PDB-8ais: Crystal structure of cutinase PsCut from Pseudomonas saudimassiliensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ais

タイトル

Crystal structure of cutinase PsCut from Pseudomonas saudimassiliensis

要素

Lipase 1

キーワード

HYDROLASE / cutinase / ester bond / cleavage / PET

機能・相同性

Dienelactone hydrolase / Dienelactone hydrolase family / Alpha/Beta hydrolase fold / hydrolase activity / ACETATE ION / Lipase 1

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas saudimassiliensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.56 Å

データ登録者

Zahn, M. / Allen, M.D. / Pickford, A.R. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: ChemSusChem / 年: 2023
タイトル: Concentration-Dependent Inhibition of Mesophilic PETases on Poly(ethylene terephthalate) Can Be Eliminated by Enzyme Engineering.
著者: Avilan, L. / Lichtenstein, B.R. / Konig, G. / Zahn, M. / Allen, M.D. / Oliveira, L. / Clark, M. / Bemmer, V. / Graham, R. / Austin, H.P. / Dominick, G. / Johnson, C.W. / Beckham, G.T. / ...

履歴

登録	2022年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年5月3日	Group: Database references / Refinement description カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_ncs_dom / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _struct_ncs_dom.details / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _citation.country / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._citation.country / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ais.cif.gz	422 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ais.ent.gz	266.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ais.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8ais_validation.pdf.gz	703.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8ais_full_validation.pdf.gz	707.1 KB	表示
XML形式データ	8ais_validation.xml.gz	35.9 KB	表示
CIF形式データ	8ais_validation.cif.gz	53.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8ais ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8ais	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8airC 8aitC 4cg1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase 1

B: Lipase 1

C: Lipase 1

ヘテロ分子

101 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lipase 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Lipase 1

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Lipase 1

登録者が定義した集合体
33.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	158.786, 56.813, 105.796
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 121.627, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	C-633- HOH
2	1	C-635- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	A
3	2	A
4	2	A
5	3	B
6	3	C

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	GLN	GLN	LEU	LEU	A	A	40 - 303	40 - 303
2	1	1	GLN	GLN	LEU	LEU	A	A	40 - 303	40 - 303
3	2	2	GLN	GLN	LEU	LEU	A	A	40 - 303	40 - 303
4	2	2	GLN	GLN	LEU	LEU	A	A	40 - 303	40 - 303
5	3	3	ASN	ASN	GLU	GLU	B	B	37 - 304	37 - 304
6	3	3	ASN	ASN	GLU	GLU	C	C	37 - 304	37 - 304

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6

#1: タンパク質	Lipase 1 分子量: 33572.457 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas saudimassiliensis (バクテリア) 遺伝子: lip1, BN1049_02053 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A078MGG8
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 684 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.02 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.02 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 8% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.56→52.38 Å / Num. obs: 113320 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 4.7 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.092 / R_pim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 9
反射シェル	解像度: 1.56→1.59 Å / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.507 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 5312 / CC_1/2: 0.473 / R_pim(I) all: 0.449 / % possible all: 93.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4CG1

4cg1

解像度: 1.56→52.377 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.963 / SU B: 4.519 / SU ML: 0.072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.082 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	5514	4.903 %
R_work	0.1779	106959	-
all	0.179	-	-
obs	-	112473	98.292 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.566 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.408 Å²	0 Å²	0.103 Å²
2-	-	0.568 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.163 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.56→52.377 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6104	0	4	684	6792

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.011	6278
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.016	5447
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.458	1.64	8548
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.528	1.548	12721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.824	5	802
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	12.458	10	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.615	10	930
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	16.886	10	285
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	912
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	7396
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1308
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.214	0.2	1225
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.191	0.2	5280
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	3131
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	3141
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	504
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.23	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.348	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.239	0.2	153
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.266	1.229	3206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.263	1.229	3206
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.017	1.833	4002
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.017	1.835	4003
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.67	1.379	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.664	1.377	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.573	2.007	4544
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.573	2.008	4545
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.948	20.084	7289
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	5.845	18.346	7124
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.077	0.05	8778
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.07	0.05	8833
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.067	0.05	8923

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07686	0.0501
1	2	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07686	0.0501
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07049	0.0501
2	4	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07049	0.0501
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06732	0.0501
3	6	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06732	0.0501

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.56-1.6	0.39	366	0.396	7472	0.396	8399	0.886	0.877	93.3206	0.395
1.6-1.644	0.361	391	0.365	7376	0.365	8181	0.902	0.899	94.9395	0.361
1.644-1.692	0.382	399	0.34	7246	0.342	7965	0.894	0.915	95.9824	0.334
1.692-1.744	0.294	379	0.308	7119	0.308	7756	0.933	0.932	96.6735	0.296
1.744-1.801	0.287	367	0.275	7015	0.275	7516	0.947	0.95	98.2171	0.259
1.801-1.864	0.263	377	0.237	6800	0.238	7238	0.955	0.963	99.1572	0.22
1.864-1.934	0.236	324	0.216	6646	0.217	7028	0.964	0.97	99.1747	0.195
1.934-2.013	0.214	323	0.184	6406	0.186	6765	0.972	0.979	99.4678	0.166
2.013-2.103	0.197	300	0.167	6205	0.168	6522	0.976	0.983	99.7393	0.152
2.103-2.205	0.202	309	0.161	5848	0.163	6172	0.974	0.984	99.757	0.149
2.205-2.324	0.189	303	0.15	5595	0.152	5907	0.979	0.986	99.8476	0.14
2.324-2.465	0.18	255	0.14	5333	0.142	5600	0.98	0.988	99.7857	0.133
2.465-2.635	0.162	253	0.145	5008	0.146	5264	0.984	0.988	99.943	0.139
2.635-2.845	0.171	234	0.142	4671	0.144	4912	0.982	0.988	99.8575	0.139
2.845-3.116	0.163	214	0.142	4290	0.143	4509	0.984	0.988	99.8891	0.142
3.116-3.482	0.166	194	0.15	3905	0.151	4105	0.986	0.987	99.8538	0.155
3.482-4.018	0.155	183	0.136	3463	0.137	3647	0.986	0.99	99.9726	0.146
4.018-4.914	0.139	159	0.123	2908	0.124	3070	0.991	0.992	99.9023	0.14
4.914-6.918	0.173	119	0.15	2302	0.151	2424	0.986	0.989	99.8762	0.166
6.918-52.377	0.276	65	0.18	1331	0.184	1401	0.981	0.984	99.6431	0.201

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3552	-0.1081	0.0798	1.987	-0.1256	1.6223	0.0181	0.0779	-0.0014	-0.1356	0.0473	0.0369	-0.0104	-0.0138	-0.0653	0.0298	-0.0207	-0.0031	0.0226	0.0027	0.0039	-12.7682	-25.2766	107.6025
2	1.7136	0.3315	0.2186	1.8513	0.1762	1.7193	-0.0591	0.2509	-0.0522	0.0264	0.0946	-0.0197	-0.0096	0.3377	-0.0355	0.0051	-0.0157	0.0075	0.1702	-0.0308	0.0168	20.7889	-25.9109	136.4125
3	1.7279	-0.2079	-0.406	1.8998	0.3306	1.8321	-0.0029	-0.0955	-0.0493	-0.0352	0.0548	-0.0442	-0.0198	0.0473	-0.052	0.0208	-0.0075	0.0162	0.0501	0.0111	0.0208	17.4289	-52.9559	103.9966

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)