+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8aij | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | STRUCTURE OF THE LECB LECTIN FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA STRAIN PAO1 IN COMPLEX WITH N-(alpha-L-Fucopyranosyl)benzamide (6) | ||||||
要素 | Fucose-binding lectin PA-IIL | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / P. aeruginosa lectin / LecB / Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding / N-(alpha-L-Fucopyranosyl)benzamide / Fucose-binding lectin PA-IIL 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Meiers, J. / Mala, P. / Varrot, A. / Siebs, E. / Imberty, A. / Titz, A. | ||||||
資金援助 | フランス, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022 タイトル: Discovery of N -beta-l-Fucosyl Amides as High-Affinity Ligands for the Pseudomonas aeruginosa Lectin LecB. 著者: Mala, P. / Siebs, E. / Meiers, J. / Rox, K. / Varrot, A. / Imberty, A. / Titz, A. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8aij.cif.gz | 118.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8aij.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 8aij.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 8aij_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 8aij_full_validation.pdf.gz | 1.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 8aij_validation.xml.gz | 24.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 8aij_validation.cif.gz | 36.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8aij ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/8aij | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8aiyC 5a3oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: lecB, PA3361 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HYN5 #2: 化合物 | ChemComp-CA / #3: 化合物 | ChemComp-M9I / #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 % / 解説: plates |
---|---|
結晶化 | 温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 詳細: 24% PEG 8K, 1M LiCl and 100 mM sodium acetate pH = 4.4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月19日 詳細: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator, a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9801 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→40.69 Å / Num. obs: 211861 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 12.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 9941 / CC1/2: 0.881 / Rpim(I) all: 0.318 / Rrim(I) all: 0.45 / % possible all: 92.49 |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5A3O 解像度: 1.5→40.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.154 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 15.5 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.69 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|