PDB-8ait: Crystal structure of cutinase PbauzCut from Pseudomonas bauzanensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ait

タイトル

Crystal structure of cutinase PbauzCut from Pseudomonas bauzanensis

要素

Cutinase

キーワード

HYDROLASE / cutinase / ester bond / cleavage / PET

機能・相同性

Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / : / carboxylic ester hydrolase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / Cutinase

機能・相同性情報

生物種

Halopseudomonas bauzanensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.24 Å

データ登録者

Zahn, M. / Allen, M.D. / Pickford, A.R. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: ChemSusChem / 年: 2023
タイトル: Concentration-Dependent Inhibition of Mesophilic PETases on Poly(ethylene terephthalate) Can Be Eliminated by Enzyme Engineering.
著者: Avilan, L. / Lichtenstein, B.R. / Konig, G. / Zahn, M. / Allen, M.D. / Oliveira, L. / Clark, M. / Bemmer, V. / Graham, R. / Austin, H.P. / Dominick, G. / Johnson, C.W. / Beckham, G.T. / ...

履歴

登録	2022年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年5月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ait.cif.gz	150.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ait.ent.gz	88.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ait.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ait_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ait_full_validation.pdf.gz	1.8 MB	表示
XML形式データ	8ait_validation.xml.gz	14.1 KB	表示
CIF形式データ	8ait_validation.cif.gz	21.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8ait ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8ait	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8airC 8aisC 4cg1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cutinase

ヘテロ分子

33.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.100, 52.900, 56.748
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 106.305, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Cutinase / Predicted dienelactone hydrolase 分子量: 33490.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Halopseudomonas bauzanensis (バクテリア) 遺伝子: SAMN04487855_0215, SAMN05216589_1412 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A031MKR8
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium acetate 4.5, 50 % w/v PEG 400, 0.2 M Lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.24→52.9 Å / Num. obs: 69263 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.991 / R_merge(I) obs: 0.097 / R_pim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 6.1
反射シェル	解像度: 1.24→1.26 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.483 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3366 / CC_1/2: 0.563 / R_pim(I) all: 0.314 / % possible all: 96.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CG1

4cg1

解像度: 1.24→41.367 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 2.396 / SU ML: 0.052 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.056 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2379	3323	4.857 %
R_work	0.2142	65091	-
all	0.215	-	-
obs	-	68414	98.534 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 8.832 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.221 Å²	-0 Å²	0.147 Å²
2-	-	-0.442 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.493 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.24→41.367 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1995	0	20	265	2280

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.012	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1778
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.707	1.64	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.595	1.546	4151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.106	5	263
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	24.096	10	17
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.618	10	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.678	10	93
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	304
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	428
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.184	0.2	1033
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	1020
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.25	0.2	195
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.111	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.438	0.405	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.424	0.405	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.708	0.607	1310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.709	0.607	1311
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.867	0.515	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.786	0.495	1005
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.245	0.746	1515
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.21	0.713	1492
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.494	9.908	2420
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.171	6.999	2330

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.24-1.272	0.372	211	0.331	4754	0.333	5118	0.912	0.913	97.0106	0.32
1.272-1.307	0.34	226	0.324	4614	0.325	4960	0.922	0.918	97.5807	0.312
1.307-1.345	0.322	220	0.311	4496	0.311	4858	0.91	0.923	97.077	0.296
1.345-1.386	0.324	236	0.3	4370	0.301	4733	0.924	0.931	97.3167	0.287
1.386-1.432	0.301	225	0.281	4185	0.282	4522	0.937	0.942	97.5232	0.265
1.432-1.482	0.276	212	0.273	4152	0.273	4428	0.944	0.94	98.5546	0.257
1.482-1.538	0.253	196	0.236	4000	0.237	4253	0.956	0.957	98.6598	0.222
1.538-1.6	0.253	210	0.233	3855	0.234	4106	0.949	0.958	99.0015	0.221
1.6-1.671	0.259	185	0.21	3694	0.212	3924	0.954	0.967	98.8532	0.201
1.671-1.753	0.232	185	0.201	3559	0.203	3771	0.955	0.969	99.284	0.195
1.753-1.847	0.235	158	0.191	3406	0.192	3591	0.958	0.972	99.2481	0.186
1.847-1.959	0.184	166	0.184	3226	0.184	3407	0.976	0.974	99.5597	0.184
1.959-2.094	0.223	154	0.189	2996	0.191	3168	0.957	0.971	99.4318	0.193
2.094-2.262	0.211	155	0.178	2793	0.18	2969	0.97	0.975	99.2927	0.184
2.262-2.477	0.216	145	0.185	2581	0.186	2738	0.951	0.972	99.5617	0.192
2.477-2.768	0.226	101	0.182	2393	0.184	2502	0.953	0.975	99.6803	0.195
2.768-3.194	0.199	102	0.186	2062	0.187	2177	0.97	0.974	99.4028	0.201
3.194-3.905	0.198	108	0.176	1776	0.177	1888	0.964	0.977	99.7881	0.193
3.905-5.499	0.195	74	0.181	1380	0.182	1458	0.97	0.977	99.7257	0.213
5.499-41.367	0.245	54	0.213	787	0.215	841	0.969	0.971	100	0.247

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -5.1423 Å / Origin y: 1.408 Å / Origin z: 14.3448 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0034 Å²	0.0006 Å²	-0.0017 Å²	-	0.0561 Å²	0.0048 Å²	-	-	0.0025 Å²
L	0.6608 °²	0.1067 °²	-0.0305 °²	-	0.9413 °²	0.1076 °²	-	-	0.6226 °²
S	-0.0083 Å °	0.0342 Å °	0.0036 Å °	-0.048 Å °	0.0059 Å °	0.0079 Å °	-0.003 Å °	0.0215 Å °	0.0023 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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