PDB-8air: Crystal structure of cutinase RgCutII from Rhizobacter gummiphilus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8air

タイトル

Crystal structure of cutinase RgCutII from Rhizobacter gummiphilus

要素

RgCutII

キーワード

HYDROLASE / PET / cutinase / ester bond / cleavage

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold / ACETATE ION / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Rhizobacter gummiphilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.08 Å

データ登録者

Zahn, M. / Allen, M.D. / Pickford, A.R. / McGeehan, J.E.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: ChemSusChem / 年: 2023
タイトル: Concentration-Dependent Inhibition of Mesophilic PETases on Poly(ethylene terephthalate) Can Be Eliminated by Enzyme Engineering.
著者: Avilan, L. / Lichtenstein, B.R. / Konig, G. / Zahn, M. / Allen, M.D. / Oliveira, L. / Clark, M. / Bemmer, V. / Graham, R. / Austin, H.P. / Dominick, G. / Johnson, C.W. / Beckham, G.T. / ...

履歴

登録	2022年7月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年5月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.4	2024年2月7日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / pdbx_initial_refinement_model Item: _citation.country

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8air.cif.gz	149.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8air.ent.gz	89.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8air.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	8air_validation.pdf.gz	961.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	8air_full_validation.pdf.gz	962.2 KB	表示
XML形式データ	8air_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	8air_validation.cif.gz	22.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8air ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8air	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8aisC 8aitC 4cg1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RgCutII

ヘテロ分子

30.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.127, 63.127, 222.746
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-645- HOH
2	1	A-658- HOH

#1: タンパク質	RgCutII 分子量: 30681.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobacter gummiphilus (バクテリア) 遺伝子: A4W93_03190 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1W6L438
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 334 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1 M sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.91587 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91587 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.08→49.08 Å / Num. obs: 112681 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.7 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_pim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.08→1.1 Å / 冗長度: 6 % / R_merge(I) obs: 0.774 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 5357 / CC_1/2: 0.555 / R_pim(I) all: 0.44 / % possible all: 96.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0352	精密化
DIALS		データ削減
DIALS		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4cg1

4cg1

解像度: 1.08→49.076 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.974 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.97 / SU B: 1.519 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.036 / ESU R Free: 0.037 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	5265	5.041 %
R_work	0.1978	99186	-
all	0.199	-	-
obs	-	104451	92.16 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.965 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.466 Å²	0.233 Å²	0 Å²
2-	-	0.466 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.511 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.08→49.076 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1920	0	8	334	2262

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.011	2019
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	1786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.841	1.638	2764
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.638	1.544	4177
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.252	5	271
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	10.686	10	13
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.146	10	300
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_6_deg	17.66	10	78
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	306
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	2354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.238	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.193	0.2	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.185	0.2	1021
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	1049
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.133	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.245	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.842	0.741	1041
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.836	0.739	1039
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.321	1.108	1301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.322	1.112	1302
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.376	0.896	978
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.376	0.897	979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.046	1.29	1455
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.046	1.291	1456
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.851	16.508	2461
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.569	10.826	2326

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.08-1.108	0.414	366	0.414	6904	0.414	8232	0.844	0.85	88.3139	0.403
1.108-1.138	0.39	358	0.379	6961	0.38	8021	0.876	0.879	91.248	0.363
1.138-1.171	0.359	380	0.355	6777	0.355	7819	0.902	0.903	91.5334	0.333
1.171-1.207	0.336	330	0.328	6638	0.329	7555	0.897	0.919	92.2303	0.304
1.207-1.247	0.347	340	0.309	6470	0.311	7398	0.916	0.931	92.0519	0.28
1.247-1.291	0.307	329	0.297	6267	0.298	7127	0.935	0.94	92.5495	0.264
1.291-1.339	0.308	307	0.275	6103	0.276	6902	0.938	0.951	92.8716	0.238
1.339-1.394	0.284	343	0.256	5832	0.258	6660	0.951	0.956	92.7177	0.22
1.394-1.456	0.252	304	0.235	5578	0.235	6389	0.959	0.966	92.0645	0.198
1.456-1.527	0.246	318	0.209	5324	0.211	6113	0.965	0.973	92.2951	0.176
1.527-1.609	0.209	277	0.196	5126	0.197	5869	0.975	0.976	92.06	0.165
1.609-1.707	0.212	249	0.189	4853	0.19	5556	0.971	0.978	91.8287	0.16
1.707-1.825	0.176	237	0.174	4499	0.174	5216	0.98	0.981	90.7975	0.152
1.825-1.971	0.163	240	0.162	4272	0.162	4897	0.984	0.984	92.138	0.145
1.971-2.158	0.185	204	0.16	3981	0.161	4513	0.979	0.984	92.7321	0.149
2.158-2.413	0.21	192	0.156	3679	0.158	4134	0.974	0.985	93.6381	0.151
2.413-2.785	0.16	159	0.154	3287	0.154	3679	0.983	0.985	93.6668	0.155
2.785-3.408	0.155	150	0.152	2868	0.152	3159	0.987	0.986	95.5366	0.16
3.408-4.808	0.147	113	0.146	2332	0.146	2518	0.986	0.988	97.1009	0.163
4.808-49.076	0.209	69	0.174	1427	0.175	1536	0.973	0.98	97.3958	0.191

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 21.5331 Å / Origin y: -15.6011 Å / Origin z: 1.0352 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0143 Å²	0.0054 Å²	-0.0069 Å²	-	0.0042 Å²	0.0004 Å²	-	-	0.0616 Å²
L	0.8408 °²	0.1578 °²	0.0635 °²	-	0.8759 °²	0.349 °²	-	-	1.0906 °²
S	0.0114 Å °	-0.0317 Å °	-0.0196 Å °	0.0436 Å °	0.0081 Å °	-0.0081 Å °	0.0389 Å °	0.0348 Å °	-0.0195 Å °

精密化 TLSグループ

Selection: ALL

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)