[日本語] English
万見
- PDB-8aij: STRUCTURE OF THE LECB LECTIN FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA STRAIN P... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8aij
タイトルSTRUCTURE OF THE LECB LECTIN FROM PSEUDOMONAS AERUGINOSA STRAIN PAO1 IN COMPLEX WITH N-(alpha-L-Fucopyranosyl)benzamide (6)
要素Fucose-binding lectin PA-IIL
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / P. aeruginosa lectin / LecB / Inhibitor
機能・相同性Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding / N-(alpha-L-Fucopyranosyl)benzamide / Fucose-binding lectin PA-IIL
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Meiers, J. / Mala, P. / Varrot, A. / Siebs, E. / Imberty, A. / Titz, A.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-CE11-0048 フランス
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2022
タイトル: Discovery of N -beta-l-Fucosyl Amides as High-Affinity Ligands for the Pseudomonas aeruginosa Lectin LecB.
著者: Mala, P. / Siebs, E. / Meiers, J. / Rox, K. / Varrot, A. / Imberty, A. / Titz, A.
履歴
登録2022年7月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
AAA: Fucose-binding lectin PA-IIL
BBB: Fucose-binding lectin PA-IIL
CCC: Fucose-binding lectin PA-IIL
DDD: Fucose-binding lectin PA-IIL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,57720
ポリマ－46,9394
非ポリマー1,63816
水9,170509
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, P. aeruginosa LecB is well described in literature, e.g. by Imberty et al., Gilboa-Carter et al., Titz et al..
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.376, 51.589, 52.604
Angle α, β, γ (deg.)101.809, 99.474, 115.811
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Fucose-binding lectin PA-IIL


分子量: 11734.707 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: lecB, PA3361 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HYN5
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-M9I / N-(alpha-L-Fucopyranosyl)benzamide / ~{N}-[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{S},6~{S})-6-methyl-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]benzamide


分子量: 267.278 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H17NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.44 % / 解説: plates
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4
詳細: 24% PEG 8K, 1M LiCl and 100 mM sodium acetate pH = 4.4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2022年6月19日
詳細: Cryogenically cooled channel cut crystal monochromator, a convex prefocussing mirror and a Kirkpatrick-Baez pair of focussing mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→40.69 Å / Num. obs: 211861 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 1.53 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 9941 / CC1/2: 0.881 / Rpim(I) all: 0.318 / Rrim(I) all: 0.45 / % possible all: 92.49

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A3O

5a3o


解像度: 1.5→40.69 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.966 / SU B: 1.154 / SU ML: 0.043 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.074 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1688 7571 12.291 %random selection
Rwork0.1383 54018 --
all0.142 ---
obs-61588 95.507 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 15.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.341 Å20.222 Å2-0.038 Å2
2--0.097 Å20.067 Å2
3----0.542 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→40.69 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3286 0 100 509 3895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0133578
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0153297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8241.6284935
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.6091.5737527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0665491
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.36126.049162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.67915486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.432157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024424
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02854
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2520.2645
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2050.22965
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1640.21829
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0870.21932
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.1030.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0680.230
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.2190.29
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2130.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.1810.232
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3191.2521919
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3141.2521917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.9071.8782425
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.9071.8782425
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3341.4961659
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.3341.4971660
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4132.1532510
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4122.1542511
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it4.74717.4793932
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other4.74817.4623930
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5390.2475280.2073873X-RAY DIFFRACTION92.3416
1.539-1.5810.225350.1783819X-RAY DIFFRACTION93.715
1.581-1.6270.25040.1653808X-RAY DIFFRACTION94.7692
1.627-1.6770.2125290.1543639X-RAY DIFFRACTION94.9863
1.677-1.7320.194780.1473564X-RAY DIFFRACTION95.2628
1.732-1.7920.1694950.1383401X-RAY DIFFRACTION95.2102
1.792-1.860.1814530.1373342X-RAY DIFFRACTION95.3997
1.86-1.9360.1674820.1313174X-RAY DIFFRACTION95.782
1.936-2.0220.1524180.1253084X-RAY DIFFRACTION95.1889
2.022-2.120.1624310.1242905X-RAY DIFFRACTION95.1783
2.12-2.2350.1553770.1212817X-RAY DIFFRACTION96.2338
2.235-2.370.1683640.1272692X-RAY DIFFRACTION96.5866
2.37-2.5330.1753430.1362497X-RAY DIFFRACTION96.4346
2.533-2.7360.1663110.1382382X-RAY DIFFRACTION97.4665
2.736-2.9960.1643260.1342168X-RAY DIFFRACTION97.6125
2.996-3.3480.1552590.1351942X-RAY DIFFRACTION97.1315
3.348-3.8630.1522560.1311707X-RAY DIFFRACTION96.8426
3.863-4.7240.1522080.1281495X-RAY DIFFRACTION98.7819
4.724-6.650.1531800.1411118X-RAY DIFFRACTION98.1104
6.65-40.690.182930.18591X-RAY DIFFRACTION93.0612

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る