373	0.272	392	0.955	0.922	99.4898	0.374

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