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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aj0 | ||||||
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タイトル | Mpro of SARS COV-2 in complex with the RK-90 inhibitor | ||||||
![]() | 3C-like proteinase nsp5 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / inhibitor complex / SARS-COV-2 | ||||||
機能・相同性 | ![]() protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway ...protein guanylyltransferase activity / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / mRNA guanylyltransferase activity / 5'-3' RNA helicase activity / 付加脱離酵素(リアーゼ); P-Oリアーゼ類; - / Assembly of the SARS-CoV-2 Replication-Transcription Complex (RTC) / Maturation of replicase proteins / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / ISG15-specific peptidase activity / TRAF3-dependent IRF activation pathway / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / snRNP Assembly / Replication of the SARS-CoV-2 genome / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / double membrane vesicle viral factory outer membrane / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / SARS coronavirus main proteinase / 3'-5'-RNA exonuclease activity / 5'-3' DNA helicase activity / host cell endosome / symbiont-mediated degradation of host mRNA / mRNA guanylyltransferase / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / G-quadruplex RNA binding / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF3 activity / omega peptidase activity / SARS-CoV-2 modulates host translation machinery / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / host cell Golgi apparatus / methyltransferase cap1 / symbiont-mediated perturbation of host ubiquitin-like protein modification / symbiont-mediated suppression of host NF-kappaB cascade / DNA helicase / methyltransferase cap1 activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / regulation of autophagy / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / lyase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / symbiont-mediated suppression of host gene expression / copper ion binding / viral translational frameshifting / symbiont-mediated activation of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / lipid binding / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | El Kilani, H. / Hilgenfeld, R. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structure-Based Optimization of Pyridone alpha-Ketoamides as Inhibitors of the SARS-CoV-2 Main Protease. 著者: Akula, R.K. / El Kilani, H. / Metzen, A. / Roske, J. / Zhang, K. / Gohl, M. / Arisetti, N. / Marsh, G.P. / Maple, H.J. / Cooper, M.S. / Karadogan, B. / Jochmans, D. / Neyts, J. / Rox, K. / ...著者: Akula, R.K. / El Kilani, H. / Metzen, A. / Roske, J. / Zhang, K. / Gohl, M. / Arisetti, N. / Marsh, G.P. / Maple, H.J. / Cooper, M.S. / Karadogan, B. / Jochmans, D. / Neyts, J. / Rox, K. / Hilgenfeld, R. / Bronstrup, M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 136 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 表示 | ![]() | |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8aiuC ![]() 8aivC ![]() 8aizC ![]() 8aj1C ![]() 9f2vC ![]() 9f2xC ![]() 9f39C ![]() 9f3aC ![]() 9fhqC ![]() 9gmqC ![]() 6y2eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33350.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CL / | #4: 化合物 | ChemComp-NA / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.49 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1MMES pH 6, 0.2MSodium chloride, 20% w/vPEG 6000, 10% v/vEthylene glycol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年5月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.519→48.959 Å / Num. obs: 18391 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.9 % / CC1/2: 0.988 / Net I/σ(I): 6.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.52→2.61 Å / Num. unique obs: 1790 / CC1/2: 0.599 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6y2e 解像度: 2.519→48.959 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.892 / WRfactor Rfree: 0.254 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 12.699 / SU ML: 0.271 / Average fsc free: 0.88 / Average fsc work: 0.9155 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.361 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 30.904 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.519→48.959 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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